公元1687年，康熙帝下令免去江寧等七府及陝西全省600多萬兩錢糧，後來又先後蠲免過各省的錢糧。隨著農業生產的發展，國庫充裕了，蠲免錢糧的數額也隨之增多。公元1702年，因雲、貴、川、粵四省沒有經常得到蠲免，康熙下達諭旨寬免四省43年錢糧。據統計，自康熙元年到康熙四十四年，蠲免錢糧的總額達9000多萬兩白銀。盡管得到蠲免政策實惠最多的是錢多地廣的富戶，貧苦農民相比之下獲利甚微，但是不能否認，蠲免在一定程度上減輕了農民的負擔。這種與民休息的政策，對全麵恢複和發展農業生產起到了積極作用。
清初的賦役製度沿襲明製，隨著農業生產的發展和人口的增多，已經不能適應實際情況。康熙先是下令修改賦役製度，於公元1687年完成了《簡明賦役全書》。至公元1712年，康熙又對賦役製度進行了重大改革，以清除舊賦役製度的弊端。康熙宣布：以康熙五十年的全國丁銀數為標準，以後永不增減，此後到達成丁年齡的人一律不再承擔丁銀。這項被稱作“滋生人丁，永不加賦”的措施成了清代地丁製度的基礎。後來，康熙又在廣東試行了“攤丁入畝”的征稅方法，即把全省丁稅統統歸入田賦，征收田賦帶征丁銀的方法。這就在一定程度上改變了賦役不均的現象，使無地的逃亡農民免於丁銀之苦，重新回到土地上來。
崇儒纂書，重視科學
明末清初，由於社會處於大變動時期，新興市民以工商為本的思想反對重農抑商的傳統政策，學術思想活躍，出現了一批像黃宗羲、王夫之、顧炎武等進步思想家。康熙帝玄燁認為這些都是“異端”，與封建製度不相符合，便大力提倡程朱理學，特別推崇朱熹，將他升配孔廟，序為十一哲。玄燁的崇儒對當時的進步思想來說無疑是一個反動，但也達到了他鞏固封建統治的目的。
為了崇儒，玄燁便重用地主階級知識分子。他設立的南書房，是他與儒臣談論經史的場所，並命南書房大臣參與政事。他還吸收一大批知識分子纂修書籍，除翰林院外，專門設立了武英殿修書處。先後共纂書60餘種，其中的《康熙字典》、《佩文韻府》至今仍是重要的工具書。另編《圖書集成》，費時20年，成書萬卷，是我國文化寶庫中的重要財富。
清朝初期，為歐洲資本主義、殖民主義服務的傳教士不斷來中國進行活動，他們向中國介紹西方的科學文化和宗教，特別注意進行上層活動，以引起帝王的興趣。康熙帝玄燁跟他父親順治帝不同，並不喜歡宗教，而是熱衷於西方的科學技術知識，以便使之為自己服務。利瑪竇宣傳的天主教，允許教徒祭天祭祖祭孔，與中國傳統習俗不悖，教士們都襲用利瑪竇的作法，所以跟清王朝沒有發生尖銳的矛盾。後來羅馬教庭進行幹預，認為中國教徒的祭天祭祖祭孔是一必須禁止的異端，並張貼教皇諭旨大肆宣傳。康熙帝玄燁認為這是幹涉中國內政，堅決予以製止，但這種情況並未妨礙玄燁向西方科技文化學習。
南懷仁是第一個受聘向康熙帝傳授西方科學文化的傳教士。當時圍繞著湯若望和他，還出現了一場曆法之爭，原來明代使用的曆法是大統曆和回曆，因年代已久，許多數據與天象不合，後來德國傳教士湯若望重新編了新曆書，順治二年多爾袞以《時憲曆》頒行全國。鼇拜專政時，楊光先出麵彈劾《時憲曆》有依西洋新法字樣為圖謀不軌，遂將湯若望下獄，仍行大統曆和回曆。因與天氣不合，又有人彈劾欽天監監正楊光先。康熙帝玄燁遂把楊光先和南懷仁召集來當麵論征，楊光先無言可對，南懷仁用日晷投影準確計算，說得有條有理。康熙帝遂采納南懷仁意見，重新推行《時憲曆》。
這場爭論，進一步提高了康熙帝玄燁對天文曆法的興趣。他請南懷仁專門講解天文學，在學習中非常重視實踐，親自觀察天象，計算日晷陰陽位置，糾正欽天監的錯誤，對天文學有了較深的造詣。學習天文學不懂數學不行，玄燁便讓南懷仁給他上數學課，南懷仁用滿文編譯了《幾何原本》作為他的教材。玄燁還學習了代數和三角，由於學習這些知識有較大困難，玄燁采取了靈活多樣的方法，如把原書的譯者找來講解，用默寫的方法加強記憶，學用結合，學了幾何就用於實地測量，用同類書加以比較以加深理解等等。公元1712年，康熙帝組織科技人員編了一套《律曆淵源》叢書，其中《數理精蘊》就是在他直接指導下編成的一部數學著作。
玄燁專門向傳教士學習了地理學，而且學以致用。無論巡遊或出征，他都注意調查地理形勢，了解風土人情，廣詢方言，詳考圖籍，務得其正。康熙三十六年即公元1697年出征噶爾丹時，康熙在寧夏進行測量並說：“朕至此以儀器測量北極，較京師低一度二十分，東西相去二千一百五十裏。”同年春，康熙帝玄燁行經沙漠地區，發現沙漠裏有螺蚌甲殼，得出沙漠早期為海底的認識。可見康熙帝對地理學是頗為內行的。
康熙帝玄燁對西方醫學也下力進行學習，他命巴多明用滿文譯了法國皮理著的《人體解剖學》。閱讀有關消化、營養、血液循環等書稿，特別注意有關心髒、肺髒、血管等方麵的問題，並結合中醫書進行比較研究。