根據《通知》精神，原中央所屬各部高等院校大都下放地方領導。到1971年7月，原中央部屬院校176所，調整後，保留下來131所。第二、三、四、五、六機械工業部所屬軍事工業院校實行部門與地方雙重領導，以地方為主的管理體製，仍舊由中央有關部門領導的還剩6所。
除此之外，一大批高等院校在調整過程中還被搬遷裁並。1969年10月，林彪"一號命令"下達後，一批設在北京、上海、廣州、長春、鄭州等大中城市的高等院校被外遷；更多的高校則以"鬥、批、改"、辦"五七"幹校、試驗農場、分校、教育革命實踐等名義，分散到農村"戰備疏散點"，學校的大批員工及部分家屬也被下放到農村。
1月31日，國務院科教組、國家計委向國務院提出《關於高等院校調整問題的報告》。8月13日，國務院同意報告提出的調整方案。這個報告規定了高等院校的管理體製是：在中央統一計劃下，實行以"塊塊為主"（多數院校由地方領導）；部分院校由地方和中央部門雙重領導，以地方為主；少數院校由中央部門直接領導。並確定，將全國417所高校保留309所，合並43所，撤銷45所，改為中專17所，改為工廠3所，增設7所。
高等院校下放給高等教育造成嚴重破壞。據統計，1965年，全國共有高校434所，到1971年，共砍掉106所，剩下328所。其中原有的6所政法院校全部被撤銷，原有的18所財經院校被撤銷了16所。搬遷合並的高校共64所。尤其是農林院校，全國有47所，其中23所搬遷達45次，致使經過17年努力業已形成的農業院校教育體係被搞亂，校無定址，人無定居，教無定所。在高等院校下放、搬遷和裁並過程中，許多學校的校舍被占用，圖書資料、儀器設備大量散失，損失之大，後果之嚴重難以估量，以致給後來高等教育的發展帶來極大困難。
林彪集團的形成與發展林彪集團是文化大革命期間出現的，以林彪為首，以黃永勝、吳法憲、葉群、李作鵬、邱會作為主要成員，以奪取黨和國家最高權力為目的進行反革命陰謀活動的集團。它是隨林彪地位的上升而逐漸形成的。1969年中共九大的召開，是林彪集團發展的頂峰。
林彪取代彭德懷擔任國防部長並主持中央軍委工作後，個人野心膨脹，陰謀攫取更大的權力。他主要通過以下途徑和步驟逐步實現自己的野心，形成了以自己為核心的反革命集團。
首先是通過製造對毛澤東的個人崇拜和堅定地支持毛澤東發動文化大革命來獲取毛澤東的信任。
林彪在《關於加強部隊政治工作的指示》中提出：學習毛澤東著作要"帶著問題學，活學活用、急學急用、立竿見影"。1962年，林彪在"七千人大會"上發表與眾不同的講話，說："過去的工作搞得好的時候，正是毛主席思想不受幹擾的時候。凡是毛主席思想不受尊重，受到幹擾時，就會出毛病。當前出現的困難，恰恰是由於有許多事情沒有按照毛主席的指示去做而造成的。如果按照毛主席的指示去做，如果都聽毛主席的話，那麼困難會小得多。"毛澤東對林彪的這個講話很滿意，要求作為會議文件下發。1964年後，林彪在軍隊建設中提出要"突出政治"，"毛澤東的書，是我們全軍各項工作的最高指示。毛主席的話，水平最高，威力最大。句句是真理，一句頂一萬句"。"突出政治"遭到了羅瑞卿等高級將領的反對，卻得到了毛澤東的支持。
林彪抱定宗旨，"緊跟"毛澤東。他處理中央傳閱文件的原則是"主席劃圈我劃圈"，亦即"毛澤東同意我同意"。當毛澤東醞釀、決定發動文化大革命在中央受阻的時候，林彪堅決地支持毛澤東的意見，在1966年5月的中央政治局擴大會議上，積極讚成會議為發動文化大革命所采取的種種措施，並聲色俱厲地發表了"五一八講話"，大講反政變、反複辟，大講毛澤東個人天才，非常鮮明地向會議表明軍隊支持文化大革命。
林彪製造的對毛澤東的個人崇拜和對文化大革命的堅定支持，進一步取得了毛澤東的信任，他的政治地位再次上升。1966年8月，毛澤東主持召開中共八屆十一中全會，旨在排除來自中央的阻力進一步發動文化大革命。為借重軍隊的力量，毛澤東特意通知正在大連養病的林彪到會。這次會議通過了指導文化大革命的綱領性文件《中國共產黨中央委員會關於無產階級文化大革命的決定》，調整、改組了中央領導機構。在調整後的中央政治局常委的排列順序中，林彪由原來的第六位上升到僅次於毛澤東的第二位，並在會後成為事實上唯一的副主席。
其次，林彪在其政治地位上升至僅次於毛澤東的第二號人物後，除了繼續"緊跟"毛澤東外，還開始有意識地拉山頭，培植親信，為他吹喇叭、抬轎子，造輿論，充當打手。正是在這種背景下，林彪原來的老部下，時任廣州軍區司令員的黃永勝、空軍司令員吳法憲、海軍副司令員李作鵬、解放軍總後勤部部長邱會作，先後聚集在林彪周圍，成為林彪的"四大金剛"，林彪集團初步形成。