秦始皇批準了李斯的建議。第二天，全國焚書。結果，藏在民間的秦代以前的古典文獻都化為灰燼，留下來的隻有皇家藏書閣的一套藏書。
在焚書的第二年，又發生了坑儒事件。坑儒不是焚書的繼續，而是因方士誹謗秦始皇引起的。
秦始皇統一六國後，一心想把天下治理好，每天隻睡兩三個小時。他知道普天之下，莫非王土；率土之濱，莫非王臣。做為一國之君，他有責任經營天下，讓天下達到大治。但要達到天下大治，絕非易事，必須假以時日。因此，他想長壽，想找長生不死藥。方士侯生、盧生等人迎合秦始皇的願望，答應為他找到這種藥。
秦始皇三十五年（前212年），一天，秦始皇駕幸梁山宮。正當他登上山頂，把酒臨風，心曠神怡時，偶一抬頭發現丞相李斯隨行車騎甚眾，不禁皺了皺眉。這一細微的動作被隨侍在側的一個宦官看在眼裏。這個宦官與李斯是好友，便把秦始皇不滿丞相車騎過多這事泄露給了李斯。
幾天後，此事為秦始皇所知，頓時勃然大怒，把當時隨侍在側的宦官全殺了。
這樣一來，搞得人人自危。侯生、盧生聞知此事，頓時嚇破了膽。原來，按照秦律，方士所言如果不能兌現，或者所獻之藥無效，是要處以極刑的。侯生、盧生自知弄不到長生不死藥，怕像秦始皇身邊的宦官一樣被殺，便決定逃跑。逃跑之前，他倆到處誹謗秦始皇：“始皇帝這個人天性乖張，剛愎自用。自以為起於諸侯，兼並了天下，古往今來無人能及，因此專門任用獄吏，而那些博士官雖有七十人之多，隻不過擺擺樣子而已。皇上專愛用刑罰施威，而丞相與文武大臣隻知墨守成規，使人無法盡忠。朝廷雖有三百多位占星家，但都是貪生怕死之輩，隻知阿諛奉承，不敢直言皇上之過。而皇上恃才傲物，貪於權勢，這樣的人怎能幫他找仙藥呢？”
秦始皇聽說侯生和盧生逃跑了，大怒道：“我對他們不薄，賞賜甚厚，而他們居然在背後誹謗我。聽說鹹陽的儒生中也有人妖言惑眾，惑亂百姓的思想。”
於是，秦始皇下令逮捕了一些誹謗他的讀書人。這些人在嚴刑拷打之下，互相亂咬，共咬出了四百六十多個誹謗過秦始皇的儒生。秦始皇查實之後，將這四百六十多個儒生都活埋了。這就是發生於秦始皇三十五年（前212年）的“坑儒”事件。
一說：秦始皇將文字統一為大篆和隸書後，天下儒生大多不滿。秦始皇怕天下不從，便召儒生到鹹陽，共召到七百餘人，全拜為郎官。
接著，秦始皇密令親信在驪山硎穀的暖坡上種瓜。瓜熟時正值冬天，秦始皇暗中派人上奏說：“陛下，現在正是冬天，驪山竟長出瓜來了！”秦始皇佯裝大吃一驚，急令儒生前去察看。儒生到了穀中，正在辯論不已時，忽然頭上土石俱下，皆被活埋。
東漢初年，衛宏在《詔定古文尚書序》中載有此事。
因此，驪山硎穀後來又稱“坑儒穀”，漢代稱“湣儒鄉”。
據專家考證，坑儒穀在今陝西省臨潼西南五裏處，是一個狹長幽深的山穀，與上述史實相符。
《史記》記載的秦始皇鹹陽坑儒與衛宏所記載的秦始皇驪山坑儒在地點、人數、方式上都不同。因此，專家認為秦始皇坑儒至少有兩次。