7月27日，根據毛澤東指示，北京60多個工廠3萬多人組成了"首都工人毛澤東思想宣傳隊"。在解放軍的配合下，工宣隊數千人首先進駐武鬥已延續百日的清華大學，製止武鬥，收繳武器，拆除武鬥工事。赤手空拳的工宣隊員遭到了清華大學造反派的抵抗和突然襲擊，5名工宣隊員慘遭殺害，731人受傷。次日淩晨，毛澤東、林彪和中央文革成員緊急召見了北京高校學生造反派頭目聶元梓、蒯大富、韓愛晶、譚厚蘭、王大賓5人。毛澤東嚴厲批評了他們，並警告說："誰如果繼續打解放軍、破壞交通、殺人、放火，就要犯罪；如果有少數人不聽勸阻，堅持不改，就是土匪，就要包圍起來，實行殲滅。"毛澤東的鮮明態度，保證了工宣隊對清華大學和隨後對北京其他高等學校的進駐和領導。8月5日，毛澤東將外國友人贈送的芒果轉贈給首都工宣隊；13日，毛澤東、林彪接見了首都工宣隊隊員；15日，又接見了進駐清華的工宣隊代表，公開表示對工宣隊的支持和關懷。8月25日，根據毛澤東"要充分發揮工人階級在文化大革命和一切工作中的領導作用"的指示，中共中央、國務院、中央軍委、中央文革發出《關於派工作宣傳隊進駐學校的通知》。《通知》提出："整頓教育的時機到了，各地應依照北京的辦法，把大中城市的大、中、小學逐步管起來"，要"以優秀的產業工人為主體，配合人民解放軍戰士，組成毛澤東思想宣傳隊，分期分批，進入各學校"，"要先進大學，後進中、小學。沒有兩派組織、沒有武鬥的學校，也要進人"，"幫助促進那裏還沒有實現革命大聯合的兩派革命群眾組織，在毛澤東思想的基礎上實行革命的聯合。有武鬥的地方，堅決製止武鬥"。8月26日，《人民日報》轉載《紅旗》雜誌1968年第2期刊登的姚文元的文章《工人階級必須領導一切》。文章公布了毛澤東的最新指示："實行無產階級教育革命，必須有工人階級領導，必須有工人群眾參加，配合解放軍戰士，同學校的學生、教員、工人中決心把無產階級教育革命進行到底的積極分子實行革命的三結合。工人宣傳隊要在學校中長期留下去，參加學校中全部鬥、批、改的任務，並且永遠領導學校。在農村，則應由工人階級最可靠的同盟者——貧下中農管理學校。"按照這個指示，8月29日，工宣隊、軍宣隊進駐了北京市的全部大專院校。這年的夏、秋，全國各地陸續向大專院校、中專和縣鎮以上中小學派駐了工宣隊、軍宣隊。全國縣鎮以下農村中、小學則由進駐的貧下中農代表或毛澤東思想宣傳隊管了起來。
工宣隊、軍宣隊進校後，舉辦"毛澤東思想學習班"，幫助對立的兩派群眾組織實行大聯合，拆除武鬥工事，收繳武器，製止武鬥，進而領導開展"大批判"、"清理階級隊伍"、調整或建立革命委員會、整黨等所謂"鬥、批、改"工作，領導"教育革命"。工宣隊、軍宣隊進校對於穩定局勢起了一定作用，在當時被認為是一項成功的經驗，標誌著"無產階級文化大革命鬥、批、改高潮的到來"。
但是，派工宣隊、軍宣隊進駐學校是基於毛澤東的錯誤認識，即：資產階級與無產階級爭奪領導權的問題在文化、教育部門同其他部門一樣嚴重存在著。新中國建立以後，學校基本上還是資產階級知識分子壟斷，資產階級知識分子統治學校的現象再也不能繼續下去了。在這個錯誤認識的前提下，工宣隊、軍宣隊不可能從根本上消除派性和派性鬥爭。他們不了解各學校內部的複雜情況，缺乏正確的判斷標準，雖然起了遏製派性、促進聯合的作用，但也錯批、錯鬥了一大批群眾。同時，由於他們不熟悉教育業務和教育規律，貫徹執行了一套"左"的教育方針，片麵強調政治掛帥和工農兵實踐經驗在大中學教學中的作用，貶低科學，排斥打擊知識分子，使一代青少年失去了接受正規文化教育的機會。
"貧下中農管理學校"實行由貧下中農掌握教育大權，樹立貧下中農在學校的優勢地位，並且永遠由貧下中農占領陣地的原則。農村各學校在公社、大隊革委會的領導下，成立了以貧下中農為主、有教師代表參加的貧下中農管理學校委員會（簡稱"貧管會"），領導學校的工作。
貧管會成立後，廢除了校長負責製，學校的一切重大工作都由貧管會決定。貧管會在領導學校的"鬥、批、改"運動中，先後開展了對所謂"修正主義教育路線"的批判，把"文化大革命"前新中國的教育製度、課程設置、教學方法、考試方法等通通說成是"封、資、修的大雜燴"，是為複辟資本主義服務的；把實行校長負責製說成是讓資產階級知識分子統治學校。貧管會廢除了新中國建立後形成的所謂一切"舊"的教育製度，強調突出"政治"和師生思想"革命化"，把學校納入了"左"傾思想辦學的軌道。
5月12日，《人民日報》發表《吉林梨樹縣（農村中小學大綱）（草案）》。此後，全國各地農村中小學貧管會紛紛以此《大綱》為模式，對本校進行管理。具體規定如：中學要建立以貧下中農為主體的革命委員會，小學由大隊教育革命領導小組實行一元化領導；小學由大隊辦，中學由社辦或大隊聯辦；學校經費實行民辦公助；教師的工資改為工分加補貼；中小學12年一貫製縮短為9年；廢除考試、留級等製度；中學招生采取推薦與選拔相結合的辦法；小學開設政治、語文、算術、革命文藝、軍事體育、勞動5門課，中學開設毛澤東思想教育、農業基礎、革命文藝、軍事體育、勞動5門課；老師、學生要走出校門參加社、隊的"三大革命運動"，宣傳毛澤東思想，搞社會調查；貧下中農進校擔任兼職教師，講村史、校史，進行憶苦思甜教育。