運籌帷幄，力削三藩
三藩是明降將帶領清軍入關鎮壓農民起義的三個藩王，即留鎮雲南的平西王吳三桂、留鎮廣東的平南王尚可喜、靖南王留鎮福建的耿精忠。這三個藩王都有軍事指揮權，在政治上又結黨營私大搞獨立王國，在經濟上壟斷了地方財權，逐漸形成了獨霸一方的割據勢力。
康熙十二年即公元1673年，平南王尚可喜上書請求回遼東養老，由其子尚之信繼承爵位，仍然鎮守廣東。康熙帝玄燁認為消除三藩、平定割據的時機已到，遂下詔批準尚可喜養老，但不同意尚之信襲爵位。平西王吳三桂和靖南王耿精忠聞訊，知道朝廷要撤藩，於是一麵假意上疏請求撤藩，一麵調兵遣將準備叛亂。清王朝的一些大臣怕引出禍端，而康熙帝則認為三藩為禍，撤亦反，不撤亦反，必須早為平定，遂下詔吳三桂、耿精忠同時撤藩。同年11月，吳三桂首先叛亂，自稱天下都招討兵馬大元帥。轉年3月，耿精忠響應吳三桂起兵福州。康熙十五年即公元1676年，尚之信起兵廣東。一些漢族將領紛紛響應，戰火在不斷蔓延。
清王朝統治集團關於如何對待三藩問題發生了分歧，堅定主張平定三藩的占少數，多數認為不宜動用武力，可恢複三藩，甚至主張撤藩的大臣向吳三桂謝罪。當時的五世達賴喇嘛竟主張罷兵分治，承認割據。康熙帝玄燁力排眾議，堅持平叛。吳三桂打出叛旗後，即向東進軍貴州、湖南，向北進軍四川、陝西，並聯合廣東、福建，一時甚為囂張。康熙帝采取的軍事戰略為：保守湖北，阻敵北上；進軍江西；阻斷兩藩；穩定陝西，不使發展。這一戰略在軍事上孤立了吳三桂，在政治上突出安撫收買的政策。結果把耿精忠、尚之信爭取過來，倒戈重新投歸清王朝。當時最堪憂慮的是陝西參加叛亂的提督王輔，他一再叛附不定。玄燁對他仍予寬容，最後還是把他爭取過來了。這就把吳三桂的勢力堵在四川境內不能向外發展。
經過這一係列戰略的實施，廣西、廣東、福建、江西、陝西重新為清軍控製。吳三桂見大勢不利，遂於公元1679年在湖南衡陽即帝位，國號周，建元昭武，不久便病死，他10歲的孫子吳世蹯繼位，這時軍心民心都已渙散了。吳軍屢戰屢敗，水師將軍林興珠降清。清軍水陸猛攻嶽陽，吳軍潰敗，長沙吳軍也棄地逃回貴州、雲南。康熙帝見南方地形不利騎兵活動，遂確定以漢軍綠營打先鋒，滿兵繼後前進。他任命陝西提督趙良棟為勇略將軍兼雲貴總督，與湖廣總督蔡毓榮、平南將軍賚塔，分別從四川、湖南、廣西向貴州、雲南進軍。趙良棟在攻取貴州後，直趨昆明，城內文武官員紛紛投降，吳世璠自殺。三藩平定後，康熙帝加強了對漢族軍閥的控製，徹底廢除了藩王製，以加強王朝的集中統一。這次戰爭使清王朝避免了一次國家的分裂，加強了中央集權，使雲貴沿海地區的經濟得到恢複和發展，在各方麵都起了進步作用。
知人善任，收複台灣
台灣自古以來就是中國的領土。明中葉以後因政治腐敗、內憂外患頻仍，清王朝遂無暇顧及海疆，致使台灣被荷蘭、西班牙殖民者占領。麵對殖民者的殘暴統治，鄭芝龍、鄭成功、鄭經祖孫三代經營台灣、收複台灣、治理並開發台灣，維護了祖國領土的統一，挫敗了殖民者以台灣為據點對我國東南沿海地區進行擴張的野心。
三藩叛亂之時，鄭經曾與耿精忠合謀進攻廣東，約定事成後平分秋色。耿精忠降清後，鄭經依舊糾合舊部騷擾沿海一帶，燒殺搶掠，一派海盜行徑。鄭經這時已經背棄了鄭成功據台抗清複明的初衷。在清軍的打擊下，鄭經很快在東南沿海失去了立足之地，率部回到台灣。康熙十年即公元1681年，鄭經死後，大將馮錫範殺了鄭經的長子，另立年幼的鄭經次子鄭克塽繼承明延平郡王的王位，政治日益黑暗。在這種情況下，台灣已成為一種割據勢力，阻礙了國家的統一。
三藩平定後，收複台灣已成為清政府的首要之務。福建總督姚啟聖多次上書康熙帝，乘台灣內亂之機用武力收複台灣，康熙帝接受了他的建議。姚啟聖全力貫徹康熙招撫鄭經所屬軍民的諭旨。他廣貼告示，宣布保護沿海百姓，歡迎海上投誠人員，並在漳州設“修來館”，安置了大批鄭氏投誠官兵。凡來自鄭氏集團的歸附之人，清政府皆屏棄前嫌，著實安置，提供生活所需。在這樣的政策下，招撫工作收到較好的效果。公元1679年初，鄭氏五鎮大將廖琠、黃靖、賴祖、金福、廖興率部歸附，大大削弱了鄭經的勢力。
清軍入關前逐步裝備火炮，入關攻城略地，常仰賴火炮的威力。
以武力收複台灣的決心已下，任用得力的軍事將領便成了當務之急。姚啟聖曾經多次向康熙帝保舉鄭成功舊部施琅任福建水師提督。由於施琅的子侄正在台灣的鄭軍中任職，施琅遭到猜忌。經一番考察後，康熙力排眾議，於公元1681年7月，向議政大臣們鄭重宣布：任命施琅為福建水師提督，加封太子少保。施琅熟悉台灣一帶的海路，善於水戰，又十分勇敢。施琅走馬上任後，立即著手調整兵力，訓練水師。為了等待適當的戰機，出師時間一拖再拖，轉眼到了公元1682年，一時群言四起。這期間，施琅與姚啟聖又在進剿安排上意見相左，施琅三次上書要求授予他專征權，由他統領軍隊自行進剿。盡管康熙對一再推遲出兵也有不滿，但他沒有被輿論左右，考慮到海戰須蹈不測風浪，事先很難猜度，他采取了十分慎重的態度。他用人不疑，為了確保戰鬥勝利，同意了施琅的請求，給予他專征大權。