月15日，大會主席團發出了關於中央委員和候補中央委員的選舉辦法，即先由各代表團提名、經主席團彙總，提出候選人名單草案，再交各代表協商產生候選人名單，然後進行無記名投票，選出正式候選人名單，最後進行無記名投票的正式選舉。選舉辦法規定了毛澤東、林彪為"當然候選人"；周恩來、陳伯達、康生、江青、張春橋、姚文元、謝富治、黃永勝、吳法憲、葉群、汪東興、溫玉成、李作鵬、邱會作、劉賢權等15人為"一致通過的候選人"；原八屆中央委員和候補中央委員提名為九屆中央委員會候選人的不得超過53人；九屆中央委員和候補中央委員的總數不超過250人；各類人員應有一定的比例。選舉辦法下達後，各小組開始醞釀、協商、選舉候選人名單。因軍隊和工農候選人提名太多，候選人總數突破了250人的限額，達到279人。
月24日，中共九大舉行第三次全體大會，由林彪主持，正式選舉第九屆中央委員會。在選舉中、林彪、江青等人一方麵暗中操縱選舉，隻讓老同誌得票剛過半數而勉強當選，以損害他們的威望；另一方麵，林彪、葉群還布置同夥少投江青等人的票，以打擊江青等人。經過無記名投票，170名中央委員候選人和109名候補中央委員候選人全部當選；毛澤東當選為中央委員會主席，林彪當選為副主席。最後，林彪宣布九大閉幕。
月28日舉行了九屆一中全會，選舉中央機構成員。毛澤東當選為中央委員會主席，林彪當選為副主席，毛澤東、林彪、周恩來、陳伯達、康生當選為中央政治局常委。當選為中央政治局委員的除上述5人外，還有葉群、葉劍英、劉伯承、江青、朱德、許世友、陳錫聯、李先念、李作鵬、吳法憲、張春橋、邱會作、姚文元、黃永勝、董必武、謝富治、李德生、汪東興。以上政治局委員、候補委員25人中，林彪、江青一夥占了一半以上。
中共九大的召開，使"文化大革命"的錯誤理論和實踐合法化。九大在思想上、政治上和組織上的指導方針都是錯誤的。同時，九大也加強了林彪、江青、康生等人在黨中央的地位。
中共九大標誌著"文化大革命"第一階段的結束。九大以後，"文化大革命"進入"鬥、批、改"階段。
周恩來總理同柯西金會談年9月，中國和蘇聯兩國領導人為緩和珍寶島事件以來中蘇邊境的緊張形勢，利用參加越南勞動黨主席胡誌明葬禮的機會，在北京首都機場就中蘇邊界問題舉行的一次外交會談。
中蘇兩國有著7500多公裏的共同邊界，邊界問題一直是兩國曆屆政府懸而未決的問題。60年代初，兩國關係惡化後，邊界問題日益敏感。中國政府多次建議蘇聯通過和平談判方式解決邊界問題，並提出在解決之前維持邊界現狀、避免衝突的6項建議。但蘇聯政府卻支持以1860年《中俄北京條約》附圖中沙皇俄國單方麵繪製的一條紅線為邊界。而這條紅線僅表示當時沙皇俄國以烏蘇裏江、黑龍江為界的意願，不能表明邊界線的確切位置和江中島嶼的歸屬。因此，中國政府不能同意蘇方的要求，主張按國際法準則，以江中主航道為邊界線。1964年2月，中蘇雙方在北京舉行邊界談判，因蘇方的原因而沒有取得任何結果。兩國關係破裂後，蘇聯在中蘇邊境屯集重兵，頻頻挑起邊界事端。到1969年3月的珍寶島事件，中蘇衝突達到頂峰。此後，蘇聯在中蘇邊境增兵百萬，對中國進行軍事威脅。中國則在"準備打仗"的口號下，掀起了備戰高潮。中蘇邊境劍拔弩張，大有一觸即發之勢。與此同時，中蘇兩國政府並沒有放棄外交談判的努力。
3月21日，蘇聯部長會議主席柯西金約見中國駐蘇使館官員，提出同中國領導人進行直接電話磋商。次日，中國政府以備忘錄答複："從當前中蘇兩國關係來說，通過電話的方式進行聯係，已不適用。如果蘇聯政府有什麼話可說，請通過外交途徑正式向中國政府提出。"3月29日，蘇聯政府就中蘇邊界問題發表聲明，一方麵堅持其立場，一方麵表示願通過談判解決分歧，並恢複1964年在北京開始的邊界談判。4月1日，中國政府表示"正在考慮給予答複"。4月11日，蘇聯政府建議雙方從4月15日起在莫斯科協商，並要求中國政府答複。5月，中國政府做出答複："雙方應通過外交途徑商定舉行中蘇邊界談判的日期和地點。"
月3日，越南勞動黨主席胡誌明逝世，中國總理周恩來率中共代表團、蘇聯部長會議主席柯西金率蘇聯代表團分別前往河內吊唁胡誌明的逝世。柯西金在參加完胡誌明的葬禮後傳話說，希望在回國途經北京的時候與中國領導人見麵。毛澤東在京召集中央政治局會議討論後，決定同意柯西金前來中國會談。9月10日，當柯西金等人乘飛機回到蘇聯塔吉克共和國首府杜尚別時，得到了中國方麵的答複：中國總理歡迎同他會晤。柯西金轉經伊爾庫茨克飛往北京，於9月11日上午10時30分到達北京首都機場。同機到達的還有卡圖謝夫、雅斯諾夫、巴紮諾夫等蘇聯黨政領導人。周恩來、李先念、謝富治、喬冠華等中國領導人前往迎接。雙方在候機樓西側的貴賓室進行了長達3小時40分的坦率而誠懇的會談。