商王朝建立後，伊尹和鍾虺繼續為右相和左相，一直陪伴成湯，治理商國。伊尹又總結海內邦國存亡教訓，製定出君臣關係準則。商湯去世後，他又先後輔佐商湯的兒子外丙、中壬兩王治國。中壬去世後，伊尹以開國元老身份立商湯的孫子太甲繼承王位。
太甲生性好玩，不諳世事。伊尹便將他留在身邊，整日以古為訓，給他講堯舜禹怎樣治國、夏桀為何亡國、商湯的興國之道以及國家的法度。開始太甲還可以硬著頭皮聽下去，漸漸心生厭煩情緒，對伊尹的話隻當耳旁風。伊尹憂心忡忡，常常麵對商湯的遺像暗暗自責。
幾年過去了，太甲依然我行我素，對國事置之不理。
轉眼商湯的祭日就要到了，又該為先王祭禮了，但目前這種局麵，伊尹感到實在愧對先王。一連幾天伊尹夜不安枕、食不甘味，他不忍心看著太甲繼續荒廢政事。終於，在熬過一個不眠之夜後，他下定決心要真正給太甲上一課。
祭祀的日子到了，太甲極不情願地隨著隊伍來到桐宮。對於祭禮這種枯燥的活動他早已厭倦了，千篇一律的祭辭，千人一麵的表情，若不是先王的祭祀和伊尹再三的叮囑，他一定會找個理由推托的。
伊尹看上去衰老多了，他對先王行了大禮，接過主祭人手中的祭辭，恭恭敬敬地誦讀。太甲根本沒有將祭祀放在心上，他不時地東張西望，盼祭奠儀式快些結束。此時他漸漸覺出有些不對勁，不但氣氛較從前莊嚴肅穆很多，伊尹的祭辭也似乎有所改變。他仔細聽下去，漸漸頭上冒出了冷汗。隻聽伊尹沉聲訴道：“……由於老夫能力所限，對幼主教導不善，如今萬般無奈，隻得將幼主留在桐宮……”原來，伊尹要借給先王祭祀的機會，將太甲囚禁在桐宮。
伊尹要起程了，被鎖在桐宮的太甲對著伊尹的背影哭喊著，須發皆白的伊尹硬著心腸頭也不回地乘車返回王宮。
太甲度日如年般地在桐宮過了三天，三天來，除了一日三餐與睡眠外再也無事可做，他望著窗外的一切，想著自己何時才能重獲自由。忽然，門開了，伊尹走進來，太甲猶如見到了希望，他多想再過從前那種快樂的日子呀。誰知伊尹根本沒有放他走的意思，告訴他從現在起每天不得貪睡，必須從早到晚學習誦讀曆代賢王的遺訓和勤政的事跡，還要常思己過，考慮今後該如何去做。從此太甲過起了苦讀的日子。
伊尹囚禁了太甲之後，代行王政，每日要處理大量事務。由於他是開國元老，又有極高的威望，眾臣對他的命令言聽計從。但是伊尹並沒有借機篡權，他隻是盡力地完善法製、懲奸除惡、賞功獎賢。在此之餘，他每隔一段時間去桐宮檢查太甲有何進展。太甲在誦讀先王功德時，越來越發現自己無才無德，開始後悔從前的所做所為。
時間在一天天的流逝，轉眼三年過去了。這一天，伊尹又來到桐宮，太甲忙起身迎接。伊尹沒有像往日那樣詢問他有何進步，而是恭恭敬敬跪在先王靈前拜了三拜。然後站起身對太甲說：“微臣鬥膽囚禁大王是不得已而為之，如今微臣前來迎接大王回宮。”太甲這才發現門外停著自己裝扮得非常華麗的車子。驀地，他淚如泉湧，猛地跪在伊尹麵前，一句話也說不出來。
太甲穿上王袍、戴上王冠，端坐在王位上。老態龍鍾的伊尹和眾臣一起叩拜太甲。太甲望著德高望重的伊尹，想著從前自己所做的一切，不禁羞愧難當。太甲複位後，猶如換了一個人，他不再沉迷於酒色，在伊尹的輔佐下，勤於政務，將國家治理得安定富足。
30年後太甲死了，伊尹又扶助他的兒子沃丁繼位。不久，操勞一生、勞苦功高、一百餘歲的忠臣伊尹停止了呼吸。消息傳開，全國上下一片哭聲，各地都舉行不同的儀式祭奠這位忠正的老人。沃丁也以天子之禮為他舉行了隆重的葬禮，伊尹以後也受到曆代帝王的隆重祭祀，殷墟甲骨文中便有祭祀伊尹的卜辭。
千百年來，伊尹的賢德一代代地流傳著，至今他的墓地和祠堂還保留著，不時有人前去燒香祭拜。伊尹的事跡被人民傳為佳話。