湘軍在湖南、湖北戰場雖然屢遭挫折，但畢竟取得了幾場像樣的勝利，扼製住太平軍西征計劃的實施。清政府獲悉消息後，不得不承認湘軍的戰鬥力已超過原有的綠營。然而，隨著與太平軍的戰鬥不斷進行，湘軍的勢力也隨之越來越大，湘軍將領的聲望也越來越高，這就引起了清廷的疑慮。早在湘軍最初組建之時，軍機大臣祁巂藻就向皇帝說過：“曾國藩一在籍侍郎，猶匹夫也。匹夫居閭裏，一呼蹶起，從者萬人，恐非國家之福。”正因為如此，清廷對湘軍總是放心不下，對湘軍將領很少提拔重用。最初幾年裏，湘軍中隻有胡林翼當上了湖北巡撫，而曾國藩自己長期以來隻是以侍郎的空銜統領湘軍，沒有任何地方實權。這樣，各省總督、巡撫常常在兵餉和後勤方麵與曾國藩的湘軍為難，致使曾國藩心緒一直不好，多次向皇帝上書大發牢騷，甚至產生不想再幹下去的念頭。鹹豐七年（1857年），曾國藩曾明確提出了權位的要求，但清廷依舊沒有給予滿足。鹹豐十年（1860年）四月，太平軍徹底摧毀了清軍的江南大營，綠營軍幾乎全部崩潰。與此同時，英、法軍隊北上的危機又迫在眉捷，清廷為了攏絡曾國藩和湘軍，便任命曾國藩為署理兩江總督。同年六月，實授曾國藩為兩江總督，並授欽差大臣督辦江南軍務，節製大江南北水陸各軍。
次年四月，湘軍與太平軍在安慶展開激戰，經過五個月的戰鬥，湘軍以地雷轟塌城牆之法攻入城內。接著曾國藩又命兵分二路攻擊太平軍。次年，湘軍主力由曾國荃率領，由皖北沿長江東下進攻天京；次年，左宗棠率領另一支湘軍，由江西進攻浙江；李鴻章率淮軍進攻上海附近一帶。曾國藩自己則坐陣安慶指揮全局。同治三年（1864年）七月，湘軍攻陷天京，太平軍失敗。八月，曾國藩裁撤兵勇25000人。留下一萬人鎮守南京，又派15000人為皖南、皖北遊擊之師。後繼續在皖、鄂、豫、魯等地進攻撚軍，又分兵進攻陝甘回民軍和貴州苗民軍。
在與太平軍作戰後期，隨著曾國藩實權的驟增，其湘軍係統的將領多有升遷。其弟曾國荃被賞頭品頂戴，任浙江按察使。由曾國藩舉薦的李續宜、沈葆楨、李鴻章、左宗棠分任安徽、江西、江蘇、浙江巡撫。此外廣西巡撫劉長佑、河南巡撫嚴樹森、貴州巡撫江忠義，也都屬湘軍係統的人。湘軍成為清政府中一支重要武裝，也是一個占據重要位置的政治集團。
八國聯軍侵華
清光緒二十五年至二十六年（1899——1900年），在中國北方爆發了大規模的義和團反帝愛國運動，波及全國，西方列強見清政府鎮壓無效，極其恐慌，從光緒二十六年（1900年）三月開始，用各種手段不斷恐嚇清政府，一步步加緊對中國的侵略。各國外交使團先是警告清政府，必須明令禁止義和團的活動，否則各國政府將采取“必要手段”保護外僑生命財產。隨後，英、美、德、法四國公使又照會總署，要求清政府兩月內“剿滅”義和團，否則將出兵“代剿”。隨後，英、美、德、意、法、俄軍艦在大沽口外舉行聯合示威。五月二十一日，外交團照會總署，勒令清廷將參加習拳，傳布揭貼恐嚇外人者，一律查辦；將拳眾聚會之住處屋主，一並收監；將查辦拳眾不利之員一律懲辦；將為首焚殺之拳眾，一並正法；將縱拳助拳之人盡行誅戮；直隸與鄰省有拳團之處，地方官出示嚴禁。否則各國將自行調兵辦理。二十八日，公使團議定調兵來京，武裝幹涉義和團運動。三十一日，美、英、法、意、日、俄六國公使借口“保衛使館”，調兵三百多人侵入北京。隨後，德、奧又派軍隊八十名侵入北京，進駐東交民巷各使館，建築工事，槍擊義和團民。俄、英、德、日、美、法、意兵船二十四艘停在渤海灣和大沽口外示威，並派一部分軍隊在大沽口強行登陸，並且進駐天津租界。
六月十日，英、美、德、法、俄、日、意、奧等組成八國聯軍2100百多人，在英國海軍中將西摩爾的率領下，乘火車由天津向北京進犯。為阻擋八國聯軍進犯，義和團和清軍拆毀了通往北京的鐵軌，沿途阻擊敵人，使聯軍三天才走了130裏。在落垡和廊坊，義和團在董福祥的甘軍配合下給八國聯軍以重創，聯軍“進京之路，水陸俱窮”。迫使聯軍逃往楊村，又向天津方向節節敗退。沿途又遭到團民襲擊，在西沽武庫又被清軍和義和團層層包圍。直到二十六日，才在大隊援兵解圍之下回到天津租界。在西摩爾聯軍進犯期間，北京的聯軍經常開槍射殺義和團民和普通群眾。六月十四日下午，德國公使克林德帶領一排德國兵外出，命令士兵開槍，打死正在練武的團民約20人。當西摩爾聯軍在廊坊車站受阻時，沙俄海軍中將基利傑勃蘭特與各國海軍頭目合謀奪取大沽炮台，作為大舉進攻中國的灘頭陣地。十六日下午八時，聯軍向大沽炮台守將提督羅榮光發出最後通牒，限於十七日午夜二時前交出炮台，被羅榮光斷然拒絕。於是，聯軍先於通牒限定時間轟擊大沽炮台，正式挑起了八國聯軍大舉入侵中國的戰爭。羅榮光率領將士與敵激戰六小時，斃傷敵軍130餘人，擊傷敵艦六艘。但是羅榮光孤軍無援、腹背受敵，導致大沽口三個炮台失守。隨後，聯軍從大沽登陸，強占了塘沽等地。經過三天的燒殺，塘沽變成一片廢墟。清政府於六月二十一日頒布諭旨向聯軍宣戰。大沽失守後，義和團和清軍開始了天津保衛戰，在老龍頭火車站、紫竹林租界地等處與聯軍展開浴血奮戰。六月三十日從大沽登陸的聯軍增至18000多人，其中日、俄軍隊最多。七月九日，聯軍在天津城南發起總攻。直隸提督聶士成率部4000多人，在城南八裏台與敵遭遇。聶士成冒著槍林彈雨一馬當先迎戰來犯之敵，聶士成中炮，腹裂腸出，壯烈犧牲。七月十四日天津失陷。八國聯軍在天津城內搶劫、縱火與屠殺，致使天津“積屍數裏，高數丈”，河上浮屍“阻塞河流”。官署、錢莊、商店、工廠、倉庫、民宅均被搶劫一空。七月二十二日，由列強主持的天津都統衙門成立，對天津、靜海、寧河等地實行殖民統治。沙俄率先在占領區成立俄租界，各國紛起效仿，已占有租界的英、法、日、德則擴大地盤；未占有租界的意、比、奧也各占一塊，形成列強分割天津的局麵。