軍委擴大會議在正式開始後，就把鬥爭的矛頭指向了譚政和總政治部其他一些負責同誌，開展了反對所謂"譚政反黨宗派集團"的鬥爭。林彪所為是挾嫌報複，蓄意整人，以便控製總政大權。林彪上台伊始，便利用黨內、軍內日盛一日的"左"的政治氣候，大搞"反彭黃、反右傾"，大講"政治掛帥、政治建軍"，為自己撈取政治資本。同時，林彪施展貶低馬列主義的手法，別有用心地進一步製造對毛澤東的個人崇拜。他認為：學馬列主義"不一定都要讀他們的原著"，他們的著作有很多，是低級的；而毛澤東著作是高級的，學毛著"是學習馬列主義的捷徑"，隻要"背上那麼幾十句"，就可以"一本萬利"。林彪的這些觀點和做法，受到了黨內、軍內一些同誌如總政治部主任譚政等不同程度的抵製。譚政提出繼續加強係統的馬列主義的理論宣傳和教育工作，討論擬定了哲學、政治經濟學、中國共產黨和中國革命三門政治理論課的教學大綱，並規定為全軍院校和部隊幹部的必修課，按教學大綱統一組織實施，這些遭到林彪的忌恨。這時，林彪又別出心裁地將毛澤東1939年給抗大的題詞："堅定不移的政治方向，艱苦奮鬥的工作作風，靈活機動的戰略戰術"改了幾個字，和"團結、緊張、嚴肅、活潑"八個字捏在-一起，起名為"三八作風"。譚政對提倡這三句話、八個字是讚成的，但對林彪這樣概括則不很讚同，他用商量的口吻說："這樣提好不好？還有三八婦女節，會不會引起誤解？"叫"三八作風"是不是合適，並且要求報紙宣傳避開"三八"兩個字，隻用優良傳統的提法。譚政是軍隊政治工作的著名權威，他出麵抵製林彪的主張，影響很大，自然又惹怒了林彪。林彪為了打擊異己，排除"阻力"，控製總政治部，企圖搞垮譚政的一場鬥爭就在這次軍委擴大會議上展開了。
林彪對譚政羅列罪名反複圍攻。指責譚政"在彭、黃把持軍委工作時期"，"對於彭、黃的錯誤路線，不抵製、不鬥爭，長期’和平共處‘；在反對彭、黃右傾機會主義鬥爭中，旗幟又不鮮明"；對林彪主持軍委工作以來的許多重要指示，沒有堅決貫徹執行，"在政治上、組織紀律上都是不能允許的"，譚政對政治工作方向上發生"嚴重偏差，…’負有主要的政治責任"。並說譚政在總政內"有個圈圈"。據此，會議通過了《中共中央軍委擴大會議關於譚政同誌錯誤的決議》。在隨後召開的總政黨委擴大會議上，進一步誣陷譚政等"反黨、反毛主席"，"反對毛澤東思想"，"在軍隊建設中，堅決執行了彭德懷的資產階級軍事路線，並在反彭、黃後抗拒新軍委和林彪同誌的領導"，"而抵製新軍委和林彪同誌，實質上就是抵製黨中央和毛主席"。1961年1月20日，經中央批準，撤銷譚政中央軍委常委、軍委辦公會議成員的職務，並降為總政治部副主任。此外，總政還有幾位負責同誌受到處分。這樣，林彪達到了排除異己，全麵把持軍隊領導權的目的。