月14日，會議正式開始。中央軍委副主席林彪、賀龍、聶榮臻主持會議。出席會議的有中央軍委常委陳毅、葉劍英等。總參謀長羅瑞卿作關於組織編製和裝備問題的說明。10月20日，通過了《關於加強軍隊政治思想工作的決議》。《決議》包括總綱和14個專題。其14個專題是：（1）高舉毛澤東思想紅旗，把毛澤東思想真正學到手；（2）貫徹執行群眾路線，發揚三大民主；（3）大興三八作風；（4）開展興無滅資鬥爭，反對不良傾向；（5）思想工作要著重抓活的思想；（6）把黨支部建設成為堅強的戰鬥堡壘；（7）加強青年工作；（8）政治指導員的首要任務是做好政治思想工作；（9）建設一支又紅又專的幹部隊伍；（10）大力加強軍事技術、業務和科學研究中的政治思想工作；（11）積極參加社會主義建設，做好民兵工作；（12）加強黨委對部隊政治思想工作的指導；（13）改進政治機關的工作方法；（14）關於本決議執行情況的檢查。
由於會前作過一些部隊調查，同時對建國11年來部隊政治工作經驗進行了全麵總結，由於大多數元帥及高級將領極力堅持，也由於黨在指導思想上的"左"傾錯誤此時尚未充分發展，雖然有林彪的錯誤主張扭偏了政治工作的方向，但《決議》仍然有許多正確的內容，其主要表現在：（1）指出"實現持久和平的可能性是存在的"，"爆發世界戰爭的危險也仍然存在"。也就是說，《決議》對國際形勢的認識是基本正確的，此時軍隊建設的指導思想還沒有向臨戰狀態轉變，軍隊建設尚未從根本上脫離1954年全國軍事係統黨的高級幹部會議所確定的總方針和總任務。（2）充分肯定《古田會議決議》，認為它奠定了人民軍隊政治工作的基礎，它所建立起來的人民軍隊政治工作的光榮傳統是永遠有價值的。《決議》在譚政受到圍攻和批判的情況下，仍肯定了他在西北局高幹會議上所作的《關於軍隊政治工作問題》的報告，認為報告"全麵總結了我軍的政治工作的經驗"。同時也肯定"建國11年來，我軍的政治工作是前進了，成績是主要的、巨大的"。這三個肯定，使軍隊政治工作沒有急轉直下走向全麵失誤。（3）強調各級黨委是部隊統一領導和團結的核心，黨委統一的集體領導下的首長分工負責製是黨對軍隊領導的根本製度。《決議》要求黨委必須以主要精力抓方針、政策問題，加強黨委的集體領導和對政治思想工作的指導。（4）提出在加強軍隊革命化建設的同時，必須積極地提高全軍的技術業務水平和科學研究工作的質量，加強現代化。指出在堅強的政治基礎上加上現代化：解放軍就將無敵於天下。在解放軍已由單一兵種發展為諸軍、兵種合成軍隊，技術裝備不斷改善的情況下，必須大力加強軍事技術、業務和科學研究中的政治工作，充分發揮人在掌握技術中的主觀能動性，保證最大限度地發揮技術裝備在現代戰爭中的作用。（5）闡明群眾路線是黨的根本的政治路線和組織路線，也是政治思想工作的根本路線。《決議》要求政治工作必須紮根於連隊，指出加強連隊工作的根本問題，是發揮連隊黨支部的核心領導和戰鬥堡壘作用。
也正因為林彪錯誤的重大影響，《決議》存在著許多重大的原則的錯誤，主要是：（1）肯定和宣揚林彪提出的主觀唯心主義的"四個第一"，即：武器和人的關係，人的因素第一；軍隊各種工作和政治工作的關係，政治工作第一；政治工作中事務性工作和思想工作的關係，思想工作第一；思想工作中書本思想和活的思想的關係，活的思想第一。顯然這是一種"精神萬能論"的唯心主義的觀點。片麵誇大人的主觀意誌的作用，把政治、政治思想工作抬到淩駕一切之上的地位。否定了"軍事訓練是部隊經常性中心工作"的建軍方針，造成軍政對立，用政治工作淡化、衝擊和打擊軍事工作，忽視軍隊組織建設的積極性。從而把我軍政治思想工作和我軍建設引入"左"的歧途。（2）《決議》違反黨的"八大"提出的反對個人崇拜的規定，突出毛澤東個人的作用，混淆毛澤東思想和毛澤東個人言行的界限和區別。《決議》指出："毛澤東思想是當代馬克思主義的頂峰。"林彪又提出學習毛澤東著作，是學習馬列主義的捷徑，認為提倡完整、係統地學習馬列主義"是一種糊塗觀念"，從而取消了對馬克思列寧主義理論的係統學習，取消了對人類一切優秀思想成果的學習，更拒絕學習當代資產階級的科學知識和軍事思想，而走向自我封閉狀態。即使是學習毛澤東著作，按照林彪規定的"少而精"、"短而少"的原則和"背警句"的方法，也隻須讀幾篇毛澤東著作和《毛主席語錄》，公然提倡實用主義和形式主義。（3）《決議》對國內政治形勢分析和對我軍政治思想工作任務作了"左"的規定。《決議》指出："在國內，社會主義和資本主義兩條道路的鬥爭，仍然是主要的矛盾，資產階級和無產階級之間在意識形態上誰戰勝誰的問題還沒有完全解決，農村中富裕農民的自發資本主義傾向和小生產者的習慣勢力仍然存在，要解決這些矛盾，還需要很長的時間。這種國內外的階級鬥爭，必然在我軍內部不斷地反映出來。"《決議》認為，軍內"存在著嚴重的不良傾向"，而主要的不良傾向是"政治上右傾"，是"有些人對黨的總路線、大躍進、人民公社持懷疑和抵觸的態度"。進而把反右傾確定為政治工作的主要任務，要求全軍"必須堅決開展興無滅資的鬥爭，反對一切不良傾向"。鬥爭的方式，可以是"廣泛地又是靈活地運用大鳴、大放、大爭、大辯、大字報的方法"。這"五大"正是在"反右傾"和反右鬥爭中被創造出來並得到廣泛運用的階級鬥爭擴大化方法。"五大"被運用於軍隊政治工作之中，運用於"興無滅資"的思想大革命之中，使"左"的一套強行貫徹，使正確意見被打擊壓製或冠以種種罪名，整個軍隊建設和政治工作隻能沿著"左"的錯誤方向越走越遠。