正在這時又發生了永壽宮大火，嘉靖帝想重建宮殿，征求嚴嵩意見。嚴嵩請嘉靖帝暫居南城離宮，而這裏曾是英宗被困做太上皇時住的地方，嘉靖帝為此非常不高興。而徐階立刻明白了皇帝的意圖，主張重修永壽宮，次年竣工，改名為萬壽宮。從此，皇帝有事更加不問嚴嵩了。更有一位方士藍道行，在一次為嘉靖帝占卜時，借天意曆數嚴嵩父子罪行，嘉靖帝因而動心。禦史鄒應龍得知此事後，在徐階的支持下，上疏參奏嚴嵩父子不法行為。終於，在嘉靖四十一年（1562）嚴嵩被罷官削籍為平民，嚴世蕃被判到邊疆充軍，查沒家產時，從嚴府搜出白銀二百餘萬兩。兩年後，嚴嵩病故。
縱觀嘉靖朝，後宮內汙穢迷亂，朝堂上奸佞當道，明王朝陷入嚴重的危機之中。
戚繼光抗倭
十四世紀中葉，中國的近鄰日本進入南北朝分裂時期，封建諸侯割據，互相攻占，爭權奪利。在戰爭中失敗了的一些南朝封建主，就組織武士、商人和浪人到中國沿海地區進行武裝走私和搶劫燒殺的海盜活動。曆史上稱為“倭寇”。明朝初年，倭寇就對中國沿海地區進行侵擾，但那時明朝政府國力強大，加強海防，所以倭寇未釀成大患。但到明世宗嘉靖時，因國勢衰弱，海防破壞，浙江和福建海防的戰船竟隻剩下十之一二，士兵也隻剩十分之四。倭寇對中國沿海的侵擾又猖獗起來。
正當倭患長期不得平定的時候，明朝軍隊中出了個抗倭名將——戚繼光。戚繼光，字元敬，出生於一個武將世家。六世祖戚祥曾隨朱元璋的義軍南征北討，戰死在雲南。從此，戚家就世襲登州衛指揮僉事一職。按照明朝製度，指揮僉事是正四品武官。戚繼光在家庭的熏陶下，自小就讀書習武，並在嘉靖二十三年（1544）父親戚景通去世後襲職，年僅十八歲，可謂少年得誌。但是，戚繼光並不想躺在先人留下的資本上睡大覺，他要憑借自己真正的實力去實現自己更高的追求。嘉靖三十一年（1552），他參加了山東舉行的鄉試，中了武舉。能中武舉可是了不起的成就，因為當時一般參加武舉的人，能通過第一場“馬上射”考試的僅十分之七，能通過第二場“步下射”的僅十分之三，再通過“策論”考試的就僅為二十分之—了。嘉靖三十二年（1553年），戚繼光升任為署都指揮僉事一職，成為正三品的官員。離京赴任前，戚繼光曾賦詩一首，名為《馬上作》。詩雲：“南北驅馳報主情，江花邊月笑平生。一年三百六十日，多是橫戈馬上行。”戚繼光後來的歲月，確如這首詩中所言，一生戎馬倥傯。他先後在山東、浙江、福建等地抵禦倭寇，特別是在浙江和福建的抗倭戰場上展現了他卓越的軍事才能。
嘉靖三十四年（1555）秋，戚繼光來到浙江。當時，浙江沿海的倭寇非常猖獗，而明軍腐敗，缺乏戰鬥力。明朝政府先後撤換了數位官員，又征調河北、山東、廣西等地的客兵入浙江平倭。但是，客兵對於抗倭毫無積極性，往往臨戰奔逃，又趁機勒索搶奪平民，甚至還殺戮平民來冒功。因此，民間廣泛流傳著這樣的諺語：“寧遇倭寇，毋遇客兵。遇倭猶可逃，遇兵不得生。”當時，還有一個比較能幹的官員，他就是胡宗憲。從嘉靖三十三年起，胡宗憲就參加了東南地區的禦倭戰爭。在一次軍事行動中，戚繼光向胡宗憲提出了一些合理建議，使胡宗憲對剛來浙江的戚繼光非常賞識。在他的推薦下，戚繼光被擢升為參將，鎮守浙江沿海的寧波、紹興、台州三府。三府靠近海濱，防倭任務艱巨。因此，這一任命，將戚繼光推到了抗倭戰爭的風口浪尖上。
龍山所戰役，戚繼光初展才能。龍山所位於浙江慈溪縣境內，它的東麵是舟山群島，倭寇頻繁在此出沒。嘉靖三十五年（1556）九月下旬，一支約有八百餘人的倭寇竄入慈溪沿海，攻到了龍山所。當時，參將盧鏜和遊擊尹秉衡率兵前往迎敵。新近上任的戚繼光也整軍參戰。猖狂慣了的倭寇絲毫不將素來孱弱的明軍放在眼裏。三個倭寇首領率眾攻來，明軍連連潰退。戚繼光深知擒賊先擒王的道理，他跳上一個高處，張弓搭箭，一連三箭將三個倭寇首領射倒。這三箭，顯示出戚繼光高強的武藝，也穩住了明軍的敗勢，開始向倭寇反攻。倭寇見沒能討到便宜，便立即撤退。這雖然隻是一次小的戰鬥，但是戚繼光的勇武，已經為眾官兵所敬服。