5月，毛澤東在姚文元送閱的《北京新華印刷廠軍管會發動群眾開展對敵鬥爭的經驗》文章上作了批示，"在我看過的同類材料中，此件是寫得最好的"，"建議此件批發全國"。不久，中共中央、中央文革小組轉發了這一材料，要求全國各地"有步驟地有領導地把清理階級隊伍這項工作做好"。8月，姚文元在《工人階級必須領導一切》的文章中公布了毛澤東的指示："建立三結合的革命委員會，大批判，清理階級隊伍，整黨，精簡機構、改革不合理的製度，下放科室人員，工廠裏的鬥、批、改，大體經曆這麼幾個階段。""清理階級隊伍"成了"鬥、批、改"的主要內容之一。此後，"清理階級隊伍"作為毛澤東親自抓的"六廠二校"經驗之一，用於指導全國的"鬥、批、改"運動。
兩報一刊元旦社論《用毛澤東思想統帥一切》再次強調："清理階級隊伍的工作必須抓緊"。在4月舉行的中共九大會議上，"清理階級隊伍"作為"鬥、批、改"的主要內容和步驟被肯定下來。之後，"清理階級隊伍"工作逐漸有步驟、有領導地在全國全麵展開。當時是利用軍管和工宣隊領導的方式，把"文化大革命"前定性的階級敵人，如地主、富農、右派以及"文化大革命"中被打成"叛徒"、"特務"、"走資派"、"漏網右派"的人，總之，一切"有問題"的人統統清查一遍。
九大以後，"清理階級隊伍"的重點是"一打三反"和清查"五一六"。
1月31日，中共中央發出《關於打擊反革命破壞活動的指示》，主要內容有6項，一是要放手發動群眾，用戰備的觀點觀察一切、檢查一切、落實一切，使群眾認清，打擊反革命破壞活動是一場激烈的階級鬥爭，是打擊帝、修、反"別動隊"的鬥爭，實際上也是一項重要的戰備工作。二是要突出重點，打擊的重點是現行反革命分子。三是要嚴格區分兩類不同性質的矛盾，分清敵我，區分輕重。四是要大張旗鼓地、廣泛地、深入地做好宣傳、動員。五是要統一掌握批準權限，按照中央規定，殺人要由省、市、自治區革命委員會批準，報中央備案，六是要加強領導，必須由首長負責，自己動手，具體指導，深入實施。
月5日，中共中央發出《關於反對貪汙盜竊、投機倒把的指示》和《關於反對鋪張浪費的通知》，要求在全國範圍內放手發動群眾，掀起大檢舉、大揭發、大批判、大清理的高潮，開展"一打三反"（即打擊反革命分子、反對貪汙盜竊、反對投機倒把、反對鋪張浪費）運動。
清查"五一六"始自1967年下半年。1967年5月，北京出現了少數人參加的"首都五一六紅衛兵團"組織。這個組織利用《五一六通知》公開發表的機會，在北京偷偷印了和張貼誣蔑攻擊周恩來的傳單、大字報，激起了廣大群眾的憤恨。這年8月發生的"揪軍內一小撮"、造反派奪外交部長陳毅的權、火燒英國駐京代辦處等嚴重事件之後，毛澤東認為，必須製止這股"極左"思潮，製止反對周恩來活動的蔓延，打擊"首都五一六紅衛兵團"。
月8日，《人民日報》發表了毛澤東審閱的姚文元《評陶鑄的兩本書》一文。毛澤東親自在文中加了一段話，指出所謂的"五一六"的組織者和操縱者，是一個搞陰謀的反革命集團，"這個反革命組織的目的是兩個，一個是要分裂和破壞以我們的偉大領袖毛主席為首的黨中央的領導；一個是要分裂和破壞無產階級專政的主要支柱——偉大的人民解放軍"。隨後，這個"首都五一六紅衛兵團"的小組織被揭露出來，其主要成員被拘捕審查。其他地區並未有類似組織，事情本應就此結束，但操縱打擊"首都五一六紅衛兵團"的林彪、江青、康生等人卻別有用心地要求在全國範圍內開展揪"五一六"分子的政治運動。
，為統一領導，中央成立了清查"五一六"專案領導小組，陳伯達任組長，謝富治、吳法憲為小組成員，在全國範圍內開展了批判和清查"五一六"的運動。因"五一六"並沒有明確的標準和標誌，在清查過程中，負責清查的領導通過查組織、追表現，大搞逼供信和株連，隨意地把自己的對立麵指為"五一六"。林彪、江青等人則趁機把許多反對中央文革小組，反對自己的幹部、群眾打成"五一六"分子。