三月十四日，李鴻章率參議李經方，參讚馬建忠、伍廷芳、羅豐祿、美國顧問科士達等隨員一百多人，前往日本馬關議和。二十日，李鴻章與日本首相伊藤博文、外相陸奧宗光在馬關春帆樓開始談判，雙方交換全權證書，李鴻章勸日本不要“尋仇不已”，要求先議停戰協定。第二天，雙方舉行第二次談判，商議停戰之事。伊藤提出停戰條件：日軍占領大沽、天津、山海關，解除上述各地清軍武裝，日軍管理天津至三海關鐵路，清政府負擔停戰期內日本軍費。在這種情況下，李鴻章被迫要求先不談停戰，隻議和條款。對此伊藤限定李鴻章於三日內答複停戰要求。二十四日，李鴻章正式備文拒絕日本提出的停戰條件，要求先談議和條款。伊藤允許第二天提出議和條件。當李鴻章在返回寓所的途中，被一早已隱伏的日本浪人小山豐太郎用槍擊中左頰、血流不止，頓時暈倒。小山是日本自由黨方麵的打手，他們認為議和時機未到，不占領北京是日本的恥辱，所以有意來破壞議和，以此擴大對華戰爭。李鴻章被刺後，伊藤、陸奧感到人心已變，不能再戰，如果此時談判破裂，對日極為不利，同時，也擔心因此招致列強幹涉。於是在二十八日，陸奧與李鴻章在病榻前議定無條件停戰。三十日，中日簽訂為期二十一天的停戰條約，但範圍不包括澎湖和台灣。但是，兩天後日本首次公布議和條件，提出和約底稿，條件苛刻，並限四日內答複。李鴻章為此進行了多次爭辯。先後兩次向日本送說帖。逐條請求減讓。四月九日，李鴻章提出體麵修正案，允割遼南、安東、寬甸、鳳凰、岫岩四地與澎湖列島，賠款一億兩，新訂商約“以中國與泰西各國現行約章為本”。次日，李鴻章與伊藤舉行第四次談判，日本提出修改稿，將遼東割地由北緯41°以南縮至營口、海城、鳳凰城、安平河以南，將賠款由三萬萬兩減為二萬萬兩，商埠由七處減為四處，聲稱此為盡頭條款，中國隻有答應或不答應而已，不能減少。同時又威嚇：如果談判破裂，中國全權大臣一旦離去此地，是否再能安然出入北京城門，亦不以保證。李鴻章急忙請旨應付。清廷聞訊後，答應割台灣一半，但是，一定要爭回牛莊、營口。日方得到李鴻章的答複後，繼續進行恫嚇，並運兵至大連灣加以威脅。四月二十日，清政府致電李鴻章：倘無可再商，即與訂約。李鴻章連續發回三封電文，催促清政府照日方改款定約。十四日，清廷批準李鴻章“遵前旨與之下約”。第二天，中日雙方舉行最後一次談判，李鴻章與伊藤博文議定《中日馬關新約》（即中日《馬關條約》），共十一款，附有《另約》，《議訂專條》。
《馬關條約》主要內容是：（一）中國承認朝鮮完全獨立自主。（二）割讓遼東半島、台灣全島及所有附屬各島嶼和澎湖列島。（三）中國賠償日本軍費二萬萬兩白銀，分八次交完，三年之內全數清還。（四）開放沙市、重慶、蘇州、杭州為商埠，“以中國與泰西各國現行約章為本，訂立兩國通商行船條約及陸路通商章程。新訂約章未經實行之前，所有日本政府官吏、臣民及商業、工藝、行船船隻，陸路通商等，與中國最為優待之國禮遇護視一律無異”。（五）允許日本在中國通商口岸設立工廠，任便從事各項工藝製造；產品遠銷中國內地時，隻按進口貨納稅，並準在內地設棧寄存。條約還規定日本在條約批準後三個月內撤退，但為保證中國履行條款，日軍暫時占領威海衛。在另約中又規定：第一，所有暫行駐守威海衛的日本軍隊駐守需費，“中國自本約批準互換之日起，每一周年屆滿，貼交四分之一——庫平銀五十萬兩”。第二，在威海衛，應將劉公島及威海衛口灣沿岸四十裏以內地方，為日本國軍隊伍駐守之區。無論何處中國軍隊不宜逼近或駐紮，以杜生釁之端。第三，日本軍隊所駐地方，“治理之務仍歸中國官員管理；但遇有日本國軍隊司令官為軍隊衛養安寧軍紀及分布管理等事必須施行之處，一經出示頒行，則於中國官員亦當責守”。
四月二十二日，光緒皇帝看到李鴻章派專人送來的條約之本，鑒於割地一事太苛刻，曾拒絕批準，但他毫無實力，頂不住內外壓力，延至五月二日，不得不批準《馬關條約》。第二天任命伍廷芳、聯芳為換約大臣。五月八日，伍廷芳、聯芳與日本伊東美久治在煙台換約，《馬關條約》開始生效。
戊戌變法
甲午戰爭後，中國民族資產階級逐漸形成了一股政治力量，資產階級改良主義思想迅速發展，從而醞釀成一場變法維新的政治運動。
光緒十四年（1888年），康有為到北京參加順鄉試，在京期間，他第一次上書光緒皇帝，請求朝廷批準，實行變法維新，提出了“變成法，通下情，慎左右”這一挽救民族危亡的政治主張。由於當政大臣的阻撓，此書沒有送到皇帝手中。兩年後，康有為回到廣州，開始招收學生講學，後來正式設立“萬木草堂”學館，宣傳變法維新的道理，康有為變法維新的思想體係趨於成熟。在這裏聽講的有他的弟子梁啟超、徐勤等人。在講學的同時，康有為先後撰寫出《新學偽經考》、《孔子改製考》等著作，為變法維新運動做了思想準備。