754年，教皇斯提芬三世無力使倫巴德人撤離羅馬，親往法蘭克求援。丕平親自出迎斯提芬三世，讓教皇乘馬，而自己則徒步以示崇敬，教皇賜他“羅馬人貴族”的頭銜。接著，丕平兩次率軍進入意大利，迫使倫巴德國王投降，把奪自拜占廷的原拉文那總督區的地方交給教皇及其繼任者進行統治，於是出現了教皇國（756年6月）。當新的教皇國又遭受倫巴德人的威脅時，丕平的繼位者查理於774年出兵把他們打敗，自任倫巴德國王，並確認“丕平獻土”，甚至為教皇國又增加新的領土。基督教的傳說曾把耶穌最重要的門徒彼得當作教會的首領和第一個教皇。據說耶穌把象征統治世界的鑰匙交給了彼得，並且告訴他說：“凡你在地上所捆綁的，天上也要捆綁；凡你在地上所釋放的，天上也要釋放。”既然每一個信教的人都必須絕對服從耶穌，那麼這些傳說也就變成了人人必須遵守的金科玉律。
12世紀前半期頗有影響的錫托派修士聖伯那係統地闡述了“雙劍”理論。這一理論認為：宗教的和世俗的權力都屬於教皇，君主的世俗權力隻有在教皇的命令下才能行使。這一理論是教皇對君主授職加冕權的合乎邏輯的發展。既然由教皇授職，君主就成了教會中半宗教的人物。此後的教皇們就利用這一理論，為成立教皇統一指揮的包括西歐各國的基督教聯邦製定法律根據。
英諾森三世的時候，教皇權達到鼎盛。為了根據“雙劍”論而實現統一的天主教，他利用封建分裂時期各國家之間和每個國家內部的矛盾，達到使之服務於自己的目的。他施展外交手段，必要時使用開除教籍、停止神權等武器，使不少君主一時成為教廷的封臣。例如，他反對英王約翰征用英國教會的財產，巧妙地利用英國各等級對英王的不滿，宣布把他開除教籍；還利用英法兩國王室間的領土爭奪而使法王進攻約翰，從而迫使約翰屈服於教皇，對他稱臣納貢；他利用德國的王位之爭，支持薩克森的奧托，待奧托即位後奪占教皇的部分領土時，他把奧托開除教籍。英諾森三世還號召和組織了第四、第五次十字軍東侵，提高了教皇的政治領導地位，擴大了宗教勢力範圍，也增加了教廷的捐稅收入。
從此，羅馬教皇變成了一個太上皇：國王登基、加冕要由他來主持。和國王同行的時候，教皇騎馬，國王隻能步行；接見的時候，教皇坐著，國王要屈膝敬禮。這個太上皇，通過他任命的各地的主教，管理著許多教堂、修道院和神學院。它們霸占著當地最好、最多的土地，擁有最大量的財富。在中世紀的歐洲，無論到什麼地方，人們都會發現，城鎮村莊中最高的建築是教堂的尖塔，最宏偉的殿堂是主教的大教堂。
那時候，不但隻準許教士識字讀書，而且隻準許符合教會教條的文化知識傳播，基督教的《聖經》是最高的真理。一個人從出生、成年、結婚一直到老死，處處都得接受教會的管理和控製，違背教規就會寸步難行。教會有自己的監獄和殘酷的刑罰，還經常利用手中的法寶——開除教籍來對付一切反抗者。一個人被開除了教籍，他的一切社會地位和社會關係便失掉了教會的承認，也就失掉了一切保障。這種懲罰，不僅可以使一般老百姓家破人亡，就連國王、皇帝也怕它三分。
但好景不長，13世紀末，教皇卜尼法斯八世對法王腓力四世鬥爭的失敗是教皇權衰落的最明顯的表現。法王下令對本國教士征用稅款，規定教士違犯民法應受世俗法庭審判。卜尼法斯八世教皇堅決反對國王的命令，否認他有這種權力，並且以開除教籍相威脅。以諾加列為首的法王親信在國內組織了反教皇的運動。他們偽造教皇的信件，用誣蔑教皇的手段來激怒法國公眾輿論以反對教皇。法王還命令軍隊前往羅馬附近的阿南尼逮捕教皇。教皇羞辱交加，不久去世。從此，羅馬教廷已無力像往昔一樣統治各國教會了。
教皇和教會在中世紀成為歐洲封建社會的主要支柱和最大的封建主，僧侶們獲得了知識教育的壟斷地位，因而教育本身也滲透了神學的性質。政治和法律都掌握在僧侶手中，教會教條同時就是政治信條，《聖經》詞句在各法庭中都有法律的效力。神學在知識活動的整個領域中的這種至高無上的權威，是由教會在當時封建製度裏萬流歸宗的地位所決定的。因此，一般針對封建製度發出的一切攻擊必然首先就是對教會的攻擊，而一切革命的社會政治理論大體上必然就是神學異端。規模較大且影響深遠的異端運動是法國南部的阿爾比派。
為了強化鎮壓人民的手段，教皇格利哥裏九世下令設立“異端法庭”，對涉嫌的有關人員進行秘密審訊，嚴刑拷打，極為殘酷。法庭定罪後交世俗政權執行。異端法庭長期成為迫害和摧殘進步與革命力量的反動工具，也是愚昧、黑暗、恐怖的象征。
14世紀以後，西歐形成中的民族國家在政治上和經濟上的實力愈益加強，王權已經不能容忍教廷的專橫和聚斂，逐漸切斷或削弱本國教會與教廷的聯係，教皇逐漸減少以至失去以前的許多權力。教權衰落的明顯表現是教廷長期遷於法國邊境的阿維農（1308—1377年）。在阿維農7任教廷中委派閣員134名，其中法國籍的占113名，這就保證了法國籍的人當選教皇。此時的教皇成了法國國王的傀儡，史稱“阿維農之囚”。教廷濃厚的法國色彩使它在國際上大大降低了威信，異端的反抗鬥爭、人文主義者對教會的揭露以及教會自身的腐化與黑暗，使它聲譽掃地。對它打擊最為沉重的是16世紀宗教改革運動建立起來的許多獨立於羅馬的民族教會。