公元1670年，康熙帝玄燁派使節到尼布楚要求歸還叛逃的根特木爾和停止侵擾。公元1676年，玄燁對沙俄帕裏法裏使團指出，如不交還根特木爾和停止侵略黑龍江流域，就不能通使和貿易。沙俄對這一切完全置之不理，康熙帝玄燁看到“若輩非創以兵威，則不知懲畏”。於是便做了具體的軍事準備，他先把寧古塔將軍的治所移到烏拉，在鬆花江幹流以利於造船，並兩次到東北巡視，跟隨去的有比利時教士南懷仁，以便隨時垂問，派都統彭春、副都統郎談化裝去雅克薩一帶偵察。
公元1684年，抗擊沙俄侵略的軍事行動開始。康熙帝玄燁還是遣使諭令俄軍投降，守將不從。轉年，玄燁下令向雅克薩進軍，薩布素、彭春、郎談、林興珠分水陸向北挺進，直抵城郊。沙俄城防司令圖爾有青堅守，清軍炮擊三日，死傷敵百餘人，圖爾布青逃去，副司令巴什裏率部投降。玄燁對俘虜實行寬待政策，不準按當地習俗戮俘，願回國的遣返，願留下當清兵的編成俄羅斯佐領，駐京師和盛京，建立東正教堂供進行宗教活動。清軍凱旋之後，俄軍圖爾布青重據雅克薩城。
公元1686年，玄燁詔令郎談先拿雅克薩，再及尼布楚，對侵略軍務求全殲。清軍以優勢兵力圍困雅克薩，戰鬥才一打響，即擊斃沙俄司令圖爾布青，俄軍士多患濕病，700餘人的俄軍部隊隻剩60餘人了。清軍收複雅克薩城。
雙方經過磋商，於公元1689年，開始在尼布楚談判，簽訂了《中俄尼布楚條約》。條約規定，以格爾必齊河和額爾古納河為兩國國界；再由格爾必齊河源順外興安嶺往東至海，嶺南屬中國。這就從法律上肯定了黑龍江和烏蘇裏江流域的遼闊地區是中國的領土。
《中俄尼布楚條約》以後，東北部中俄邊界已經劃定，但北部邊界未定。沙俄利用這個空子，不斷進犯我國北部邊境地區。為了製止沙俄的進犯，雍正帝胤禎一方麵加強北方的防務，一方麵幾次要求沙俄政府談判解決北部中俄邊界問題，沙俄政府被迫接受談判。雍正五年即公元1727年，雙方商定在布拉河畔的布拉村進行談判，幾經周折，簽訂了《中俄布連斯奇界約》。條約規定以恰克圖和鄂爾懷圖山之間的第一鄂博（界標）為起點，向東至額爾古納河，向西至沙畢納伊嶺，北部屬沙俄，南部屬中國。條約簽訂後，雙方派出官員共同勘定國界，設立界標。接著雙方又簽訂了《中俄恰克圖界約》，這個條約重申了《中俄布連斯奇界約》劃定的中俄中段邊界和《中俄尼布楚條約》關於外興安嶺與烏第河之間為待議區的規定，並對互相通商、俄國在北京建立教堂並增派傳教士、處理越界人犯等問題，都作了具體規定。這兩個條約是互相妥協的結果，沙俄得到蒙古北部一些地區，但也起到遏製沙俄並吞蒙古的野心。
廢除圈地，鼓勵墾荒
清兵入關以後，大規模地進行圈地運動，把落後的農奴製生產方式強加在中原人民頭上，嚴重阻礙了生產力的發展，又加上長期戰爭的破壞，到康熙時，廣大農村還是滿目瘡痍，農民不得溫飽，國家財政入不敷出。於是，康熙帝采取了一係列措施恢複和發展生產。
康熙即位後，便下令停止圈地。由於鼇拜一夥人從中作梗，圈地仍禁而不止，有時規模還相當大。清除鼇拜後，康熙帝玄燁重申了永遠停止圈地的命令，並要求將所圈土地還給農民。康熙二十四年即公元1685年，康熙帝再次明確規定不許圈種民間新開墾的土地。這樣，阻礙農業生產的圈地活動才逐漸被製止。
清代碧玉·太平有象
鼓勵墾荒是康熙采取的另一項重要措施。明末農民戰爭期間，許多藩王的土地被農民耕種了。康熙承認了這一既成事實，下令當地督撫正式將這些土地給予原來耕種的農民，禁止作價處理部分土地。這些被稱為更名田的土地，約計有16.6萬多頃，而且多是肥沃的良田，一經正式屬於農民，大大激發了農民的生產積極性。為了鼓勵在更大範圍內墾荒，以促進生產的發展，於公元1673年，康熙帝宣布：“民間墾荒田畝，以十年起科。”這就把墾荒不納稅的時間定為10年。這是用放寬起科年限的辦法促進生產。另外，康熙帝玄燁還采取授給官職的辦法，鼓勵有錢人積極組織墾荒。凡墾荒20頃以上，試其文義通長，以縣丞用，不能通者，以百總用。100頃以上，文又通者，以知縣用，不能通者，以守備用。這是一種別開生麵的辦法。腐敗的王朝實行賣官鬻爵，所得盡入貪汙官吏貴族的腰包，是反動的。玄燁的辦法，讓組織大麵積開荒本領的地主任縣以下的官吏。地主們有貢獻，促進了生產，是好事，是進步的。這種辦法與賣官鬻爵的性質完全不同。由於鼓勵開荒的措施得力，在一些荒蕪地區出現了墾荒熱，效果明顯。像雲、貴、川一帶，人口增加，開墾無遺，連山穀崎嶇之地都種上了莊稼。