由於有瞿式耜的堅守和英勇抵抗，永曆政權得以在廣西一隅稍得喘息，並得到大西軍餘部的支持。但永曆政權內部統治者爭權奪利，而且對農民軍猜忌，甚至準備進攻農民軍。不久，瞿式耜在桂林城被破後，為清軍俘獲，英勇就義。大西軍領袖李定國也抵抗失利，後病逝。順治十六年（1659）正月，清軍攻下昆明，桂王逃亡緬甸。順治十八年（1661），吳三桂率兵進入緬甸，將桂王俘獲，第二年在昆明將桂王處死，南明的最後一個政權也滅亡了。
國破山河在
在南明政權與靖軍的抗爭中，有一支主力，他們一直堅持鬥爭，把明朝的旗號又保持了一段時間。其間，湧現出一位流芳百世的英雄人物——鄭成功。
鄭成功，原名森，字大木，是鄭芝龍的長子。鄭芝龍，福建南安人，原來是來往於福建沿海和南洋一帶的大海盜。後來受明朝招安，任福建總兵。他擁立南明隆武帝，因手握兵權在小朝廷裏舉足輕重。鄭成功的母親是一位日本人，他出生在日本，崇禎三年（1630）七歲時回到祖國。此後，他一直接受中國傳統的民族文化教育，不但聰明敏捷，而且有遠大誌向，喜歡讀《孫子兵法》、《春秋左傳》等書。後來考中秀才，二十一歲時進入南京國子監學習。
隆武帝準備北伐時，鄭成功已是父親軍中的一名將領，才二十二歲。他深得隆武皇帝的賞識，被賜姓朱，改名為成功，並封他為禦營中營都督，人稱“國姓爺”。清兵攻入福建後，父親鄭芝龍要投降清軍，以保住鄭家的財產。鄭成功找到父親苦苦相勸，想用民族大義打動父親，放棄降清的念頭。但鄭芝龍執迷不悟，親自到清營投降，反而被清軍挾持，帶到北京軟禁起來。後來清兵殺來，隆武帝出逃，鄭成功的母親受辱自殺。他悲憤地跑到金門，順治四年（1647），率領九十餘人在海上起義，在廣州南澳招兵買馬，組織軍隊。順治四年到六年，他從南澳出發，攻占閩南沿海，順治七年（1650）奪取廈門。廈門當時叫中左所，鄭成功將它改名為思明州，並遙奉在廣西的南明桂王為尊，以示自己反清複明的決心。鄭成功在廈門設立了六官分理政事，擴大武裝，製造戰艦，操練兵馬。鄭成功軍紀嚴明，在一次戰鬥中，他堂叔鄭芝鵬臨陣逃跑，鄭成功按照軍法，將他斬首。從此，沒有人敢再違犯他的軍令。為了解決部隊給養，他還利用漳州、泉州等地的有利條件，積極發展海上貿易，籌措資金，準備與清軍戰鬥。
清軍派他弟弟帶著鄭芝龍的親筆信，來勸鄭成功投降，說：“你不投降，父親的性命難保。”鄭成功回信，宣布盡忠不能盡孝，堅持抗清立場。順治十一年（1654），支持永曆政權的大西軍李定國進攻廣東，約鄭成功會師，鄭成功親自率領水師進攻揭陽（今廣東汕頭一帶），永曆皇帝封他為延平郡王。但因清軍的進攻，李定國轉而向西，會師作戰的計劃沒能成功。
順治十六年（1659），為了牽製清軍對桂王的進攻，鄭成功又自任招討大元帥，聯合抗清將領張煌言的部隊，率領八十三營水陸十七萬大軍，幾千艘戰船，開始北伐。不出半個月一連攻下四府三州二十二個縣，江南許多州縣，紛紛起義，響應鄭成功，清廷大受震動。但接連的勝利使鄭成功有所驕傲，就在南京指日可下的時候，竟中了清軍的緩兵計。清軍南京守將郎廷佐派人哀求鄭成功，說：“按照本朝的法令，如果守城超過三十天再敗，守將的妻兒就不會一同受罪責了。請寬限三十天，就開城投降。”鄭成功以為對方真心投降，便下令大軍隻困守城池，但不進攻。部下勸他應一鼓作氣打下南京，鄭成功不聽，竟一拖就是兩個月，在南京城外設酒擺宴，以捕魚為樂。清軍準備充分後，趁鄭軍懈怠之機，從城內挖地穴出城，突然發動襲擊，鄭軍則倉促應戰，全線潰敗，損失慘重。鄭成功被迫退回廈門。
北伐失敗後，清軍乘勢向福建掃蕩。鄭成功在金門、廈門一帶與清軍苦戰。但這一帶地方狹小，軍餉不足。清廷又下了“迂海令”，命沿海的居民內遷三十裏，漁船、商船都不許出海，這就切斷了鄭成功與沿海人民的聯係，使鄭軍在大陸更難以立足。鄭成功急需一個更為穩固，清兵不易進攻的根據地。台灣地處福建對岸，隔著台灣海峽，善於陸戰的清軍卻不善舟楫，因此，台灣成為鄭成功理想的選擇。
當時，台灣正處在荷蘭人的控製之下。台灣自古就是中國的領土，天啟二年（1622），當時的海上強國荷蘭，為擴展其殖民勢力強占我國台灣西南的澎湖列島，雖曾幾次被趕出，但後來不甘失敗的侵略者還是在崇禎十五年（1642）打敗西班牙，獨占了台灣。荷蘭殖民者為了鞏固對台灣的統治，在島上的險要地方建築起城堡和兵站，駐軍守備，對台灣人民則強加苛捐雜稅、販賣鴉片、搶掠奴隸、鎮壓居民的反抗，實行血腥統治。