深化金融體製改革的指導思想是要有利於進一步培育和促進社會主義市場經濟的發展。一方麵，要有利於微觀搞活，給企業造成自主經營、自負盈虧、平等競爭的外部環境；另一方麵，要有利於宏觀控製，使國民經濟總體運行在市場調節的基礎上，在政府依據市場作出的計劃指導下，以較高的速度持續、穩定、協調地向前發展。
金融體製改革的基本目標：一是穩定貨幣，二是支持經濟發展。金融必須根據經濟發展的不同階段和變化，提供各種服務，促進國民經濟的健康發展。同時，必須堅持穩定的貨幣政策。貨幣穩定是經濟穩定的必要條件，這是因為經濟的發展與貨幣的發行有著內在的聯係，存在著一定的規律，違背這一規律，貨幣發多了或發少了，都會影響經濟健康成長。我們既要考慮滿足經濟高速增長對貨幣的需要，促進經濟的發展，更要十分注意保持貨幣的穩定，防止信貸規模過分膨脹，保證經濟能夠長期又好又快地持續發展。
金融體製改革的核心是建立銀行風險機製。當前，我國銀行和企業的經營機製尚未根本改變，企業仍在相當程度上吃銀行的大鍋飯。一些企業熱衷於向銀行借錢上項目。至於項目上了以後能否按時還貸，經濟效益如何，考慮較少，或者說尚未形成這樣的自擔風險的約束機製。銀行放款基本上也不承擔風險責任，貸款越多，留利越多，由此造成大量壞帳、呆帳。使國家資產蒙受損失。因此，必須通過深化金融體製改革，像鄧小平所要求的那樣把銀行辦成真正的銀行，成為自主經營、自負盈虧、資金自求平衡、自擔風險、自我約束、自我發展的金融企業，實現金融資產盈利性、安全性和流動性的最優組合，提高整個社會資金的使用效益。在我國逐步建立和完善以中央銀行為領導、國有商業銀行為主體、多種金融機構分工協作的金融組織體係。
積極發揮現有商業銀行和非銀行金融機構的作用。建立銀行風險機製，除了主要擔負政策性業務的銀行以外，應當使我們的銀行都按照商業性銀行的要求來辦，認真搞好貨幣經營，講究效益，追求利潤，為國家積累建設資金。但商業銀行是我國金融體製改革過程中產生的新事物，本身還需要不斷完善。現行的一些法規或管理製度也不利於商業銀行按照市場原則和其他銀行公平競爭，在競爭中求發展。同時還要看到，一些該管的地方也沒有管起來，出現了有的銀行過多地參與股票、債券的投資活動，甚至用大筆資金去做房地產。有些非金融機構沒有嚴格執行金融法規、條例，超規格投放貸款，個別的甚至沒有規模也去搞投放。當前，對現存的商業銀行，要加強指導，解決發展中存在的矛盾和問題。要進行規範化管理，更好地發揮商業銀行的作用。還應當根據需要和可能，有計劃、有步驟地發展一部分新的商業銀行，要逐步使它們成為一種行業性的自律組織。對非銀行金融機構也是如此，要積極扶持它們發展，切實加強管理，更好地發揮它們的作用。
我國擁有工商、農業、建設和中國四家國家專業銀行。這些銀行既承擔著政策性職能又承擔著經營性職能。它們同時承擔著這兩種職能，往往兩方麵的職能都發揮不好，既不利於宏觀調控又不利於提高資金營運效益。要對它們加以改革。第一步，先搞分帳管理，將現有各專業銀行承擔的政策性業務與經營性業務劃分開來，按不同原則進行管理，分別考核。政策性業務也必須講究經濟效益。第二步，根據需要和可能，先試辦一二家政策性銀行，從實踐中取得經驗。第三步，待上述兩步改革取得成功並積累了必要的經驗後，再考慮兩種業務徹底分離，機構分設，把專業銀行辦成專業的國有商業銀行。
中國人民銀行作為中央銀行，是國務院領導和管理全國金融事業的國家機構。它主要承擔國家宏觀調控經濟的職能，做好金融的宏觀決策，保持通貨穩定，促進經濟發展。中央銀行不能搞經營性活動。應集中精力根據社會主義市場經濟的要求製定金融政策法規，建立良好的金融秩序，加強對專業銀行、商業銀行以及非銀行金融機構的監督管理，從整體上提高我國信貸資金防範風險的能力。中央銀行要在完善貸款限額管理辦法的同時，運用多種經濟手段加強間接調控。整個金融體製改革，必須在中央銀行的領導和監控下有計劃地進行。