同年7月1日，兩報一刊發表了題為《中國共產黨萬歲》的社論，傳達了毛澤東關於"開門整黨"的指示："每一個支部，都是要重新在群眾裏頭進行整頓。要經過群眾，不僅是幾個黨員，要有黨外的群眾參加會議，參加評論。"社論指出："無產階級專政下繼續革命的理論"是鞏固無產階級專政，推動各項工作的根本指導思想，也是進一步建設無產階級革命黨的根本指導思想。指出整黨建黨，是思想道德上的整頓和建設，要批判"黑修養"和"黑六論"，要"鬥私批修"；同時，領導政策也要整頓，要逐步實現"一元化"的堅強的黨的領導核心。社論說："在清理階級隊伍的基礎上，要抓緊整黨建黨。用毛主席關於無產階級專政下繼續革命的偉大理論建設我們的黨，是發展無產階級文化大革命偉大勝利的根本保證，是進一步鞏固無產階級專政的百年大計。"
同年4月，中共中央召開整黨建黨座談會。會議宣布，這次整黨由康生、張春橋、謝富治3人組成的小組負責領導，紀登奎、郭玉峰、曹軼歐等分管整黨的各項具體工作。會上交流了各地整黨試點的情況和經驗，並推薦和確定毛澤東親自指導的"六廠二校"的經驗作為各地整黨的"樣板"。
4月18日，康生在接見出席中央和全軍整黨建黨工作座談會全體同誌時講了話。他說：學習理解"五十字方針"，"必須同整個的毛澤東思想、整個的毛主席的建黨路線聯係起來"。建黨以來，"每一個階段都有黨內兩條路線的尖銳鬥爭，每一個階段都是兩個階級、兩條道路、兩條路線鬥爭的過程，也是整黨建黨的過程"。他還對"五十字方針"做了具體分析，說："‘黨組織應是無產階級先進分子所組成’，這是針對叛徒劉少奇的叛徒路線講的；‘應能領導無產階級和革命群眾’，這是針對文化大革命中有些黨員脫離群眾的現象講的；‘對於階級敵人進行戰鬥’，這是針對劉少奇的‘階級鬥爭熄滅論’講的，針對劉、鄧走資本主義道路的問題講的；‘進行戰鬥的朝氣蓬勃的’，這是針對叛徒劉少奇的‘馴服工具論’講的。這都是有當時針對性的。"康生在講話中還以"左"傾的觀點對"左"傾的九大通過的新黨章進行了說明，他認為這個黨章有5個特點：一是重新明確規定了黨的指導思想的理論基礎是馬克思列寧主義毛澤東思想；二是明確規定了"林彪同誌是毛主席的接班人"；三是概括地闡述了毛主席繼承、捍衛和創造性地發展了馬克思列寧主義，把馬克思列寧主義提高到一個嶄新的階段；四是新黨章根據毛主席建黨思想和無產階級革命路線，明確了我們黨最終的和當前的戰鬥任務；五是這個黨章吸收了國際國內過去黨章中的長處，否定了那些形式主義的東西。從1970年底到1971年初，部分省、市一級進行了整黨，產生了新的省委和市委。到了1971年8月，全國各省、市、自治區一級都進行了整黨，都產生了新的省委、市委和自治區黨委。在新的省委、市、自治區黨委成立以後，下麵也按照"六廠二校"的經驗整了黨。在整黨中，批判了所謂"黑六論"，學習了"五十字方針"，不同程度地接受了"左"傾思想。在整黨時特別強調"吐故納新"，即把被誣為"叛徒"、"特務"、"死不改悔的走資派"的黨員清除出來或掛起來，而把那些所謂"新鮮血液"即造反派頭頭吸收入黨。這樣，不但進一步打擊迫害了許多黨員幹部，而且使一批投機分子、野心分子、陰謀分子混人黨內。
這次在特殊曆史條件下進行的整黨建黨，具有它的特殊性質。其一，整黨建黨既是"文化大革命"的一個組成部分，它的指導思想必然要服從於"文化大革命"的全局性"左"傾錯誤指導方針，以所謂"無產階級專政下繼續革命理論"為思想基礎。因此，整黨的指導方針必然是"左"的、錯誤的。其二，整黨的指導機構很特殊。不是黨的各級委員會和根據黨的決定組成的特定機構，而是軍代表、核心小組、聯席會等不正常的機構。甚至某些非常的群眾組織，也在"群眾評議"的名義下，發揮了不應起的重大作用。其三，整黨與廣大黨員恢複組織生活結合在一起；同時，又突擊"納新"，把一批造反派吸收人黨。因而這次整黨在一定意義上帶有"重建黨"的性質。這是過去曆次整黨中都沒有的。
文化大革命進人1969年，遲遲沒有提上議事日程的九大籌備工作全麵展開。林彪、江青集團把九大看作是他們奪取最高領導權的最佳時機，在全國範圍內加緊了篡權活動。
九大召開前夕，珍寶島事件爆發，中蘇關係急劇惡化。在九大的預備會上，毛澤東提出"總結經驗，落實政策，準備打仗"，作為九大的任務。
月，九大召開。大會通過了政治報告和新黨章，選舉產生了新的中央委員會。九大使"文化大革命"的錯誤理論和實踐合法化，加強了林彪、江青集團在中央的地位。九大以後，"文革"進入第二階段，"鬥、批、改"運動和整黨建黨運動全麵展開，全國開始推廣"六廠二校"經驗，繼續進行"清理階級隊伍"運動。