為治理永定河，乾隆多次視察永定河，認為永定河之所以為患，主要是因為上遊之水無法分泄，下遊積沙過多不得暢流。針對這些問題，他提出在其上遊蓄洪攔沙，中遊疏浚分流，下遊改移下口的綜合治理方案。
乾隆初年，采納治河名臣高斌的建議，在永定河上遊的宣化黑龍灣、懷來和合堡等地修攔洪滯沙大壩。對中遊的治理，則采納鄂爾泰、方觀承等人的建議，修建金門閘減水壩，改建其他草壩、土壩，疏浚河道，分流減水。在對下遊的治理上，意見最為紛紜：顧琮主張築堤、散流、勻沙；鄂爾泰主張建閘壩、開引河；方觀承則主張改移下口，另尋沉積水中泥沙的處所。直至乾隆二十年即公元1765年，乾隆才做出大規模改道的決策。當河水流經永清縣賀堯營後，折向東流，挖引河20裏，把永定河引入鳳河，再流入沙家澱，沙家澱方圓百餘裏，永定河水中的泥沙在澱中沉澱後流出，使得下遊不致很快被淤塞。
為防海潮浸灌，江、浙沿海築有500裏的堤塘，亦稱之海塘。錢塘江出口處係海塘工程的重點。在錢塘江出口處原有供海潮出入的南大亹盛、北大亹以及在南北兩大亹之間的中、小亹。康雍時期南大亹因沙灘淤漲被堵塞，乾隆初年中、小亹相繼被堵。自乾隆二十年即公元1755年以後，潮水出入全靠北大亹，海寧一帶塘堤被衝。
乾隆下令加固海寧一帶海塘，從浦兒兜至尖山頭魚鱗，修築石塘6000丈。公元1762年，乾隆帝第三次南巡時，乾隆親至海寧視察，因該地沙土浮活，決定修繕柴塘。乾隆四十九年第六次南巡時，乾隆撥款500萬兩，“著將柴塘上土之後，順坡斜做，並於其上種柳，俾根株盤結”。
在科學技術尚不發達的清代，上述治水工程雖不能從根本上消除水患，卻也在一定程度上減輕了水患造成的危害。
用兵邊疆，平息叛亂
在明末清初時期，我國蒙古族分為漠南蒙古、漠北蒙古和漠西厄魯特蒙古三部，漠南，漠北蒙古在清初都已稱臣納貢，漠西厄魯特蒙古也已歸屬於清王朝。17世紀上半葉，沙俄侵略者東進，多次遣使潛入厄魯特蒙古，鼓動其脫離中國，歸順沙俄。厄魯特蒙古首領巴圖爾琿台吉不許，沙俄陰謀未能得逞。順治三年，巴圖爾琿台吉死，子僧格繼位，沙俄又遣使活動，遭到僧格拒絕。厄魯特內部發生紛爭，巴圖爾琿台吉的第六子噶爾丹從西藏趕回，奪取了政權。康熙十年即公元1671年，噶爾丹一麵遣使與沙俄勾結，一麵征服整個厄魯特蒙古，並攻占了新疆和青海廣大地區，準備東進，發動更大規模的叛亂。康熙二十七年即公元1688年，噶爾丹在沙俄的支持下，對漠北的喀爾喀蒙古發動進攻，兩年後竟攻入內蒙古地區，一直打到距北京隻900裏的烏珠穆沁，叛亂的形勢日益嚴重了。
麵對嚴峻的局勢，康熙決定親征噶爾丹。當時朝中多數大臣主張同噶爾丹妥協，康熙則認為噶爾丹一日不除，邊陲就一日不寧，隻有平定叛亂，才是萬年之計。公元1690年6月，康熙排除各種幹擾，親臨狂風怒號、驚沙撲麵的塞北，指揮大軍迎戰噶爾丹。兩軍在離古北口400餘裏的烏蘭布通相遇。噶爾丹用萬頭駱駝俯伏於地，在駝背上搭上箱垛，蓋上濕氈，布下“駝城”防線。清軍用火炮擊破駝城，噶爾丹慘敗，丟棄輜重落荒而逃，2萬餘人僅有數千人逃還。
噶爾丹逃跑後，揚言沙俄欲借兵6萬幫噶爾丹進犯漠南。公元1695年，康熙帝玄燁詔令噶爾丹來塞北會盟，噶爾丹拒絕了詔令，並揚言必滅喀爾喀蒙古。接著就帶領3萬騎兵大舉內犯漠南，又企圖卷土重來。為了國家統一，康熙帝決定再次親征。公元1696年春，康熙帝玄燁把北征軍分為三路：東路由黑龍江將軍隆布素由東向西沿克魯倫河進擊；西路由大將軍費揚古、振我將軍孫思克率西北綠營步兵出寧夏挺進漠北草原；中路由玄燁親自率領勁旅出獨石口。期以正麵攻擊，西翼包抄，聚殲噶爾丹。
康熙帝玄燁一路上備嚐辛苦，宿營後即調查水草情況，牲畜動向，到宿營地慰問安撫將士，鼓舞部隊。東西兩路軍也克服重重困準，到達指定地域。噶爾丹見清軍陣容嚴整，不敢進行決戰，便留少數部隊與清軍周旋，主力迅速撤逃。康熙帝玄燁揮軍窮追不舍，直抵烏蘭巴托附近的達拖塔山，並命西路軍兼程前進，斷其歸路。噶爾丹退到土謝圖部中旗昭莫多地方，遇到清西路軍，雙方展開了激烈的戰鬥，噶爾丹敗北，清軍追擊30裏，敵大部被殲，噶爾丹連夜潰逃。這是一次決定性的勝利，給沙俄支持的叛亂以毀滅性的打擊。此次親征，康熙皇帝還進行了有效的統戰工作，分化瓦解了原依附噶爾丹的一些蒙古部落，讓它們歸順清朝，使噶爾丹更加走向了孤立。