但這裏有一個問題，即珍妃究竟因何被囚禁，是因為她“讚襄新政”嗎？通過正史野乘，可以得出結論，她之被囚，絕非因為“讚襄新政”。從時間上來說，她之被囚在光緒二十年，而戊戌變法遲至四年之後的光緒二十四年才發生，她雖生長在得風氣之先的廣州，並受教於文廷式，但思想也不會先進到康梁的程度吧？如果她在光緒二十年即因“讚襄新政”被囚，豈不成了康梁之前驅，吾國思想與革命之啟蒙者？珍妃利用光緒賣官鬻爵是事實，但她對慈禧的攬權幹政，使光緒不得一展抱負的不滿，也是顯然的。慈禧之殺珍妃，不是因她“習尚奢華”，“屢有乞請”，也不是因她“讚襄新政”，而是因為她策劃使光緒留京。光緒若能留京主持大局，則慈禧“西狩”便成流放，永無回京之望！
第三種說法，珍妃自己投井自殺。這一說法主要來自當事人的口碑資料。據《我所知道的慈禧太後》一書記載，隆裕曾經告訴作者的爺爺，說：“很多人都說是我嫉妒告她黑狀，所以老太後派人把她推到井裏去了。其實事情是這樣的：當時被八國聯軍打敗後，洋人軍隊打到了北京。在完全沒有取勝希望的情況下，老太後西行。當時的情況非常緊急，因為誰也不清楚這幫洋人最後會幹什麼，會不會像燒圓明園那樣，把紫禁城也燒了？當然西行帶不了那麼多人，因為人多了就會成為負擔。但是因為當時光緒是皇帝，而我是皇後，同時又是老太後的親侄女，要帶也隻能帶我和皇上走。而其他的一些親屬就地回娘家躲避，妃子們也不例外。可是當時的珍妃非常氣盛，不服從老太後的指揮，並當場頂撞了老太後。在那個緊急時刻，珍妃一直對老太後說，‘我是光緒的妻子，我要跟著去。您有偏見，皇後是您的侄女，所以您帶她走。所以我也請求你帶我走’。這就讓老太後非常難堪。從另外一層上講，本來老太後就對珍妃平日的作為有點不高興，再加上這些緊急時刻的頂撞，老太後氣得臉色發白，直打哆嗦。在皇宮裏，大清朝幾百年來從來沒有人敢於這麼頂撞太後，即便是皇上都從來沒有過，何況一個珍妃。老太後也是一個非常要臉麵的人，所以氣得當時抬腳就走，珍妃一直跟著老太後說自己的理由，於是就來到了距離珍妃住所不遠處。珍妃這時候還不死心，對太後說，‘我是光緒的妻子，就要跟皇上在一起，不在一起，寧願死。活著是皇家人，死了是皇家鬼’。老太後一聽，就更加生氣，本來火燒眉毛的事情，哪還有時間吵架啊。於是就對珍妃說：‘你願意死就死去吧’。當時離說話的地方不遠處就有一眼井，於是珍妃緊走兩步，說，‘那既然這樣，我就死給你看’。於是直接就奔井口去了。老太後一看情況不對，這孩子跟我頂撞兩句，怎麼還真的去死啊。於是對崔玉貴說，‘趕緊去拉住她’。但是這個時候已經晚了，當崔玉貴跑過去的時候，珍妃已經跳下去了。老太後一看沒辦法了，內憂外患啊，於是沒來得及管她，就走了”。
據此，此書指出，珍妃不是慈禧殺的，那些傳言都是錯誤的。其實事情遠遠不像人們想像的那樣，因為慈禧和珍妃都死了，所以人們就隨意把一些屎盆子尿盆子都扣到了慈禧的腦袋上。與其他觀點不同的是，此書的作者甚至指出，因為珍妃非常有才幹，又非常聰明漂亮，所以慈禧非常喜歡珍妃。在慈禧看來，珍妃就是一個年輕的慈禧，這些都讓慈禧對珍妃有著一種別樣的感情。
珍妃之死無疑是清代後宮又一未解之謎，珍妃之死，正史的記錄都語焉不詳。野史和口述史料的記錄詳細，但可信度不及正史，且版本很多。自殺還是他殺至今仍不得解。