十二月，金廷使臣張通古、蕭哲以詔諭江南為名，入境南宋。秦檜自感此稱謂將招致朝廷群臣非議，遂與蕭哲商議，乞求改“江南”之稱為“宋”，改“詔諭”之名為“國信”。金使南下，再次激起抗金軍民的反對。宋京東、淮東宣撫處置使，兼河南、河北諸路招討使韓世忠先後五次上疏力諫，希望能廢止議和，與金軍決一死戰。但宋廷始終不許。金使入朝，聲言金廷冊封趙構為帝。秦檜甚至要求趙構“引屈己之禮”，接受金廷的冊封。趙構對此難以接受，而朝廷內外更難以容忍。淮西製置使揚沂中、權主馬步軍司解潛及殿帥韓世良相繼告之秦檜，如若軍民群起攻之，將如何辦？且告秦檜黨羽，領兵在外的嶽飛、韓世忠等將領若責問此事，又將如何作答？秦檜見此情景，不免心虛，更恐怕宋帝難以接受金廷的要求而改變初衷，便以辭職作為試探。趙構雖不願屈己受金廷之封，但求和之意甚為急迫，見秦檜欲辭職，竟聲色俱厲，依舊要他主持議和之事。秦檜知宋帝仍堅持求和，遂又與禦史中丞勾龍如淵、右謙議大夫李誼、給事中樓照等人商定，由秦檜攝家宰接受國書，而後將金廷國書藏於禁中。宋帝趙構同意此議，下令由秦檜赴驛館麵見金使。金使又提出，讓宋廷文武百官備禮參拜，秦檜無奈，隻好令三省屬吏著朝服導從，自己則代表宋帝正式跪拜，接受金帝詔書。根據金帝詔書稱，南宋作為金朝的屆國，向金稱臣，每年貢金銀25萬，絹25萬匹。而交換的條件為，金廷將河南、陝西之地劃歸宋朝，且允許歸還太上皇帝趙佶的梓宮，以及放還原宋宗室成員。此屈辱和議一定，宋廷竟視為喜事，大加慶賀。而張浚、嶽飛、徐俯等將領強烈反對投降求和的行徑，於上表中譏諷秦檜的投降賣國，表示要誓死抗金，使“秦檜讀之大怒”⑦。
宋紹興九年（金天眷二年，1139），金廷履約歸還宋廷陝西、河南之地。宋帝趙構與秦檜立刻派王倫以簽書樞密院事，充迎奉梓宮、奉還兩官、交割地界使的身份與副使藍公佐等人赴金廷辦理議和、交割事宜。七月，金帝完顏亶以謀反罪處死操縱朝政的領三省事完顏宗磐、左副元帥完顏昌（撻懶）及完顏雋等人，而以完顏宗斡為太師、領三省事，完顏宗弼（兀術）為都元帥。完顏宗弼等人反對議和，遂拘留王倫等人，且決定再次南侵。十年五月，完顏宗弼等撕毀盟約，率領金軍南下攻宋，河南諸州縣重鎮相繼失守，宋帝為之大驚。宋軍官兵奮起抗擊，淮西宣撫使張俊領兵攻克毫州（治今安徽毫縣）；軍將王勝占據海州（治今江蘇連雲港西南）；湖北、京西宣撫使嶽飛攻占郾城（今屬河南）。盡管各路捷報頻傳，執意與金議和的秦檜卻慫恿宋帝下詔，令各路宋軍“班師”。九月，北上抗金的宋軍被迫放棄收複的州縣重鎮，退回原駐守地。秦檜的投降政策，招致金軍更大規模的進攻。十一年正月，完顏宗弼自兩淮南侵，攻占壽春（今安徽壽縣），金將韓常所部突入廬州（治今安徽合肥）。趙構急令東京副留守劉綺率軍渡江往援淮西；又令淮北宣撫副使楊沂中統兵3萬，自臨安趕赴前線；再令嶽飛軍東進江州（治今江西九江），以為策應。劉錡與王德、楊沂中等軍合兵，於廬州東南柘皋鎮大破金軍，局勢轉危為安。嶽飛等主戰派官僚再次上奏，請求北伐，收複失地，重建一統江山。可是秦檜等投降派通過宋帝連續下詔，令錡嶽飛停止進兵，火速救援淮西。秦檜命令楊沂中及張俊先行撤兵，致使抗金鬥爭在關鍵時候再度受挫。此後在相當長的一段時間內宋廷未能出兵抗金。
為了掃清與金求和道路上的障礙，秦檜又陰謀盡收諸將兵權。四月，他與宋帝趙構以賞賜柘皋之捷為由，密召韓世忠、張俊、嶽飛赴臨安府，論功行賞，授予韓世忠、張俊同為樞密使，嶽飛為樞密副使，實際解除了他們的兵權。而其中的張俊早已秉承宋帝、秦檜的旨意，自請解除兵權，樞密使因此控製在投降派手中。六月，秦檜升任尚書左仆射，同中書門下平章事兼樞密使。他朝柄在握，不顧嶽飛的一再反對，解除抗金將領劉鏑的兵權。又派劉光遠、曹勳出使金朝，再派魏良臣為通問使，亦赴金朝，以盡早促成議和。不久，魏良臣偕金朝使臣蕭毅等人返宋，帶來金廷的議和條件；以淮河為宋、金疆界，宋須割讓唐（治今河南唐河）、鄧（治今河南鄧縣）二州予金。秦檜立刻派禦史中丞何鑄入金，表示接受所提議和條件。八月，宋帝罷免嶽飛。九月，秦檜夥同張俊收買嶽飛部將、鄂州前軍副統製王俊及部將王貴，誣告嶽飛及其勇將張憲陰謀竊據襄阻府（今湖北襄樊）反叛。十月，金完顏宗弼又發兵南侵，攻占泗州（今江蘇盱眙北）、楚州（今江蘇淮安）等地，以脅迫宋廷盡快議和。秦檜、張俊等人唯恐惹怒金廷，不敢派兵北上，任憑金軍於江北肆虐。相反，卻於朝中大興嶽飛之獄派與嶽飛有隙的監察禦史萬俟及禦史中丞何鑄、大理卿周三畏等親信黨羽審訊論罪。嶽飛入獄後，曆盡嚴刑拷打，毫不屈服。