崇禎帝吊死煤山之後，退居到江淮以南的原明王朝的親王和官員們重建政權，先後出現了福王弘光政權、唐王隆武政權、魯王監國政權、紹武政權、桂王永曆政權，統稱為南明政權，或南明小朝廷。但他們偏安一隅，隻圖享樂，不思進取，甚至相互攻擊，爭權奪利，在清軍強大的攻勢下，最終都難逃敗運，誰都沒能承擔起再興大明的願望。
崇禎十七年（1644），李自成的農民軍攻占北京。在中原的潞王、周王、魯王、福王、桂王等紛紛逃到南方。南京，作為明朝的陪都，此時成為了明朝殘餘勢力的聚集中心。在這裏，群臣決定擁立新君，重建統治南方的半壁江山。但立誰做皇帝以繼承明朝皇室血統呢？大臣們分成了兩派：一派以正直愛國的官員、南京兵部尚書史可法為代表，主張擁立相對賢明的潞王；另一派是以鳳陽總督馬士英為首的腐敗官僚，他們力主擁立福王。福王朱由崧是明神宗的孫子，福王朱常洵的長子，從血緣關係上最有資格當選。但他貪婪荒淫，喜歡酗酒，昏庸無能。馬士英正是看到福王的昏庸可以用來方便自己專權，因此力保福王，甚至調大軍前來施加壓力。最後，由於馬士英有強大的軍隊做後盾，他的意見終於占了上風，福王朱由崧在南京即皇帝位，年號弘光。馬士英則獨攬大權，任兵部尚書、內閣大學士。而史可法被排擠出朝廷，前往揚州督師。
弘光朝廷自始至終是個腐敗透頂的政權，它把明末政府的腐敗醜惡一股腦兒地繼承下來。弘光帝朱由崧整天沉湎於酒色之中，以演雜劇、飲烈酒、淫幼女為樂。他派人挨門挨戶地搜羅美女招進宮中，弄得人人自危，社會騷亂。而他的人生信條就是及時行樂。崇禎十七年（1644）除夕，清軍大兵壓境，百官見朱由崧在大殿上愁眉不展，以為皇帝是在為兵事擔心，誰知一問，原來他卻是因為梨園中沒有好的戲子而發愁。皇帝昏庸，大權則完全旁落在馬士英的手中。馬士英任人唯親，把正直的官員逐漸都排擠出朝廷，還賣官鬻爵，對官階公開標價，而向他行賄的數量多少不僅決定官階的大小，還直接影響升遷的快慢。百姓們憤慨極了，街頭巷尾流傳著這樣的歌：“都督滿街走，職方賤如狗。相公（指馬士英）隻愛錢，皇帝但吃酒。”朝中權臣胡作非為，對戰事毫無抵抗的決心，錯誤地製定了“聯清滅順”的方針，造成武將間紛爭不斷，軍事上不堪一擊。
弘光政權本擁有近百萬的軍隊，但一開始就與農民軍誓不兩立，還一廂情願地派遣使臣與清軍議和，幻想用割地賠款納貢的方式聯合清軍進攻農民軍，重建大明王朝。滿洲貴族入主中原的野心由來已久，此時力量強大，根本不買南明政府的賬，將明朝使臣軟禁了起來。順治二年（1645）三月，派清和碩豫親王多鐸率軍南下。清軍出虎牢關，直指徐州。徐州總兵李成棟歸降，引導清軍南下。在此緊急關頭，鎮守長江中下遊的明軍將領左良玉不滿馬士英的專橫跋扈，發兵進攻南京。弘光帝急忙下詔給史可法，命他率軍回撤，救援南京。在江北督師的史可法主張應著重對付清兵，但大權在握的馬士英還以清除異己為重，將得力部隊從江北撤回，調到西麵前線對付左良玉，造成江北空虛，清軍如入無人之境。史可法無奈也隻好帶兵回南京，剛過長江，得知左良玉已經病死，而清軍已經逼近揚州，又急忙趕回江北。此時的揚州就是一座孤城，城內守備力量單薄，史可法隻有一萬多人卻要抵擋清軍十萬大兵，形勢萬分險惡。他給遠在南京的母親和妻子寫了遺書，決心與揚州城共存亡。
清軍開始輪番攻城。揚州軍民在史可法愛國精神的鼓舞下，誓死抵抗，打退了清軍的一次又一次進攻。三天過去了，揚州城巋然不動。最後，多鐸調來西洋大炮轟城，而且把炮口對準了史可法親自防守的西門，一顆顆炮彈呼嘯著落到西北角，終於將城牆炸開了一個大缺口，潮水般的清軍衝進城來，史可法自刎未死，被清軍俘獲。多鐸勸他投降，他說：“城存我存，城亡我亡；頭可斷，誌不可屈！”從容就義。多鐸因為攻城的清軍傷亡嚴重，竟慘無人道地下令屠殺揚州百姓作為報複。大屠殺整整持續了十天，這就是曆史上有名的大慘案——“揚州十日”。
揚州失守後不久，清軍輕而易舉地攻占了南京，弘光政權宣告滅亡。之後，又有兩個小朝廷建立起來：一個是魯王政權，明末著名的大學者黃宗羲在餘姚起兵，殺掉了清浙江撫使，聯合浙江總兵方國安等，推舉魯王朱以海繼承王位。另外，禮部尚書黃道周等在福州擁立明太祖第九世孫唐王朱聿鍵繼皇帝位。唐、魯兩個政權同時出現，卻勢同水火。唐王以叔輩自居，要求節製魯王，魯王拒不聽從，雙方互殺來使，同室操戈。而這兩個政權同弘光政權一樣，十分腐敗，迅速滅亡了。後來，南明勢力還曾建立永曆政權和紹武政權。建立永曆政權的是明神宗之孫、桂端王朱常瀛的第四個兒子朱由榔，在廣西巡撫瞿式耜等人擁戴下在廣東肇慶監國，後遷到廣西梧州。建立了紹武政權，但僅一個多月就被清軍李成棟在廣州殺死，紹武政權滅亡。