清代以來《史記》校勘取得了非凡的成就，形成了武英殿本、金陵書局本這樣影響巨大的版本。民國間張元濟校勘影印的百衲本和20世紀50年代中華書局整理的點校本於今則最為通行。日人瀧川資言《史記會注考證》及水澤利忠《校補》被視為《史記》研究的裏程碑之作。研究這些版本的形成過程與校勘情況，可以辨知各本優缺之所在，對於當今《史記》的整理工作無疑具有重要的借鑒意義。
以下從定本校勘及校勘記兩個方麵，對清代以來的《史記》校勘情況作一概述，重點在於探討幾次形成定本刊刻的《史記》校勘中存在的問題，以期對今日重校《史記》提供參考。
定本校勘
1.武英殿本
有清一代的《史記》校勘取得了巨大的成就。明毛晉汲古閣所刊《十七史》合刻本，有清順治十一年（1654）重修本。明萬曆二十四年（1596）刊南監本、萬曆二十六年（1598）刊北監本皆有清遞修本。這些遞修本多是由地方府學在明代刊本的基礎上修補，規模有限。清代大規模校勘《史記》始自乾隆四年（1739）武英殿本。
清乾隆四年（1739）以“監本亦日漸殘闕”，故詔命重新校刻《二十一史》。乾隆十一年（1746）始克告竣，合已成之《明史》為《二十二史》，世稱武英殿本。校刻《二十一史》以張照、方苞等為總裁，齊召南、杭世駿等為編校，仿前刻《十三經注疏》之例，卷末皆附《考證》。《史記考證》出自張照、杭世駿、德齡、王祖庚、齊召南等人之手。《考證》或參校他本，或核對他書，或推尋文義，或引前人之說，或以本書前後互證，綜合各種校勘方法，調整了底本明北監本的篇章次第與版式，增補三家注文，校改底本訛字，“補刻闕文不下千百條”（張照《史記序考證》，見武英殿本《史記》卷首）。武英殿本因此“較明監本則不可同年而語矣”（張照《史記考證跋語》，見武英殿本《史記》卷尾），由此亦成為有清一代影響最大的《史記》版本，出現了眾多翻印本，《四庫全書》即以此本為底本抄錄。其後張文虎校刊金陵書局本、張元濟校印百衲本、水澤利忠撰《史記會注考證校補》皆以殿本為最重要的校本之一。
殿本訂正了明北監本的諸多訛誤，增補了不少三家注佚文，同時卷末所附《考證》博采眾說，考訂史實，對於《史記》的整理與研究都取得了一定的成績。不過，殿本也存在它的局限。
首先，殿本校勘時所參考的版本不多。武英殿校刊《二十一史》以明北監本為底本，而沒有分別搜尋每部史書最好的版本作為底本，不能不說是遺憾。明監本的疏略，早為學人所詬，故殿本先天即存不足。就殿本《史記》而言，武英殿校勘諸臣雖然運用各種方法，費心校勘，正訛補缺，然而從《史記考證》來看，殿本所參校的《史記》版本實在有限，佳善之本更少。故張元濟譏殿本“惟局蹐於監本之下，因陋就簡”（張元濟《百衲本二十四史後序》，見《縮印百衲本二十四史》，北京/商務印書館/1958，P3）。張照亦謂：“顧三注文字益多舛訛，雖據所見聞稍加駁正，入於《考證》，然不能無罣漏也。”（《史記考證跋語》）。這無疑影響了殿本的版本質量。
其次，《考證》征引前人舊說主要依據《史記評林》，采擇範圍未有太大的超越，自然也限製了《考證》的視野。
再次，《考證》對於改動底本的情況沒有詳細說明。囿於體例，《考證》不是嚴格意義上的校勘記，而殿本改正明監本訛誤甚多，受篇幅所限，對於底本的改動，《考證》未能一一出校說明。即於所出的校改說明，亦甚疏略，多徑雲“今正”、“今刪”、“今添”，而不言所據何本，這些都對我們今天研究殿本的校勘情況造成了不小的困難。張照《史記序考證》雲其校改三家注訛誤不出校記，但記正文，然細檢《考證》，實亦記校改三家注之誤，此又其體例之不純。
2.《四庫全書》本與《四庫全書薈要》本
乾隆三十八年（1773）開館纂修《四庫全書》，所收圖書除撰寫提要外，又經悉心校勘。其校勘記由王太嶽纂輯為《欽定四庫全書考證》100卷，其中《史記考證》兩卷。《四庫全書考證》更注重文字校勘，詳列校改情況。校勘方法上，後世所謂的“校勘四法”，在此皆有體現。《史記考證》校正了武英殿刊本的諸多訛誤，可以視為對張照等所撰的《殿本史記考證》的補充。清末金陵書局校刊《史記》即參考了《四庫全書考證》的成果，張文虎《校刊史記集解索隱正義劄記》每雲“《考證》改”，多謂此。但《四庫全書考證》的成果仍有不少未被金陵本吸收，還有待繼續甄別發掘。由此亦可見《四庫全書》本《史記》雖是以武英殿刊本為底本抄錄，但由於經過校勘，故不能簡單視為殿本的翻抄，而應看做是殿本係統的發展。
清高宗詔命纂修《四庫全書》之時年事已高，恐不及見《四庫》之成，故命館臣擇其精要者依《四庫全書》之例先行抄錄，是為《四庫全書薈要》，《史記》亦列在史部之首。《四庫全書薈要》卷首有《薈要總目》，《史記》下注雲“今依內府刊本繕錄，據宋元槧本、明南北雍本及王鏊、毛晉諸本恭校”。可知《薈要》本亦以殿本為底本，與《四庫全書》本同出一源，而非據《四庫》本抄錄。其尤值一提者，有若幹卷卷尾在張照等所作《考證》之後又有《薈要》纂修諸臣所作校勘記，改正不少武英殿刊本訛誤，此在《四庫全書》本則無。故對於《四庫全書薈要》本《史記》的校勘價值亦當引起重視。
3.金陵書局本
清同治三年（1864）兩江總督曾國藩攻克金陵，隨後設金陵書局，校刊經籍。同治五年（1866）春，時兩江總督李鴻章命唐仁壽校刊《史記》，張文虎亦參與其事。同治六年（1867）春，曾國藩回任兩江總督，正式任命張文虎與唐仁壽同校，此後《史記》的校刊工作主要由張文虎負責。同治九年（1870）仲春，金陵本《史記》刊刻完畢。此後張文虎又寫成《校刊史記集解索隱正義劄記》五卷，“附記各本同異及所以去取意”（張文虎《校刊史記集解索隱正義劄記·跋》，見徐蜀編《史記訂補文獻彙編》，北京/北京圖書館出版社/2004，P192。案：中華書局1977年整理出版張文虎《校刊史記集解索隱正義劄記》時刪去跋語）。據張氏《劄記》跋語，金陵本《史記》之刊刻是利用周學浚（縵雲）過錄的錢泰吉校本覆校付刊的，張氏《劄記》所記異同大半取自錢校本，此外還參考了梁玉繩《史記誌疑》、王念孫《讀書雜誌》、錢大昕《廿二史考異》諸家之說以及類書中所引《史記》。金陵本的特點是“擇善而從”、“不主一本”。根據《劄記》卷端所記，其於三家注解，《集解》多據明毛氏汲古閣本，《索隱》多據毛刻單行本《索隱》，《正義》多據明王延喆本。正是由於其“擇善而從”、“不主一本”，加上張、唐二人的悉心校勘，使得金陵本成為清代後期《史記》最為完善的本子。1958年中華書局重新點校排印《史記》即以此為底本。
當然，金陵本亦存在它的不足。首先，張文虎雖是參校眾本，但由於條件所限，仍有一些重要的版本未見，如北宋景佑本、南宋黃善夫本等。這裏並無苛責之意，一些重要版本未能見到，無疑影響了校勘的質量。其次，金陵本雖曆四年始刊成，然僅以張、唐二人之力，仍嫌倉促。張文虎亦自謂：“今也旋校旋寫，旋寫旋刊，區區以兩人之心力，而出之以急就。予老而衰，端甫多病，如此雖二三前輩恐亦不能任也。”（《張文虎日記》，上海/上海書店出版社/2001，P106）《張文虎日記》同治八年（1869）三月五日記雲：“連日複閱《史記》諸卷，《索隱》頗與單本不合，蓋多後人改竄。今亦不能盡從單本，且書已刊成，勢難一一刓改，去其太甚者而已。”（同前，P173）這正是由於“旋校旋寫，旋寫旋刊”，太過倉促所致。金陵本刻成後，張文虎又陸續校出了一些訛誤，遂又挖補修版，然仍有挖改未盡者。再次，金陵本《索隱》利用毛刻單行本多不善，問題較多。賀次君謂：“又此書《索隱》全用單行《索隱》本文，而毛晉汲古閣刊單行本《索隱》錯誤特多，……而此本《索隱》悉從毛刻，一仍其錯奪誤衍，鮮加補正，則非擇善而從之初義矣。”（賀次君《史記書錄》，北京/商務印書館/1958，P219-220）最後，張文虎以個人好惡刪汰司馬貞《補史記》，致金陵本《索隱》不全。毛刻單本《史記索隱》卷末為司馬貞《補史記》，合刻諸本多分之在各篇小題下，其所補《三皇本紀》各本或列在卷端，或附卷末，要之皆可見《索隱》全貌。《張文虎日記》雲：“與端甫謁節相，……予請刪去小司馬述讚及《補史記》，深以為然，以述讚已刻附每篇之後，可無刻者，其《補史記》依予說刪之。”（《張文虎日記》，P159）金陵本《索隱》因而不全，中華本依金陵本點校，亦無《補史記》，不能無憾。