東海之行給他帶來了莫大的希望，方士的蠱惑和美麗的傳說使他確信仙人和不死藥是存在的。既然如此，他也確信憑他的權力和意誌，最終會找到別人沒有找到的仙人和不死藥。他不是做成了許多人不敢想也不敢做的事情嗎！那麼，長生這件事又怎能例外呢？可是，為什麼東方始終沒有這方麵的消息傳來？他實在有些等不及了，他決定再到東海去一次。
在鹹陽他好容易挨過了冬天，天剛轉暖他就又與群臣匆匆踏上了東巡之路。秦始皇二十九年春（公元前２１８年），皇帝的大隊人馬在通向東方的“馳道”上揚起一片黃塵。秦始皇正為圓他的長生之夢而急著趕路。
皇帝的車隊走到陽武博浪沙（今河南省陽武縣東南三公裏），突然發生了一起震撼天下的刺殺秦始皇的特大謀殺案。事情到秦帝國滅亡後才真相大白。原來這次謀殺案的主謀是一個叫張良的年青人。他是原韓國的貴族，他的祖父張開地、父親張平都曾是韓國的名相。秦滅韓，張良立誌為韓報仇。為此他弟死不葬，變賣家產，尋找刺客刺殺秦始皇。張良曾學禮於淮陽，東見倉海君，在那裏結識一位大力士，此人能輕鬆地使用重120斤的大鐵椎。他們探聽到秦始皇東巡的消息後，經過周密策劃，提前埋伏在秦始皇車隊的必經之處——陽武博浪沙。這裏是個人跡稀少、十分荒涼的地方，“積沙如山，高與城平”。而且這裏春季多風，每逢風起，塵沙蔽日，一片昏暗。兩人在草莽中埋伏多時，突然發現秦始皇的車隊緩緩向他們走來，張良立刻命令力士做好準備。等車隊走近，張良一聲令下，力士的大鐵椎淩空飛出，隻聽哢嚓一聲，一輛車子被擊得粉碎。在這突然的襲擊下，秦始皇的車隊亂作一團，停止了前進。遺憾的是風沙之中，難辨目標，結果鐵椎誤中了秦始皇的副車，使這位皇帝再次死裏逃生。秦始皇聞訊大怒，下令在全國範圍內進行大搜捕，務必把凶手也緝拿歸案。可惜，直到他死也沒能知道凶手是誰。憑著秦帝國滴水不露的法網，怎能讓如此重要的人犯逍遙法外呢？其實道理很簡單，張良的行動得到了廣大痛恨秦暴政的民眾的支持，秦法再嚴密，對藏在民眾這個海洋中的張良，也是無可奈何的。
秦始皇的情緒一落千丈，對巡遊的事情已不再感興趣了。他本想打道回京，不再前行，但在群臣的勸慰下，還是勉強走到了海濱，他重又登上之罘山，又重讓李斯搞了篇銘文，刻在之罘山上。銘文寫道：維二十九年，時在中春，陽和方起。皇帝東遊，巡登之罘，臨照於海。從臣嘉觀，原念休烈，追誦本始。大聖作治，建定法度，顯著綱紀。外教諸侯，光施文惠，明以義理。六國回辟，貪戾無厭，虐殺不已。皇帝哀眾，遂發討師，奮揚武德。義誅信行，威FNFEA4旁達，莫不賓服。烹滅強暴，振救黔首。周定四極。普施明法，經緯天下，永為儀則，大矣哉！宇縣之中，承順聖意。群臣誦功，請刻於石，表垂於常式。 在之罘山的東側的“東觀”處還刻上另一篇銘文：維二十九年，皇帝春遊，覽省遠方。逮於海隅，遂登之罘，昭臨朝是。觀望廣麗，從臣鹹念，原道至明。聖法初興，清理疆內，外誅暴強。武威旁暢，振動四極，禽滅六王。闡並天下，災害絕息，水偃戎乓。皇帝明德，經理宇內，視聽不怠。作立大義，昭設備器，鹹有章旗，職臣遵分，各知所行，事無嫌疑。黔首改化，遠邇同度，臨古絕尤；常職既定，後嗣循業，長承聖治。群臣嘉德，祗誦聖烈，請刻之罘。 這次李斯搞的這兩處刻石，實有所指。主要是警告那些反對秦帝國的東方臣民，不要輕舉妄動，皇帝連強大的六國都舉手掃滅了，難道還怕你們這些烏合之眾不成！再說皇帝統一天下，實乃立下了拯民於水火中的蓋世奇功，你們有什麼理由不擁戴他！
回路，又登上琅笽台。然而無論他怎麼努力，也找不回上次來到這裏的快樂了！他隻好取道上黨返回鹹陽，結束了他的第二次巡遊。
這次謀殺事件，使他的情緒十分惡劣。回到鹹陽後，他仍然長時間悶悶不樂。就這樣，他在鹹陽默默地呆了一年多，再沒心思提巡遊的事。
三年過後，秦始書三十一年的九月，一件奇聞傳到鹹陽秦始皇那裏。當時人們紛紛傳說這年九月庚子，一個叫茅字初成的方士，經過長期修煉，“乃於華山之中，乘雲駕龍，白日升天”做了神仙。事前他的家鄉就流傳著這樣的歌謠：
神仙得者茅初成，
駕龍上升入泰清，
時下玄洲戲赤城，
繼世而往在我盈，
帝若學之臘嘉平。
這一切都相當離奇，實際全是秦始皇手下人為討皇帝的喜歡，搞的政治騙局。秦始皇卻當了真，極認真地追問事情的原委。那些據說目睹茅成仙的當地人被帶到鹹陽，眾口一辭說真有其事，並且再三奉勸秦始皇“求長生之術”。秦始皇那消沉了一年多的求仙的情緒重新被激發起來。為了紀念此事，他下令把十二月的“臘祭”按歌謠中的最後一句更為“嘉平”，並決定明年春季再次巡行天下，訪求仙人和不死藥。
然而，也就在這時又發生了一件極不愉快的事情。有一次，秦始皇換上普通人的衣服，與四個武士悄悄走出鹹陽宮，趁天黑到郊外散心。當五人走到鹹陽東２５裏的藍池宮時，突然有一夥強盜將他們團團圍住，欲行刺秦始皇。在這千鈞一發之際，全虧四個武士拚力廝殺，最後全殲了這夥強盜。秦始皇氣急敗壞地跑回鹹陽，下令在關中地區全麵搜查２０天。秦始皇本應看到這不是一起偶然的事件，如果說東方人刺殺他，是舊仇加新怨，所以必置他於死地而後快。那麼關中的秦人呢，如今怎麼也恨之欲使其死呢？隻要看看這年的米價由統一初的每石３０錢暴漲到１６００錢，我們就能清楚地知道民眾所處的境地是多麼的艱難，也就很容易理解為什麼有人要鋌而走險，刺殺秦始皇！可秦始皇卻沒認識到這點，並沒有意識到他腳下的土地已經顫抖了。
第二年春，即秦始皇三十二年（公元前２１５年），他第三次出巡。這次他選擇了新的路線，到渤海之濱的碣石去，其中主要的目的是“考入海方士”，即考查為他求仙的方士們是否在欺騙他。
碣石原屬燕園，在今天避暑勝地秦皇島市北戴河一帶，因為這裏有兩座高達數十米的海蝕柱雄峙於海中而得名。碣石一帶景色絕美，氣候宜人，確實是個難得的風景佳地。因此，早在燕昭王時，就曾於此“築碣石宮”。在這之後多有英雄豪傑流連於此，或築宮室，或瞻美景。三國時的大英雄曹操就曾在戎馬倥傯之際，來此逗留，並給我們留下了一首膾炙人口的詩《觀蒼海》： 東臨碣石，以觀蒼海。
水何澹澹，山島竦峙。
樹木叢生，百草豐茂。
秋風蕭瑟，洪波湧起。
日月之行，若出其中。
星漢粲爛，若出其裏。
幸甚至哉，歌以詠誌。
在他之前數百年的秦始皇更是一世之雄，所謂“英雄所見略同”，秦始皇來到碣石之後想必也會觸景生情，也會產生這番感慨。但秦始皇與曹操不同的是，他不像曹操那樣，忽然而來，忽然而去。秦始皇要把被大海激發起來的雄心壯誌化為現實。來到碣石後，立刻開始實行又一項宏大的建築規劃——建設碣石宮建築群。碣石宮的布局極奇特，規模極宏大。碣石宮殿群主體為碣石宮，碣石宮南取海中兩座雄峙的海蝕柱中央為中軸線，整個建築群以中軸線為準而向兩側展開，“目前所知，自河北省秦皇島市北戴河區的金山嘴、橫山遺址，直至遼寧省綏中縣的黑山頭、牆子裏和止錨灣紅石崖遺址，覆壓不下八十裏”。然後，人工雕鑿海中兩巨石為宮闕狀，取名“碣石門”，再由主殿碣石宮起。填石入海，築成海中甬道，直通“碣石門”。如此宏偉、壯麗、奇特的大建築群把大海與陸地融為一體，堪稱絕世之作。但是，誰又會想到有多少民眾為了落實皇帝浪漫的設想而灑下了他們的血汗，甚至貢獻出了生命！
秦始皇遊興未盡，又命李斯重操舊業，做銘文一篇，刻在“碣石門”上，永作紀念，文中寫到：遂興師旅，誅戮無道，為逆滅息。武殄暴逆，文複無罪，庶心鹹服。惠論功勞，賞及牛馬，恩肥土域。皇帝奮威，德並諸侯，初一泰平。墮壞城郭，決通川防，夷去險阻。地勢既定，黎庶無徭，天下鹹撫。男樂其疇，女修其業，事各有序。惠被諸產，久並來田，莫不安所。群臣誦烈，請刻此石，垂著儀矩。
李斯的這篇銘文，堪稱奇文。說它奇，倒不在於他們君臣不厭其煩地自我吹捧，而是奇在瞪著眼睛胡說，明明是“丁男披甲，丁女轉輸，苦不聊生，自經於道樹，死者相望”的一片慘景，卻硬說“黎庶無徭，天下鹹撫。裏樂其疇，女修其業”。真是一派胡言。然而專製政治不說謊又怎麼能過得了日子！其中“墮壞城郭，決通川防”倒是事實。秦始皇在興建碣石宮的同時，下令拆毀東方各國的城郭和建在河流上的攔水壩，一方麵是建設，一方麵是破壞，真是好不熱鬧。
不過，這些事與求仙一事相比，那就無足掛齒了。他急切想知道方士們是否找到了仙人和不死藥。方士們當然不想掉腦袋，都推說人力、物力都不夠，秦始皇於是又增派韓終、侯生、盧生、石生去尋求不死之藥，限期讓他們搞到。安排好這些事，秦始皇一行人取道北部邊疆返回鹹陽，結束了他的第三次巡遊。
第二年，他忙於北伐匈奴、南征百越、修築長城、遣戍五嶺、焚書等大事，無法出行。
第三年，他想巡視北疆，於是讓蒙恬修直道。但由於工程艱巨，沒能完工，秦始皇隻好打消北巡的念頭。轉過來，他又集中力量修築阿房宮，與此同時也沒忘懷東方的事情，他命令“立石東海上朐界中，以為秦東門”。然後搞大移民，“徙三萬家麗邑，五萬家雲陽”。好不忙碌。知識分子們看這位皇帝鬧得太凶了，明知搞不到不死之藥，在背後罵了他幾句，結果上演了“坑儒”的慘劇。
秦始皇真的有些瘋狂了。他自己也不知怎麼做才更舒服，出巡吧，有謀殺；在家吧，百事煩心。特別令他苦惱的是，他常常想到死。雖然他才48歲，但他卻總覺得死亡的陰影越來越濃重。他竭力尋找擺脫這種可怕的心理壓力的途徑，然而找不到。萬能的皇權在萬民之前威風凜凜，然而在死亡麵前，皇權不比小小的螻蟻更強。這是令他困惑的事情。但他不服輸，他不相信自己的權力戰勝不了死亡，所以他一次次下定決心，向死亡挑戰，試圖最終戰勝死亡。