吳稚暉十分關心教育。民國建立後，他就中國傳統教育的缺點，以及今後的教育目的、方針、作用和學校教育、社會教育等問題，發表了一係列文章。他還發起儉學會，設立北京留法預備學校，倡導組織青少年赴法勤工儉學，將其新教育思想付諸實踐。1915年他與李石曾等發起勤工檢學運動；1917年初在《中華新報》辟“客座談話”專欄，介紹留學歐洲應具備的知識和外國風俗見聞；1919年初與李石曾等發起組織留法勤工儉學會；1920-1922年間籌建了中法裏昂大學並出任校長；1925年又創辦了海外補學校，為國民黨要人子弟出國留學作準備。
吳稚暉致力國音統一和倡導勤工儉學，在中國現代史上有重要的意義，前者有利於提高全國平民的識字能力和文化水平，後者培養了科學技術和政法人才，中國現代史上許多重要人物都接受了他的教育和影響。
官稚暉堅信革命不是為做官，但仍十分關心國事。他的名言是：官是一定不做的，國事是一定不可不問的。所以，他以民國元勳致力國音統一和倡導勤工儉學，他以普通公民積極參與政治。
1913年春，袁世凱派人在上海火車站刺殺國民黨重要領導人宋教仁，吳稚暉憤然離開北京，回到上海與蔡元培創辦《公論報》，抨擊袁世凱的專製統治，竭力倡導討袁運動。後來，袁世凱鎮壓了小中山領導的討袁運動，孫中山流亡日本，吳稚暉出走英國。吳稚暉十分關國事，當1915年1月法國報紙披露袁世凱與日本談判簽訂“二十一條”內容後，吳稚暉與蔡元培等函件來往，揭露袁世凱喪權辱國。有趣的是，袁世凱自以為地位鞏固，革命黨人已是窮途末路，隻要稍加籠絡的一個有影響人物，他便授勳位於吳稚暈，不料，吳稚暉毫不領情，立即寫信回絕，其中有言：“切盼公等寶貴精神，專注於國難勿更以揶揄為消閑，侮辱書生。公民吳敬恒敬上。”這一封信詼諧而諷刺，傳頌一時。
1922年，孫中山組織第二次護法運動中發生了陳炯明叛變，孫中山被迫逃到永豐艦，返回上海。吳稚暉得知這一消息，便從法國回國奔走於京、滬、奧間，勸陳炯明悔過討賊，雖因陳炯明不聽勸告而未成，但吳稚暉的一片愛國熱忱和深入虎穴的勇氣是令人欽佩的。
1926年，國共合作的北伐戰爭開始，在北代誓師大會上，年過花甲的國民常元老吳稚暉將孫中山的遺橡和黨旗國旗授給時任北代軍總司令蔣介石，並臻詞激勱全體將士。
抗日戰爭最艱難的時期，注精衛投降日本。吳稚暉最痛恨賣國求榮的漢奸，立即進行口誅筆代，稱汪精衛為“汪精怪”；陳璧君為“陳屁裙”；褚民誼為“鼠狒黑”，使人一提到這些名字，就對這“臭了自己，臭了國家，還臭祖宗，更臭子孫，真是畜類”的漢奸深惡痛絕。抗戰勝利後，他以８１高齡當門而坐，歡慶勝利，其歡樂之情，無異於一般青少年。
由於吳稚暉堅持認為中國不能實行階級鬥爭，堅持認為馬克思主義不能實驗於中國，故從北代戰爭後積極反共，思想沒有能隨著時代潮流的變化而繼續前進。1949年，他為國民黨統治的行將垮台憂心忡忡，體力大衰，時病時好。2月24日他被蔣介石的專機接到台灣。1953年10月30日吳稚暉病逝於台北，終年８８歲。
吳稚暉一生十分簡樸，敝衣敗絮，安之若素，外出總是以步當車，經常罷車。他視金如身外之物，通通用來接濟別人。他身邊唯一珍貴的東西，就是他2萬多冊的藏書，還有從21歲開始日積月累而成的二三十箱文稿、信件、剪報。其中重要著作有《客座談話》、《上下古今談》、《荒古原人史》、《二百兆平民大問題》、《注音符號作用之辨證》、《稚暉文存》等，在台灣出版的有《吳稚暉先生選集》（上、下冊）、《吳敬恒選集》（共13冊，分為哲學、文化教育、國音文字學、科學、政論、書信、序跋遊記雜文、上下古今談，各為1冊或2冊）。
吳稚暉是中國近現代史上一位頗具特色而有過較大影響的人物。他學貫中西，愛國堅定，生活淡泊，臻力教育，贏得了當時人們的崇敬並受到其深刻的影響。蔣夢麟料稱讚他是中國學術界一顆光芒四照的彗星；胡適譽之為中國近三百年來四大反理學的思想家之一；1963年聯合國科教文組織第十三屆大會上舉存他為“世紀偉人”。無論是吳稚暉的生平，還是其中豐富的思想，都是十分值得研究的。