康熙帝玄燁對農業給予極大的關注，他說：“自幼喜觀稼穡，所得各方五穀菜疏之種，必種之，以觀其收獲。”“誠欲廣布於民生或有裨益。”
我國約在11世紀即已推行雙季稻，但當時是以間種形式進行，早稻未收即開插晚稻。康熙玄燁提倡的禦稻種雙季稻則不同，它是連作的雙季稻，畝可增產二石。當時除在蘇、揚二州推廣外，江西、浙江、安徽等省的官吏和兩淮商人，也都紛紛請種。江南稻作再熟由來已久，但連作之雙季稻，大約以“禦稻種”為最早。此外，康熙帝玄燁還大力在塞外推廣農業，改變這些地區農業落後的局麵，取得很大成績。
整治水患，灌溉糧田
在清代屢屢釀成水患的有黃河、永定河、長江及浙江海塘。從康熙年間至乾隆年間，清政府撥巨資對水患進行治理。
淮河在曆史上很少為患，自13世紀90年代黃河在陽武決口之後，黃河水即奔騰而南，彙入淮河，從淮河入海。黃河入淮既造成水流量劇增、水位迅長，也造成大量泥沙淤積河床，河水倒灌洪澤湖，暴漲的洪澤湖水時刻威脅著揚州、泰州、淮安、高郵等富庶之地。
康熙十六年即公元1677年，黃、淮泛濫，從碭山至海口，兩岸決口七八十處，洪澤湖上的高堰大壩，決口三四十處，翟家壩被衝成四段，山陰、高郵、寶應、鹽城、興化、泰州、如皋等州縣已被洪水淹沒。溝口運河因河水四溢，反淤為陸地。
康熙任命靳輔為河道總督，靳輔在視察災區後提出：“溝口以下不浚築，則黃、淮二水無所歸；清口以上不鑿引河，則淮水之流不暢；高堰之決口不盡封塞，則淮水派分無刷河之力。”“黃河南岸，不築堤防，則高堰危險，北岸不加防閑，則山東必受衝擊，故築堤岸、疏下流、塞決口，但有先後，而無緩急。”並提出利用疏浚河道的淤泥在兩岸築堤，修浚連接洪澤湖與黃河之間的運河，加固洪澤湖東岸高堰一帶堤防，修複周橋閘至翟家壩被衝毀的堤岸，加深淮陰清口至高郵清水潭段運河等具體建議。
公元1678年，靳輔的治河方案付諸實施，在10年的時間內高堰、王家岡、武家墩等處決口得到堵塞；清江浦至雲梯關的河道得到疏浚，且築堤1.8萬丈；在清水潭以西築堤920丈，以東築堤600餘丈；在徐州、宿遷築減水壩13座，修建毛家鋪減水閘、王家山減水閘、大穀山減水閘，又在歸仁堤、攔馬河、清口建石閘。靳輔還組織挖掘一段運河，自駱馬湖鑿渠，經宿遷、桃源，至清河仲家莊山口，全長300裏，使得漕船不必再經黃河入運河。
在疏浚下遊的過程中，因“下河形如釜底，近海轉高，浚之水不能出，徒令海水倒灌為患”，靳輔受到彈劾，並因此被奪官。此後康熙在三次途中，巡視高堰、洪澤湖、徐家灣、翟家壩等治河工地，實地考察，仍未能找出疏浚下遊、使河水盡快入海的有效辦法。
康熙年間的治河，雖未從根本上解決黃水水患，但在一定時間內還是減輕了水患的程度。乾隆即位後，黃水為患又日趨嚴重：乾隆七年即公元1742年，黃河在豐縣石林、黃村決口，民田全部被淹沒；公元1753年，黃河在銅山張家馬路一帶決口，江蘇、安徽數十州縣百裏內，皆被洪水所侵；公元1774年，黃河又在老壩口決口，板閘、淮安被淹；自乾隆四十三年即公元1778年以後黃河更是連年決口，甚至一年數次。大規模治河任務再次提上清朝統治者的議事日程。
由於黃河屢屢決口，堵塞決口已成為經常性的事務，從乾隆四十三年至乾隆四十六年僅僅封決口就堵築五次，耗帑560萬兩。青龍岡決口，屢堵屢塌，隻得另開引河170裏，導水下流，此次工程耗帑900萬兩。
在碭山縣毛城鋪建減水壩，開鑿引河，使一部分黃水流入濉水，經安徽宿州、泗川流入洪澤湖，此段引河全長六百裏。黃水分流減輕了徐州段河道的壓力，黃水在分流後在洪澤湖內可得到沉澱，再從清口流出彙入黃河。
為解決黃河下遊河道被泥沙堵塞的問題，自乾隆二十二年即公元1757年起，在河南、山東、江蘇、安徽等省疏浚河道。其中河南省疏浚幹河四條——賈魯河、惠濟河、渦河、巴溝河，又疏浚支河34條。山東境內疏浚河道也取得可觀成就，在魯西南疏浚河60餘條，膠東疏浚河30餘條，江蘇省疏浚石羊溝、董家溝、廖家溝、芒河；安徽省疏浚淝河、茨河、沙河、澮河、濉河。
永定河又名無定河、渾河，素有小黃河之稱，河水中所挾帶的大量泥沙淤積在下遊的河床上，致使下遊經常決堤、改道。康熙時期曾花費大量人力、物力對永定河進行治理。築永定大堤，固定下遊，並把河水引入三角澱，使河水中的泥沙得到沉澱。至雍正時期，因三角澱積沙過多，河水不能及時排泄入海，河患又日益嚴重，至乾隆中葉，永定河已六次改道。