本區地處青藏高原和黃土高原接壤處的特殊地帶，東與甘肅省接壤，我國第二大河黃河呈東西走向貫穿保護區，境內群山突兀、河流切割強烈，屬強烈切割的斷塊高中山地形，最高峰當蕊山海拔4182米，最低處黃河岸邊海拔1780米，中心地帶有一處麵積約20公頃的堰塞湖——孟達天池。特殊的地理位置和複雜的地形使保護區內形成了優越的小氣候，與同緯度、同海拔地區相比，氣溫高、降水多、空氣濕度大、風速小，有利於植物生長。保護區內植物區係成分複雜並具有過渡性特征，植物資源比較豐富，有青海高原的“西雙版納”之稱。本區森林植被以針闊葉混交林為主，並分布有較大麵積的青稈純林；已知高等植物有90科302屬517種，其中有近百種植物位於其國內同緯度分布的最西端，具獨特的生物地理意義；已知的野生動物主要有哺乳類7種、鳥類35種，其中麝、蘇門羚、斑尾榛雞、紅隼、蘭馬雞等被列為國家重點保護野生動物。保護好該區生態係統和野生物種，對於研究植物的進化、群落的演替有著非常重要的意義，同時對黃河上遊的水源涵養也具有重要作用。
十二、河北霧靈山國家級自然保護區
位於河北省興隆縣北部，麵積14337公頃，1983年經河北省人民政府批準建立，1988年晉升為國家級，主要保護對象為溫帶森林生態係和獼猴。
本區地處燕山山脈，最高海拔2116米。清代，視霧靈山為清東陵的風水禁地，嚴禁砍伐樹木，以致林木繁茂，形成了鬱閉的天然林。且森林植被隨海拔高度發生變化，形成垂直帶，具有華北植物區係的代表性，是研究森林植被變化的“天然實驗室”，因而為中外學者所重視。保護區內還分布有獼猴、斑羚等珍稀野生動物，並為我國獼猴分布的北限。
十三、山東黃河三角洲國家級自然保護區
位於山東省東營市境內，麵積15.3萬公頃，1990年經東營市人民政府批準建立，1991年升為省級自然保護區，1992年晉升為國家級自然保護區，主要保護對象為原生性濕地生態係統和鳥類。
黃河三角洲地處渤海之濱的黃河入海口，是黃河攜帶的大量泥沙在入海口處沉積所形成，為全國最大的三角洲，也是我國溫帶最廣闊、最完整、最年輕的濕地。本區屬溫帶季風氣候，植被為原生性濱海濕地演替係列，生態係統類型獨特，濕地生物資源豐富，高等植物有116種，海洋生物有800多種，鳥類有187種，其中屬國家重點保護鳥類的有丹頂鶴、白頭鶴等32種，屬中日候鳥協定保護種類的有108種，是東北亞內陸和環太平洋鳥類遷徙的重要停歇地和越冬地。該保護區的建立對保護和研究黃河三角洲濕生生態係統具有重要意義。
十四、安徽古牛絳國家級自然保護區
位於安徽省祁門、石台兩縣境內，麵積14821公頃，1982年經安徽省人民政府批準建立，1988年晉升為國家級，主要保護對象為中亞熱帶常綠闊葉林。
本區地處黃山山脈西端，主峰古牛降海拔1727米，地域性氣候突出，多雲霧和地形雨。本區保存著較完整的中亞熱帶常綠闊葉林，為皖南山區亞熱帶常綠闊葉林類型代表。區內生物種類繁多，資源豐富，僅木本植物就有500餘種，屬國家重點保護的有香果樹、鵝掌楸等，高等動物有200餘種，國家重點保護動物有梅花鹿、白頸長尾雉等十多種，是我國東部地區重要的物種基因庫和科研基地。
十五、浙江清涼峰國家級自然保護區
清涼峰位於皖浙交界處。它是浙江天目山的主峰，海拔1787.2米，為華東地區僅次於黃山各主峰高度的另一座高峰。在境內與宣城地區績溪縣搭界。經國家批準，1979年被列為自然保護區，其麵積為15平方公裏。境內層巒疊嶂，群峰爭奇，溝穀縱橫，樹林茂密，人跡罕至，生態完整，野生動植物資源豐富。既有類似黃山峻峭奇麗的景色，又有山中“台地”和群頂“小平原”等獨特地形，是安徽省六大自然保護區之一。
保護區內不僅黃山鬆婀娜多姿，棠棣花姹紫嫣紅，其怪石也有獨特之處。它不像黃山怪石那樣從峭壁突兀而起，而是直接從深厚、翠綠的大地上屹立，形象逼真，十分逗趣。如“仙人鋸石”、“猿人上山”、“小姑背情郎”、“白雲岩”、“仙人洞”、“龜蛇把關”、“獅象進門”、“天子池”等，類似景點達四五十處之多。壁立的石峰千變萬化，有的像飛禽，有的似走獸，有的肖人，有的狀物，還有更多的尚待人們為之冠以美名。另外，此處的流泉、飛瀑比比皆是，雲河、雲海更是變幻無窮，爭異鬥奇，使人讚歎不絕。