漢武帝時代，雖推行“罷黜百家，獨尊儒術”的政策，也不過奉以虛名，並不實行儒學以治世。而真正對孔子的道德、學問和業績進行高度評價，對儒學教育進行認真總結的，則首推司馬遷。
總結古代天文曆法的光輝成就
《史記》中《天官書》、《曆書》，是記載天文學的專篇。司馬遷之父司馬談為太史令時，就曾師從著名天文學家唐都。司馬遷為太史令，又求教於唐都，並與之共同製定《太初曆》，改革曆法，掌握了淵博的天文學知識。司馬遷曾親自參與封禪、改曆，掌管司天官，有深厚的觀測實踐，所以能在專篇中總結和反映古代天文學和曆法的發展及其光輝成就。
當之無愧的地理學家
地理是古代的一門關乎國家大政的重要學問。《史記》雖未設“地理書”，然而《河渠書》、《夏本紀》，都可以視作地理專篇。此外，還有許多篇章論載地理。例如《史記·夏本紀》有三分之二的篇幅論載地理。還記載了冀州、兗州、青州、徐州、揚州、荊州、豫州、梁州、雍州等諸多州的地理、土地、賦役、物產等情況；寫了山川河流的形勢，並記敘了王侯所在城市外圍、郊區、國家邊遠地區之間的關係等等。
西北、東北、西南、東南等邊疆地理，於各少數民族域外列傳中也詳細記載。這些記載研究，至今仍是中外學者研究我國邊疆地理必不可少的寶貴資料。
提出軍事地理學與兵法經商思想
持續四年之久的楚漢戰爭，以項羽身敗名裂，劉邦一統天下而告終。司馬遷認為張良、蕭何、韓信三人“皆人傑也，吾能用之，此吾所以取天下也。項羽有一範增而不能用，此其所以為我擒也”。首先將用人的得失視為成敗的關鍵；其次認為軍事地理山川形勢也是至關重要的因素。劉邦對關中等地區的地理相當熟悉，並能在戰爭中加以利用。而項羽在楚漢戰爭期間卻對軍事地理相當忽視。當諸侯兵入關中之初，有人曾向項羽上言：“關中阻山河四塞，地肥饒，可都以霸。”項羽胸無遠略，非但不聽這一建議，反而殺了進言者。於是分王諸侯於善地，自己則東都於彭城。“山河之固”乃“國之寶也”。項羽不重視地理之利，也就喪失了守國之基礎。
司馬遷另一軍事思想是用兵法經商。《史記》中的白圭、範蠡都是兵家。範蠡從一個“上將軍”轉而成為“致資累巨萬”的富翁；白圭把伊尹、呂尚之謀，孫吳用兵之法，用於貿易，更是發財有道。從軍事戰爭與商業經營二者性質看，都屬於博弈活動（或叫對策活動）範疇，是以“利”為本，“合於利而動，不合於利而止”。以範蠡、白圭為代表的巨商在商業、經營活動中如何運用“知己知彼”、“出奇製勝”、“避實製虛”等戰略戰術，《貨殖列傳》描繪得清清楚楚。對於如何選地、任時、知物、擇人，均有生動記敘。美國等西方國家的軍事院校，都把《史記》作為他們的必修課程，這充分說明司馬遷的軍事思想何等偉大！
與屈原比肩的傑出文學家
作為文學家的司馬遷，開創了散文敘事的傳記文學，成為曆代文學大家和廣大讀者學習、借鑒的典範。《史記》遺澤後世，對後世傳記文學、散文、小說、戲曲都產生了深遠的影響。司馬遷的散文成就，不僅代表了漢代文學的高峰，而且在散文發展史上，也起了承先啟後的作用。在文學發展史上，文學家司馬遷的地位，應和大詩人屈原比肩並列。屈原和司馬遷兩人，不僅身世遭遇有共同之處，而且作品都努力反映現實生活，直麵慘淡人生，鞭笞腐朽和黑暗，同情被壓迫人民，具有強烈的人民性。所以魯迅稱《史記》為“無韻之離騷”，是極為中肯的。