在進行物流係統總體設計時，應對以下問題很好研究，做出決策。
1.規模適應化
對物流係統進行投資建設時，首先要確定其規模的大小。對其所處的地理位置、周圍環境、服務對象，特別是物流量的多少，包括貨物品名、數量、流向等，都要進行詳細調查和預測，綜合分析研究，以確定物流係統的規模。否則，物流係統規模設計大了，而物流量小了，必然要使一部分物流設施、技術裝備閑置起來，不僅白白浪費了投資，而且影響物流的經濟效益。反之，物流係統規模設計小了，物流量多了，與其業務活動不相適應，滿足不了顧客的需要，同樣也是不可取的。
2.運送及時性
這是物流係統的主要功能之一。即根據貨主的要求，及時運輸和配送，按顧客提出的時間、地點，把貨物迅速運送到收貨地點，以贏得信譽。這也是衡量物流企業服務質量的一個重要標誌。因此，在進行物流係統設計時，必須很好考慮運輸、配送的功能，如運輸工具的配備，運輸路線的選擇，運輸環節的安排等。
3.庫存合理化
保持一定的合理庫存，是物流企業的一項重要任務。在物流係統設計時，必須充分予以重視。以生產物流來說，工廠要儲存一定數量的原材料，否則，會造成積壓，占用庫房，浪費資金，影響企業的經濟效益。從銷售物流來看，批發企業或物流中心必須保持一定的合理庫存量，不然，商品儲存過多，會造成積壓，占壓資金；而儲存過少，又要脫銷，並失去銷售機會，影響企業的經濟效益。因此，物流係統必須強化這一功能，及時反饋，調整庫存，多則停止進貨，少則補充庫存，充分發揮其調節功能的作用。
4.省費用、省力化
在商品經濟日益發展，物流技術不斷革新，物流業激烈競爭的情況下，在進行物流係統設計時，無論對係統整體還是各個子係統來說，一切物流業務活動，都要求省力化，並收取比較低廉的費用。這是招攬顧客、擴大業務的手段，也是物流企業自身發展的關鍵所在。當然，所謂費用低廉，也是相對而言的，是在物流業同行業之間比較而提出的。是為了減少勞動消耗，節省費用，保持企業的競爭能力，而不是不講企業的經濟核算。物流企業也和其他企業一樣，采取較好的經營手段，獲得應有利潤。
5.高服務水平
物流學在西方也稱為後勤學或後勤工程學。一般認為，物流業是屬於第三產業的範疇，是後勤、供應和服務性的行業。所以，對整體物流係統設計和全部物流業務活動的要求來說，必須強調其服務性。無論運輸、包裝、配送等，每日每項物流活動，都要盡量達到讓顧客滿意，並要不斷研究新問題，開發新技術，增加新的服務項目，為社會提供高質量的服務。如國外一些大的物流企業，最近幾年新開發的“宅配送”。“宅急便”等業務——送貨到門、取貨到家，方便了千家萬戶，受到社會各階層廣大群眾的歡迎。這是物流業開拓的一個新領域。由此可見，高質量的服務水平，是物流業不斷發展的強大生命力。從事物流業的人們必須充分認識到這一點。