公元1683年夏，施琅率水師2萬、戰艦300艘，直搗澎湖。澎湖地處險要且有重兵把守，守將劉國軒在島上倚險構築堡壘，安放大炮，派遣小艇巡視周圍島嶼。澎湖的防務看似固若金湯，實際上在鄭氏集團的黑暗統治下，將士離心，內部虛弱。大戰在即，清政府仍未放棄對鄭軍的招撫。姚啟聖派使赴台後，鄭克塽派專使回訪，舊話重提，要求照琉球、高麗等外國的先例稱臣納貢，使台灣成為一個國家。康熙言詞拒絕，認為台灣的鄭軍都是福建人，不能與琉球、高麗相提並論，並下令施琅迅速出兵。
清軍戰艦雲集海麵，施琅采用“五梅花”戰術，以5打1的優勢進擊敵船。戰鬥從清晨一直持續到傍晚，矢石如密集的雨點，炮火遮住了天空。施琅沉著指揮，戰鬥進行了-整天，鄭軍幾乎全軍覆沒，劉國軒乘船從吼門島逃回台灣，施琅水師占領澎湖。
台灣的門戶被打開，腐朽的鄭氏集團極為驚慌。從澎湖逃回的劉國軒極力主張歸順，而馮錫範則堅持抵抗，抵抗不住則逃往菲律賓的呂宋，再作定奪。施琅通過各種渠道宣傳康熙製定的、赦免台灣官員過去違抗之罪和歸降有功的議敘錄用的政策。在這緊要關頭，鄭克塽作出了正確的選擇，8月初即率大小官員，攜郡王金印和土地戶口冊，投降清王朝，使台灣歸回祖國。
台灣回歸後，圍繞台灣的棄守朝廷中又出現分歧。有人以台灣孤懸海外為理由，主張把台灣人全部遷進內地，放棄台灣。李光地竟然主張把台灣賜給荷蘭人，令其世守輸貢，以示聖朝天威。李光地是福建人，出於台灣防務勢必由福建負擔的考慮，提出了這個看似豁達實則荒謬的主張。施琅為此專門在台灣進行了實地考察，據實據理駁斥了棄台的論調。他上書康熙，力陳台灣為江、浙、閩、粵四省安全的要害，為東南之保障，棄之必釀成大禍，留之則永固邊防。因此，台灣不僅不能放棄，還必須加強防務。康熙接受了施琅的建議，在台灣設立台灣府和台灣、鳳山、諸羅三縣，並向台灣派遣了8000名駐兵，向澎湖派遣了2000名駐兵。這樣就大大增強了東南海防，並且促進了台灣經濟文化的發展。
抗擊沙俄，簽訂條約
我國北方的外興安嶺、黑龍江流域以及隔海的庫頁島，曆來就是中國的領土。從唐朝開始，就在黑龍江下遊設置了行政機構。遼、金發源於此，加強了對這一地區的控製。元朝時設置開元路，又在奴兒幹設置征東元帥府。明朝設奴兒幹都指揮使司管理這一廣大地區。清王朝也發源於此，在入關統一中國前，就控製了這一廣大地區。一直到17世紀以前，中俄兩國並不接壤。
15世紀末至16世紀初，俄羅斯逐步發展成為多民族中央集權國家。公元1547年，俄羅斯伊凡大公稱沙皇，這時的俄國隻局限於北歐一隅。公元1587年，沙皇派哥薩克騎兵東進打敗西伯利亞汗國，建立托波爾斯克城，離中國邊境很遠。這時的沙俄正進入資本原始積累時期，繼續向東進行掠奪。公元1636年，皇太極正式建立清王朝，沙俄哥薩克向東進占阿爾丹河流域，也還沒有到達中國邊境。公元1643年，波雅科夫率領的少量騎兵進至黑龍江流域進行搶掠。公元1649年，沙俄商人哈巴羅夫率領一支私人隊伍進入黑龍江流域打家劫舍，遭到達斡爾人的抵抗。轉年，哈巴羅夫再次入侵，占領雅克薩地區，一年後建起雅克薩木城。沙俄軍繼續南下，遭到當地各民族與清軍的聯合抵禦。公元1658年，沙俄遠征軍在石勒河與尼布楚河的河口，建立一座尼布楚木城。這兩座木城就成為沙皇侵略中國的前進據點，這時正值清軍入關，無暇顧及。
在這個時期內，中國對沙俄缺乏基本的了解。順治年間沙俄幾次遣使來中國，要中國臣服於沙皇並進行通商，順治帝認為是進貢來的，便厚加賞賜，禮送出境。順治帝讓俄使帶回的書信，告誡沙俄不要侵犯天國邊境和收容逃犯，也沒有回音。康熙四年即公元1665年，沙俄的一群亡命徒在切爾尼科夫率領下重建了被清軍燒毀的雅克薩木城，又新建了色楞格斯克，四處搶掠。兩年後，沙俄尼布楚總管竟接納了清索倫部佐領根特木爾的叛逃。這時，康熙帝玄燁正有事於南方，無力在北方采取軍事行動，便企圖通過外交手段加以解決。