中共九大正式確定了"文化大革命"進入"鬥、批、改"階段，全國範圍內隨後展開了大規模的運動。運動的主要內容和步驟是：建立三結合的革命委員會，大批判，清理階級隊伍，整黨，精簡、改革不合理的規章製度、下放科室人員。其指導思想是：以"文化大革命"的要求改造一切，徹底批判和否定"反革命修正主義路線"，輔以"落實政策"，鞏固和發展文化大革命的成果，在全國建立新秩序。這反映了毛澤東試圖在"天下大亂"之後通過"鬥、批、改"達到"天下大治"的設想。
在運動中，毛澤東親自抓"點"，在全國推廣"六廠二校"經驗，用以指導全國的"鬥、批、改"。全國範圍內的"鬥、批、改"主要有以下內容：
一是建立三結合的革委會，即在工廠、學校、公社等基層單位建立有革命幹部、革命群眾代表、軍代表等三方參加的革命委員會，以製止派陛武鬥，使各派在革命的基礎上實現聯合。但是，由於各地嚴重的派性鬥爭，勉強成立的革命委員會隻是各派形式上的聯合，實際上不是一派掌權壓製多數就是兩派或幾派爭權，相互拆台。同時，由於參加結合的軍代表不了解單位的情況，反而使一些地方的形勢更加複雜。
二是大批判。"鬥、批、改"是以"大批判引路"，無論幹什麼，先搞"革命大批判"，主要是批判劉少奇的"反革命的修正主義路線"和"資產階級反動思想"，批判所謂的"黑六論"、"人性論"、"唯生產力論"等，進而否定建國後17年的所謂修正主義路線下製定的各項政策法令、工作條例、規章製度。大批判涉及各個領域、各個部門、各個方麵，它往往要求各地找出所謂散布、推行"修正主義"的代表人物，讓群眾一哄而起，批領導，批同事，甚至自己批自己。大批判造成了人們的思想混亂，助長了無政府主義和極左思潮的蔓延。
三是清理階級隊伍，即把所謂混入革命隊伍裏的叛徒、特務、走資派以及地主、富農、資本家、反革命分子、壞分子、右派分子等清理出來，做到"階級陣線分明"。九大以後，其主要內容是"打擊反革命"和清查"五一六"分子。由於指導方針的錯誤、極左思潮的影響及派性幹擾，這場運動嚴重混淆了敵我界限，誇大敵情，捕風捉影，濫施專政，以致造成了許多冤假錯案。
四是整黨建黨。從1968年冬到中共九大前後，全國各地根據毛澤東提出的整黨建黨綱領（即"黨組織應是無產階級先進分子所組成，應能領導無產階級和革命群眾對於階級敵人進行戰鬥的朝氣蓬勃的先鋒隊組織"）以及毛澤東提出的"吐故納新"方針，普遍開展整黨建黨工作，逐漸恢複了在全麵動亂中被破壞的各級黨的組織機構和組織生活。但由於整黨建黨的指導思想是錯誤的，因而在這一過程中處分了一些不應處分的黨員，吸收了相當數量不夠黨員條件的人人了黨。同時，一些"造反起家"的人和打砸搶分子混人黨內。這樣不但進一步打擊迫害了許多黨員幹部，而且使一批投機分子混入黨內。五是精簡機構，下放科室人員。主要是按照毛澤東的設想，實行自上而下的精簡下放，如下放幹部，辦"五七"幹校等。許多單位在精簡下放的名義下，把大批幹部、技術人員下放，借機排斥知識分子和異己力量。
六是改革不合理的規章製度，主要是結合"大批判"中對"修正主義路線"的批判，對建國後所製定的各種規章製度實行"大破大立"，對中國調整階段所製定的一係列工作條例完全否定，造成了嚴重的思想混亂和實際工作中的無章可循的混亂局麵。
以上各項內容在"鬥、批、改"中是交叉進行的，沒有按毛澤東所說的步驟進行。另外，在"鬥、批、改"運動中，又出現了超出毛澤東具體規定之外的內容，如對知識分子的"再教育"和"給出路"、"教育革命"、"上山下鄉"、"文藝革命"等。
由於"文化大革命"總的指導思想是"左"的、錯誤的，因此，"鬥、批、改"的各項具體工作也必然是"左"的、脫離實際的。在什麼是社會主義、什麼是資本主義，什麼是馬克思主義、什麼是修正主義的問題都混淆不清的情況下，"鬥、批、改"的結果，不僅不能"鞏固和發展文化大革命成果"，實現所謂"天下大治"，反而否定了建國後17年積累起來的許多寶貴經驗，給人們的思想和各項工作造成了難以估量的損失。
中共九大後展開的"鬥、批、改"運動，由於"九一三"事件和隨後開展的批林整風運動而中斷。
中國共產黨第九次全國代表大會年4月，在文化大革命達到高潮、實現所謂的"全國山河一片紅"的特殊曆史條件下，中國共產黨召開了第九次全國代表大會。
中共八大通過的《中國共產黨章程》規定，"黨的全國代表大會每屆任期五年"，在正常情況下，中共九大應在1961年召開，但因60年代初期國家麵臨嚴重困難，毛澤東對國內階級形勢和黨內狀況的錯誤估計，黨的領導層在許多重大問題上存在嚴重分歧，以及毛澤東對劉少奇等一些中央領導人的不滿和不信任等原因，中共九大未能如期舉行。