江南人民的反剃發鬥爭
清軍占據北京後，迅速南下，占領了長江中下遊廣大地區。江南人民不甘忍受民族壓迫，紛紛揭竿而起，進行反抗鬥爭。當時，清政權和漢族人民矛盾的焦點是剃發易服。順治二年（1645年）六月，清軍發布剃發易服令，命令10天以內，江南漢人必須按照滿人辮發風俗，一律剃發易服，“留頭不留發，留發不留頭”。違抗命令，砍頭處死。
束發是漢族人民的傳統，是幾千年來的風俗習慣。人民群眾受習俗的影響，是不願意剃發的。清朝統治者強迫剃發易服，嚴重地傷害了漢族人民的民族感情。廣大人民對清朝統治的嚴重不滿情緒，也集中在剃發易服問題上表現出來。這時，一些反抗清朝的漢族官紳、知識分子利用群眾情緒，以“頭可斷，發不可剃”作為號召，展開抗清鬥爭。其中以江蘇江陰，嘉定人民的鬥爭，最為慘烈。
剃發易服令頒布後，江陰人民向清朝知縣方亨請願，要求留發。方亨粗暴地拒絕了群眾的要求。群眾被激怒，反口罵道：“你是明朝進士，頭戴烏紗，身穿圓領，來做清朝知縣，羞也不羞，醜也不醜！”閏六月初一日，憤怒的群眾集合起來，揪出方亨，投入監獄。同時，秀才許用等百餘人也在文廟集合，提出“頭可斷，發絕不可剃”的口號。四鄉人民聞風響應，參加鬥爭的群眾達數十萬之多。
人民推舉明典吏陳明遇、閻應元和秀才許用為首領，共議守城抗清。徽州大商人程璧，先後捐銀17.5萬兩做軍餉，並且自告奮勇，到洞庭徽州等地去請援兵。投降清朝的明將劉良佐奉命攻城，屢戰屢敗。劉良佐與閻應元是舊相識，親到城下勸降。閻應元說：“有降將軍，無降典吏。”城上火箭齊發，劉良佐狼狽逃竄。清軍雲集江陰城下，有兵數十萬，列營數百，圍城十重。江陰人民守城3個月，後來援盡糧絕，於八月二十日被清軍攻破。城內居民又與清軍展開英勇的巷戰。陳明遇戰死，閻應元被俘犧牲。城內男女老幼，沒有一人投降。清軍死傷也很慘重。當地父老至今流傳，江陰義師打死清軍三王十八將，這雖然缺乏曆史根據，但反映出人民對守城英雄的讚頌。
同年閏六月十三日，嘉定人民聽說剃發易服令下，便組織反抗。清朝派明降將李成棟前往鎮壓。十七日，人民推舉進士黃淳耀、通政使司左通政侯峒曾主持城防。在城樓上懸起了“嘉定恢剿義師”的大旗，抗擊清軍。城中男女老幼，紛紛參戰。清軍圍城，多次猛攻不下。七月初四日五更，大雨如注，城上戰士露天戰鬥三晝夜，兩眼腫爛，遍體淋濕，飲食斷絕。領隊諸士紳也仗劍站立雨中。守城軍民精疲力竭，難以支撐。清軍用大炮轟擊，城牆坍塌，於是乘虛登上城牆，蜂擁而入。這時，侯峒曾仍在城牆上指揮，聲色不變。
他的兩個兒子在旁問道：“事急了，怎麼辦？”侯峒曾答道：“死就是了，慌什麼！”城破後。他率二子投河自盡。黃淳耀也自縊於僧舍，城中無一人投降。清軍攻進嘉定，屠殺人民，擄奪財物，李成棟用了300隻大船，才運走他所搶奪的金帛子女。
但是，清軍的殘暴行為嚇不倒英勇的嘉定人民。20天後，江東人朱英（王英），自稱遊擊將軍，帶人進城，謀劃驅逐清軍，又遭到李成棟的屠殺。八月十六日，吳之藩起兵江東，反攻嘉定，不幸失敗，嘉定接連遭到第三次大屠殺。這三次大屠殺，史稱“嘉定三屠”。嘉定人民參加武裝鬥爭有十幾萬人之眾，先後壯烈犧牲約2萬人。嘉定的鬥爭也隻堅持了3個月。
江南人民的抗清鬥爭，此伏彼起，英勇悲壯。規模較大的還有：生員陸世鑰領導的太湖、長白蕩地區抗清隊伍，這支隊伍曾與明吳凇提督吳誌葵聯合攻入蘇州。中書舍人盧向觀帶領抗清隊伍攻打南京，後退入太湖堅持鬥爭。翰林屠家美領導的嘉興人民反剃發易服鬥爭，參加者也有數千人。這些分散的鬥爭最後都被清軍鎮壓下去。
江南複社抗清鬥爭
崇禎年間，朝政腐敗，社會矛盾趨於激烈，一些江南士人以東林黨後繼為己任，組織社團，主張改良。複社是明末以江南士大夫為核心的政治、文學團體。崇禎六年（1633年）在蘇州虎丘成立。領袖人物為張溥、張采，時人稱為“婁東二張”。複社成員多是青年士子，先後共計2000多人，聲勢遍及海內。其中以陳子龍為詩歌的代表，張溥是散文的代表。他們大都懷著飽滿的政治熱情，以宗經複古，切實尚用相號召，切磋學問，砥礪品行，反對空談，密切關注社會人生，並實際地參加政治鬥爭。他們的作品，注重反映社會現實，揭露權奸宦官，同情民生疾苦，謳歌抗清偉業，抒發報國豪情，富有感染力量。他們雖擁護前、後七子，卻不同於他們的專意“模古”，也不同於公安派、竟陵派的空疏。標誌著明末文風新的重大轉向。清兵入關前後，複社成員有所分化。周鍾參加了李自成的大順政權，並為李起草登基詔書，而多數人成為江南抗清力量的骨幹。
入清以後，顧炎武、黃宗羲等繼續倡導“經世致用之學”，關心和研究社會問題，開創了清代學術研究的新風。其餘譚元春、周鍾、黃淳耀（領導嘉定軍民的抗清鬥爭），蘇州楊廷樞、徐汧，鬆江夏允彝，湖州孫淳銳，吳江呂雲孚等，還有陳貞慧、侯方域、方以智、冒辟疆合稱明複社四公子。在南京的複社士子不滿於阮大铖招搖過市，貪贓誤國，曾聯名寫出《留都防亂公揭》，公布阮大铖的罪狀，迫使他“潛跡南門之牛首，不敢入城”。後馬士英、阮大铖擁立福王，把持朝政，對複社成員進行了報複迫害。清兵南下時，複社不少成員仍堅持武裝鬥爭，陳子龍、夏允在鬆江起兵，黃淳耀、侯峒曾領導嘉定軍民的抗清鬥爭。複社成員後來或被魏忠賢餘黨迫害致死，或抗清殉難，或入仕清朝，或削發為僧。
順治九年（1652年），複社為清政府所取締。
史可法戰死揚州
崇禎十七年（1644年）四月，史可法聽說李自成進犯京城，他馬上發動將士準備北上。在浦口渡江的時候，得知北京淪陷的消息。史可法號啕大哭，換上孝服為皇帝發喪。這個時候，南京的大臣都在商量立誰為皇帝，張慎言等人認為按血緣關係排列的話，應該擁立福王朱由崧。但福王隻在吃喝玩樂方麵有天賦，而潞王比較賢明，所以主張立潞王，史可法也同意這個意見。鳳陽總督馬士英卻和閹黨餘孽阮大铖勾結起來擁立福王，詢問史可法的時候，史可法把不能擁立福王的理由告訴了他們。但馬士英和高傑等人已經把福王送了過來，史可法等人隻好去迎接福王。
福王正式監國後，選舉內閣大臣，大家推舉了史可法、高弘圖和薑日廣3人。劉孔昭非要爭著入閣，大家以明朝沒有勳臣入閣的先例而製止了。劉孔昭大怒：“就算我不行，那馬士英又為什麼不能入閣？”結果又把奸賊馬士英弄進了內閣。兩天後，史可法被任命為禮部尚書兼東閣大學士，和馬士英等人一起入閣。史可法掌管兵部事宜，馬士英仍然主管鳳陽軍務。
弘光帝朱由崧是個迷戀酒色、不思進取的昏庸皇帝。鳳陽總督馬士英和一批魏忠賢的餘黨利用弘光帝的無能，操縱了南明政權。這些人根本沒有想調集兵力抵抗清兵，隻想過荒淫的生活。南明政權的兵部尚書史可法本來不讚成讓朱由崧做皇帝，但為了避免引起內部衝突，才勉強同意。弘光帝即位以後，史可法主動要求到前方去抗擊清兵。
在史可法抗清時，長江北岸有四支明軍，叫四鎮。四鎮的將領都是些驕橫跋扈的人。他們割據地盤，互相爭奪勢力，放縱士兵殘殺百姓。史可法在南方將士中威信很高，他到了揚州，那些將領不得不聽他的指揮。他坐鎮揚州指揮，做了督師，大家都稱呼他史督師。史可法以身作則，跟士兵同甘共苦，受到將士們的衷心擁護和愛戴。馬士英日夜盼望能當宰相，看到史可法位於自己之上，就把當初史可法寫給他的、列舉了不能立福王的理由的信給了福王，並帶兵入朝，請福王即帝位。史可法不想和小人作對，便請求到淮揚一帶監督軍事。馬士英把江北地區分成4個鎮，由劉澤清、高傑、劉良佐和黃得功4人管轄。這4個人互相之間不服氣，經常爆發衝突。他們都想進駐揚州，高傑捷足先登，其他3人也都學他的樣子在江淮一帶大肆搶劫。朝廷命令史可法去調解，除了高傑之外，其他3人都聽從命令。高傑是四鎮中最驕橫跋扈的一個，他和黃得功交戰，錯在高傑。史可法負責調停，事情才得以解決。高傑駐守在揚州，非常凶暴，但史可法對他開誠布公，用君臣大義來開導他。高傑逐漸被史可法所感動，接受了他的管束。