在1966年8月中共八屆十一中全會上，毛澤東寫出"炮打司令部"的大字報，並領導開展了對劉少奇的批判之後，明確提出了籌備中共九大一事。他說："要開九次大會，大概是在明年一個適當的時候再開，建議委托中央政治局和它的常委會來籌備這些事。"但由於會後全國形勢朝著全麵動亂的方向發展，中央政治局及其常委會無法展開工作，九大的籌備工作再次推遲。
秋，毛澤東委托中央文革小組成員張春橋、姚文元在上海做調查，以便確定召開中共九大的日期和具體準備工作。lO月，中共中央、中央文革小組發出《關於征詢對九大問題意見的通知》給各地參考。11月，中共中央發出由中央文革小組起草的《關於征詢召開九大的通報》。《通報》中強調了5條：要把關於社會主義社會階級鬥爭的"左"傾錯誤理論寫入九大黨綱；要寫一本黨內兩條路線鬥爭史；九大要大力宣傳"林副主席"是毛主席的親密戰友和接班人，並寫人九大的報告和決議；要把"新生力量"（造反起家分子）選人黨的中央委員；要把被誣陷為"叛徒、特務、反革命修正主義分子"的領導統統清除。這5條實際上成為各地準備九大、修改黨章的指導思想。
9月，除台灣省以外，各省、市、自治區革命委員會全部成立後，召開中共九大的條件已經成熟。10月在北京舉行了中共八屆（擴大的）十二中全會，為中共九大的召開做了思想、政治和組織上的準備。
4月1日至24日，中國共產黨第九次全國代表大會在北京舉行，出席代表1512人，代表全國2200萬黨員。當時全國省、市、自治區黨委全都沒有"重建"，絕大多數黨員還沒有恢複組織生活，九大代表根本不可能是黨員選舉產生的，隻能是少數人醞釀協商產生的。江青等人趁機將他們的幫派體係塞進九大，甚至個別非黨員也參加了九大。而相當多的原八屆中央委員和候補委員因被審查或監禁而未能出席九大。
中共九大的議事日程是：林彪代表中國共產黨中央委員會作政治報告；修改中國共產黨章程；選舉黨的中央委員會。
月1日，中共九大正式開始，毛澤東主持會議，致開幕詞。毛澤東在概要回顧了中國共產黨曆次全國代表大會的情況後，希望大會"能夠開得好，能夠開成一個團結的大會，勝利的大會"。隨後由林彪代表黨中央作政治報告。政治報告分8個部分，而基本思想則是所謂"無產階級專政下繼續革命的理論"。
報告係統地、全麵地論證了"無產階級專政下繼續革命的理論"，把它作為社會主義革命的指導思想和"文化大革命"的理論依據肯定下來，全麵肯定了"文化大革命"是對馬列主義理論和實踐的一個偉大的新貢獻；並把黨的全部曆史歸結為兩條路線鬥爭的曆史，虛構了所謂以劉少奇為頭子的"資產階級司令部"。報告第一次把整個社會主義曆史階段以階級鬥爭為中心的錯誤指導思想正式確認為黨的基本路線，強調階級鬥爭要"年年講"，"月月講"，"天天講"，由此規定了"認真搞好鬥、批、改，把上層建築領域中的社會主義革命進行到底"的任務。報告在分析國際形勢時，誇大了世界革命形勢和中國革命的國際意義；對戰爭到來的可能性作了緊迫和誇大的估計，過分強調要準備打仗，並提出準備同蘇聯、美國早打、大打，打核戰爭。4月2日起，大會分組討論林彪代表中央所作的政治報告和中國共產黨章程的修正草案。在討論過程中，結合"鬥私批修"，批判的矛頭指向參加會議的老同誌。14日，中共九大舉行第二次全體會議，由毛澤東主持。在毛澤東、林彪、周恩來、陳伯達、康生、黃永勝、王洪文、陳永貴、孫玉國、尉鳳英、紀登奎等人發言之後，大會對政治報告和黨章修正草案進行表決，一致通過了政治報告和黨章。
中共九大通過的新黨章有嚴重錯誤，它將"無產階級專政下繼續革命的理論"的基本觀點和文化大革命寫入了總綱。它肯定了對毛澤東的個人崇拜，高度評價了林彪，將"林彪同誌是毛澤東同誌的親密戰友和接班人"寫人了黨章，開創了黨史上從未有過的惡劣先例，嚴重違背了民主集中製和集體領導的原則。它刪去了黨員權利的條文，使黨員處於無權利的地位；取消了中央書記處和中央監察委員會，放棄了黨內監督，強化了黨內集權。4月15日起，大會進行第三項議程，醞釀提名和選舉中央委員、候補中央委員，並繼續分組討論在各地、各單位落實大會提出的任務。