在"文化大革命"前夕的《五七指示》中，毛澤東指出"學生也是這樣，以學為主，兼學別樣，即不但學文，也要學工、學農、學軍，也要批判資產階級。學製要縮短，教育要革命，資產階級統治我們學校的現象，再也不能繼續下去了"。中共八屆十一中全會通過的《關於無產階級文化大革命的決定》也強調："改革舊的教育製度、改革舊的教學方針和方法，是這場無產階級文化大革命的一個極其重要的任務。""在各類學校中，必須貫徹執行毛澤東提出的教育為無產階級政治服務、教育與生產勞動相結合的方針，使受教育者在德育、智育、體育幾方麵都得到全麵發展，成為社會主義有覺悟的有文化的勞動者。""文革"開始後，毛澤東多次就大學如何辦發表指示。1968年7月21日，毛澤東在一份調查報告中批示："大學還是要辦的，我這裏主要說的是理工科，但學製要縮短，教育要革命，要無產階級政治掛帥，走上海機床廠從工人中培養技術人員的道路。要從有實踐經驗的工人、農民中選拔學生，到學校學幾年之後，又回到生產實踐中去。"後來，毛澤東在談到辦文科院校時又強調"要以社會為課堂"，"以階級鬥爭為主課"。這些提法明確地表達了大學要到社會和實踐中去辦的思想，從而為高等院校下放埋下了伏筆。
隨後，林彪、江青集團利用手中的權力，歪曲毛澤東教育革命的主張，散布和發展了這些主張中偏激和錯誤的部分，為高等院校下放大造輿論。同時，他們又在高等院校內煽風點火，鼓動和教唆青年學生"革命"、"造反"、"懷疑一切"、"打倒一切"，使高校長期停課，派性充斥，山頭林立，武鬥不斷，無政府主義泛濫，成為教育戰線乃至國家的重災區。從1968年下半年起，各高校陸續進駐了工人解放軍毛澤東思想宣傳隊，高校的秩序漸漸恢複正常。由於沒有從根本上解決動亂的根源，再加上林彪、江青集團的破壞，教育革命的問題仍未解決，高校中動亂依舊。1969年，"文革"進入"鬥、批、改"階段，高等院校的出路成為急待解決的問題之一。在這種情況下，林彪、江青等人進一步策動高校下放。
2、3月召開的全國計劃工作座談會上印發了《中央各部關於企業管理體製下放的初步設想》，其中對中央部門直屬的大專院校集中在大城市、脫離實際的情況提出了批評。冶金、煤炭、石油等19個部委提出將所屬的大專院校下放到廠礦去。8月1日，國家計委發出的《關於企業體製下放情況簡報》中指出：石油部直屬的14所大專院校中已有13所下放地方，林業部門正準備下放所屬大專院校。這時下放部屬高等院校隨企業下放而零星出現的。大規模高等院校的下放是在其主管機關教育部撤銷之後發生的。
lO月，教育部撤銷。教育部及其所屬的人民教育出版社、高等教育出版社、中央教育科學研究所、北京函授學院等事業單位全體幹部、職工共1258人，在教育部軍管小組和駐教育部的工人宣傳隊的帶領下，下放到安徽鳳陽縣教育"五七"幹校勞動鍛煉，繼續進行"鬥、批、改"。教育部的撤銷和全體幹部、職工的下放使全國教育工作失去了統一領導。
10月26日，中共中央發出《關於高等院校下放問題的通知》。《通知》的主要內容是：國務院各部門所屬的高等院校（包括半工半讀、函授學校），設在北京市的，仍歸有關部門領導；設在外地的，可交由當地省、市、自治區革命委員會領導；與廠礦結合辦校的，也可交由廠礦革命委員會領導；設在其他地方的，交由當地省、市、自治區革命委員會領導。教育部所屬的高等院校（包括函授學校），全部交由所在省、市、自治區革命委員會領導。高等院校在本校所在省、市、自治區以外設有分校或教改機構的，則實行以總校為主、當地革委會為輔的雙重領導。下放給地方的高等院校，除了為當地培養人材外，還要為國家培養人材，因此，學校的招生和畢業生分配，都納人國家計劃。