年8月14日，馬來亞、新加坡華僑籌賑祖國傷兵難民大會委員會在新加坡宣告成立，陳嘉庚被推舉為主席。該會以為祖國的傷兵難民籌賑為宗旨。隨後，南洋各地愛國救亡團體相繼成立。1938年夏，印尼華僑領袖莊西言和菲律賓華僑領袖李清泉聯名致信陳嘉庚，建議統一南洋華僑救亡組織，統一領導南洋各地救亡鬥爭。陳嘉庚對此十分讚成，並主動承擔組織和籌備工作。1938年10月10日，來自馬來亞、緬甸、北婆羅洲、爪哇、蘇門答臘、西婆羅洲、巴達維亞、菲律賓、安南、暹羅等地45個華僑組織的代表164人，在新加坡南洋華僑中學集會，成立南洋華僑籌賑祖國難民總會，作為南洋華僑救亡鬥爭的最高領導機關。選舉陳嘉庚為主席，莊西言、李清泉為副主席。陳嘉庚在會上作了發言。會議決定在新加坡設立南洋華僑總會總辦事處，負責日常事務。會議通過了《南洋各屬華僑籌賑祖國難民會代表大會宣言》，擁護國民政府及蔣介石抗戰到底，號召海外僑胞各盡所能，各竭所有，增籌款項，推銷公債，以救濟中國抗戰之難民。會上，各地代表認捐每月國幣400餘萬元，作為賑濟傷兵難民之用，直至抗戰結束。會後，在各地建立了85個分支機構，發動華僑支持祖國抗戰。
南洋華僑總會成立後，積極領導南洋地區愛國救亡活動，其中成效卓著的有：（1）捐款捐物。南洋華僑領袖是捐款捐物的模範。陳嘉庚自馬來亞、新加坡華僑籌賑祖國傷兵難民大會委員會成立後，帶頭認捐每月國幣2000元。1940年為擴大集美五所中等專業學校，捐資200萬元；又與華僑領袖侯西漢、郭兆麟合資在重慶創辦中國藥產提煉有限股份公司；創建新加坡製藥廠，免費為祖國提供急需藥品。李清泉帶頭認購救國公債40萬元，並贈10萬美金作撫養難童用。新加坡華僑胡文虎一次捐款200萬元。巴達維亞籌賑會主席丘元榮除捐款數十萬元外，還發動捐獻奎寧凡和金雞納霜凡運動。（2）動員華僑青年回國參戰。為與國內同胞一同保衛祖國，陳嘉庚等華僑領袖積極動員和幫助華僑青年回國參戰。這些華僑青年為祖國的抗戰事業作出了貢獻。如南洋華僑林日尊屢建戰功。1940年5月在成都反擊日機時，不幸中彈為國捐軀；爪畦女華僑李林不僅參加了八路軍，還加入了中國共產黨，犧牲後被中共中央婦女委員會譽為"女共產黨員的光輝模範"、"全國同胞所敬仰的女英雄"。
陳嘉庚在領導南洋華僑支援祖國抗戰的同時，也希望回到祖國實地去看一看。特別是八路軍、新四軍的英勇作戰，與正麵戰場的喪師失地形成鮮明的對比，延安成為中國的希望所在；而國民黨頑固派製造反共摩擦，破壞了抗戰大業，也使陳嘉庚對蔣介石國民黨有了新的不同的認識。基於這些認識，陳嘉庚決定回祖國特別是到延安去看看。1940年3月26日，陳嘉庚、莊西言、李鐵民率南洋華僑歸國慰勞團自仰光飛抵重慶。陳嘉庚此行目的，一是向抗戰軍民致敬慰之意，二是考察戰時國內狀況，帶回南洋向華僑報告宣傳，使華僑增加愛國熱心，以財力助祖國抗戰。
陳嘉庚一行在重慶稍事停留後，即率南洋華僑歸國慰勞團第一團於1940年5月31日抵延安慰問。延安各界5000餘人舉行盛大歡迎會。陳嘉庚在會上即席演講，激勵人民堅持抗戰，打倒汪精衛派妥協分子。在延安期間，陳嘉庚走訪了一些中共領導人，參觀了陝甘寧邊區，對中共在艱苦抗戰下堅持抗戰的行動，表示了由衷的敬佩，對中共在抗戰中的作用有了更深刻的認識。6月1日，毛澤東、朱德等宴請陳嘉庚一行。後陳嘉庚參觀訪問了第四軍校、安塞縣等處。6月7日，延安各界千餘人舉行晚會，歡送陳嘉庚、侯西漢、李鐵民等南洋華僑歸國慰勞團。毛澤東、朱德、吳玉章、蕭勁光、王明等人出席。朱德在會上致詞，希望陳嘉庚等人把八路軍和陝甘寧邊區的情況介紹給千百萬僑胞。陳嘉庚也發表講話，希望國共兩黨消除摩擦，加強團結，一致對外。8日，陳嘉庚一行離延安經富縣赴宜川，前往山西考察，並對甘肅、青海、河南等省進行了考察，於7月21日返抵重慶。
回到重慶後，陳嘉庚於7月24日應國民外交協會邀請，作《西北之觀感》的講演，稱讚共產黨上下刻苦耐勞，努力求進，在如此艱苦抗戰中，大家都應該有這種精神才對；他呼籲中國各黨派加緊團結，因為這不僅關係國家一時的艱危，而且關係民族永久的存亡。7月28日，蔣介石在重慶接見陳嘉庚。陳嘉庚向蔣介石談到了赴蘭州、西安、延安、山西、洛陽、漢中考察之觀感，對抗戰勝利的信念更加堅定。在談到國共關係時，蔣介石聲稱若不消滅共產黨，則抗戰決難勝利。陳嘉庚答稱，華僑甚盼祖國團結，一致對外。29日，蔣介石設午宴招待陳嘉庚，30日，陳嘉庚離重慶考察西南各省。陳嘉庚在給蔣介石的回信中強調："餘乃憑良心與人格，將所聞所見發表，無論何處，餘決不能昧良心，指鹿為馬也。"。回到新加坡後，陳嘉庚據實報告了陝甘寧邊區的情況，號召華僑擁護抗戰，擁護中國共產黨領導的抗日民族統一戰線。陳嘉庚訪問延安，有助於廣大華僑和海外各種進步勢力對中國共產黨及其抗戰事業的了解。