這次會議，根據共產國際的建議，決定中央軍校政治課遷到武昌。１１月１日在武昌成立了中央軍校政治課招考委員會，為中央軍校政治課籌備最高機關，鄧演達為該會主席。１１月２６日，國民黨中央召開政治會議，決定遷都武漢。惲代英也奉命到中央軍校政治課擔任領導工作。１２月中旬，他將工作交給留守的孫炳文，便告別了黃埔軍校，踏上了去武漢的路途。
此時，革命統一戰線內部的鬥爭已開始激化。矛盾首先在“遷都”問題上爆發出來。
共產黨領導下的第一批女兵
１９２７年２月１２日，武漢分校暨國民革命軍總司令部學兵團在兩湖書院大操場舉行了隆重的開學典禮。蔣介石為校長，汪精衛為黨代表。因蔣、汪均不在漢，又任命鄧演達為代理校長，顧孟餘為代理黨代表，日常工作由政治總教官惲代英主持，張治中任學兵團團長兼分校教育長。高語罕也在３月擔任了《漢口民國日報》的總編輯，這是一份共產黨人領導的、以國共統一戰線的公開麵貌出現的大型日報。報紙最初為每日對開三大張，１９２７年元旦後改為五大張，其中新聞六版，廣告四版。
它不但聯係著湖北、武漢地區各界，而且在上海、北京、廣州、南昌、長沙、福州、莫斯科、日內瓦、倫敦、巴黎、紐約都聘有特約通訊員，影響很大。
毛澤東、周恩來、李立三、張太雷等擔任了分校政治教官，徐向前為軍事教官，後擔任學生總隊政治大隊第一隊隊長。分校共有學員近四千人。大批共產黨人像羅瑞卿、許光達、陳伯鈞、程子華、符浩、宋綺雲等來這裏學習。
在學員隊伍裏還有一支百十號人的“娘子軍”。她們也都穿著灰軍裝，腰紮皮帶，打著綁腿，英姿颯爽地站在操場上。
這是中國共產黨領導下的第一批女兵，是中國軍事教育史上的創舉。她們來自全國各地，以兩湖和四川的人較多。她們有的是大學生，有的是中學生，還有教書和做其他工作的。有的已結婚當了媽媽，未結婚的占多數。年齡是十八歲到三十歲。
她們的政治麵目各異，各黨各派、無黨無派的都有，不少人都是讀過惲代英《告投考黃埔軍校的青年》慕名而來的。
代英有過喪妻的歉疚，所以對女生隊的生活特別照顧。有一些女同學纏過腳，剛放開不久，上操跑步有困難。代英囑咐隊幹部對這些女生不要苛求，在長跑時給予照顧。但女兵們十分好強。女隊長曾設製了一種紅帶，讓女生在經期戴在臂上，隨時可以站到隊外，免除跑步。可她們千方百計隱瞞自己經期的準確時間，不願戴這種紅標誌，也不願站在隊外。她們和男生穿著一樣，軍帽壓在眉尖上，粗粗一看，男生女生分別不出來。校方便要求她們在臂上戴一個有“Ｗ”字樣的袖套，以資識別，她們都不願戴。發給她們短槍，她們也不示弱，要背長槍……可教官畢竟是教官，而女性也畢竟是女性。有的女生就盼著下雨，下雨好脫去軍裝，穿一會兒花襖，被代英看見，少不了一頓。學校禁止吃零食，不許看內容不好的小說；發現有人和不可靠或作風不正派的人來往，就要給以勸告；外出屢次超假者，要關禁閉；星期天歸校過時者，罰站崗兩小時……惲代英是不少女性心目中的偶像。小姐妹在一起，還真有直率、開朗、粗獷的，紅著臉說：“我眼睛裏隻看見他，腦子裏隻思念他，希望隻聯係在他的身上……”
代英卻是嚴肅的，嚴肅得難以揭開兩性的麵紗；仿佛他那雙眼睛太近視了，近視得對那些烈火般的追求視而不見……
於是，人們便呼他“聖人”。
可是，一天，校中同事說代英要結婚了。一問，他說：“不抱獨身主義的人，大概總有一天會結婚的吧。”再問日期，他莞爾一笑：“連我也不知道呢。”