慈禧挪用海軍軍費去修清漪園雖然是在秘密的狀態下進行的，但世上沒有不透風的牆，這樣的事情很快就在社會上傳揚開來。偶爾也有一些正直的官員犯言直諫。但是慈禧等人不但沒有收斂，反而變得更加明目張膽起來。
公元1888年3月13日，朝廷以光緒皇帝的名義發布上諭，宣布改清漪園為頤和園，並對頤和園進行一次大修，以慶祝老佛爺的六十大壽，還要求天下臣民都應該盡一份孝心。在這樣的情況下，如果還有誰敢提出異議，豈不就是違旨抗尊，大逆不道了嗎？有了這個上諭，慈禧等人挪用海軍軍費也就名正言順了，而這也使我們比較清楚地看到他們究竟挪用了多少海軍軍費。
錢沒有花在刀刃上
上諭發布後兩個月，海軍衙門就一次性地撥給頤和園工程處所謂“閑款”四十五萬餘兩。其實海軍所需的日常費用是很大的，海軍衙門本來就入不敷出，根本不可能有什麼“閑款”可挪，這筆款項隻不過是從海軍將士的牙縫裏硬給摳出來的。海軍衙門的撥款所剩無幾的時候，奕譞又想到采用巧立名目這一招，設立“海防捐”一項，在各地籌募海軍軍費。
而原有的海軍撥款加上新籌集的海防捐中一大部分，都用於修建頤和園。
公元1893年，眼看慈禧的六十慶典就要到來，頤和園的工程尚未竣工，資金缺口還不小。為了不使頤和園工程延誤，海軍衙門又把目光投向鐵路款項上。當時海軍衙門除管理海軍外，還監管鐵路事宜。此時關東鐵路的修築工程正在緊張地進行著，每年兩百萬兩的築路專款則成了李鴻章等人眼裏的肥肉。於是他們就采用刮肉補瘡的辦法，停建關東鐵路一年，把兩百萬兩築路費挪用到頤和園的工程上。
為了慈禧在頤和園嬉戲遊玩，北洋海陸軍的兵工廠還必須無償承造小輪船、小船塢、小鐵路和電燈等項工程，還從外國訂造火車廂和鐵軌，這些項目的工料費共約四十萬兩。
此外，慈禧還用海軍軍費修繕“三海”，即今天的北海和中南海的合稱。到公元1888年，挪用於頤和園和三海工程的海軍軍費達到六百萬兩；到公元1894年頤和園停工時止，共挪用1400萬兩左右，實際上還有許多漏計的部分。如果除去修三海的錢，用於修繕頤和園的海軍軍費當不下一千萬兩。這一千萬兩可不是個小數目，當時清政府全年的財政總收入是七八千萬兩，而用於修頤和園的就差不多占了七分之一。試想一下，如果把挪用的經費用於加強海軍力量又會是怎樣？
康有為等維新派為了反慈禧的需要，誇大其挪用數目，說是差不多有三千萬兩，也是不符合實際的。總之，慈禧等人確實挪用了海軍軍費用於修繕頤和園，且數目不小，專家估計在六百萬到一千四百萬兩之間。在當時中國那種內外交患的情況下，無疑是雪上加霜。