在新石器時代牧牛期住所的遺址上，發現大量的磨研用的石質工具，再加上數以千計的碎陶片，長久以來使人一直以為這些人是務農為生。但是現在科學家們則抱審慎態度。經過分析的古代花粉中，沒有見到人工培育的植物品種，同時昆蟲學家研究過以撒哈拉綠洲中種植的植物為食料的昆蟲後，證明這些昆蟲不屬於當地族群，而是在相當晚近時期隨同那些植物一起從外地移來的。
植物學家和昆蟲學家現在都認為，在撒哈拉沙漠中發現的磨研用石質工具，是當年土人作磨碎類似穀物的野草種子之用的。在南部外圍地區，遊牧民族目前仍舊大量食用這種野草種子。可能稍後期（大約在金屬開始出現的時候）在茅利塔尼亞發展成的村落，才真正熟知農耕。
在恩阿哲爾高原以南，艾爾山脈的兩側，現今已幹涸的塔法薩塞特河和底默索伊河的寬闊河穀中，有人類聚居地的遺址，當時那裏的畜牧民族要捕魚來補充糧食供應。在這兩條古代河流沿岸發現的灶問渣滓堆中，除牛的遺骸外，還有羚羊骨、疣豬牙和豪豬牙、河馬門牙碎片等。魚骨、貽貝和鱷骨也常有發現，尤以沿底默索伊河兩岸最多。這條河的源流在艾爾山脈最高的幾座大山之中，不是向東而是向西流的。
發現的大量骨製魚叉連同魚網用的重錘，說明當時已采用拖拉大網技術捕魚——這種方法是把網端收攏，然後拖網上岸。那時在北回歸線以南的撒哈拉地區，大概較為潮濕而多雨，而且潮濕時期也比北方地區長久。在阿哈加山脈以北的地層中，水生動物的化石確實非常罕見。
不論是提姆布克吐區以北的地方，還是茅利塔尼亞提契特——瓦拉塔峭壁處，都可以看到南方的聚居地方密集在一起。橫過撒哈拉沙漠中廣闊盆地的旅客，一路上可以拾到很多燧石製的箭頭。提契特還有100多個新石器時代石建的村落。用石造屋當時並不常見。因此更加可以肯定撒哈拉從前有相當多的人口，特別是在距今6000年至5000年以前那段時期中，人口更稠密。那時距最初繪畫水牛的原始居民和後來出現的古怪“圓頭”人，已經很久了。
已經發現的工具、骨頭、雕刻品、圖畫等先民遺物，加上運用現代的分析研究技術，對撒哈拉過去的實際情況，雖然還不能徹底了解，但也有了相當的認識。大約4000年前的恩阿哲爾高原壁畫中，不再出現河馬、犀牛和長頸鹿等動物，正好證明了自然環境慢慢變壞。這些動物和絕了種的野生水牛一樣，都不能再生存下去，撒哈拉絕種動物的種類也就日漸增加了。
以後2000年中，牧牛期的民族為了要覓取新的畜牧地，大概趕著牛群羊群漸向南遷移了，中撒哈拉改由養馬、駕車的民族移入定居。恩阿哲爾高原的洞穴中，再也沒有畜牧人的遺跡了。新住民繪畫和雕刻的風格，和前人的截然不同，所以彼此在文化上不可能有過任何接觸，更不可能有兩族雜處的情形。
公元前1000年，北方一個說哈姆語的民族，到撒哈拉地區定居。今天控製這一地區的柏柏爾人，就是他們的直係後裔。當時雖然屬於車馬期，住民也會牧牛養羊；他們的牛羊毀壞草原的程度，雖然不如畜牧民族那樣過分，但植物恢複茂盛的速度還是不夠快。在幹涸河床上的水窪越來越少，到了距今2000年前，沙漠的形成已成定局。那些稱為沙質沙漠的浩翰沙海已經形成，雨水完全失常，沙漠上留下那些飽受雨水侵蝕的岩石，作了水流曾在該地發揮過威力的證明。