血腥的內部清洗運動開始之後，最先處置的是宗室貴族，當時有公子１２人在鹹陽被砍頭，公主１０人在杜郵（今陝西省西安市西）被五馬分屍。他們的家產全被沒收充公，受株連而被逮捕的人不可勝數。
當時，公子將閭兄弟三人被長期關押在皇宮內，最後才想到定他們的罪。秦二世派使臣向將閭宣布處理結果說：“公子你有謀反之心，應處死刑，我謹代表陛下來執行法律的判決！”
將閭爭辯說：“朝廷的禮數，我從未敢於違背；祭禮的順序，我從未敢於僭越；回答皇上的詢問，我從未敢說過錯話。怎麼說我有‘不臣’之心呢？我願意聽完定罪的證據再死！”
使者說：“我不想過問你是否有罪，我是奉命辦事的！”
將閭乃仰天呼號：“天哪，天哪！我沒有罪啊！”兄弟三人哭作一團，然後拔劍自殺。血腥的屠殺，使宗室的全部成員都陷入到震驚和恐懼中。
公子高想要逃跑，又怕全族人被殺，就給秦二世上了一道奏章說：“先帝在時，隻要我入宮，先帝就賞賜我食物；外出時，就讓我同車而行。禦府的衣物曾賜給我用，宮中的寶馬曾賜給我騎。先帝去逝，我本應陪同殉葬，但卻沒這麼做，作為人子來說這是不孝；作為人臣來說這是不忠。不忠不孝的人，沒臉活在世上，我請求從先帝於地下，情願葬在驪山腳下。希望皇上可憐我的一片誠心！”
奏章到了秦二世手中，他看後非常高興，把趙高召來，說：“你看，這可以說是使他們無地自容了吧？”
趙高興奮地說；“這麼幹使這幫人整日擔心著死亡將要降臨，哪還有空謀反呢？”
秦二世批準了公子高的請求，賜給他１０萬錢做安葬費，讓他自裁。
到了這年的四月，秦二世這幫迫害狂，一邊瘋狂地殺人，一邊又掀起新的大興土木的高潮。秦二世振振有辭地說：“先帝認為鹹陽朝廷規模太小，所以營造阿房宮，沒等阿房宮全部竣工，先帝就謝世了，我們隻好把工程暫時停頓下來，搶修驪山墓。現在驪山墓大體完工，如果我們還放棄阿房宮工程，這等於是說先帝修阿房宮修錯了！所以我命令繼續修築阿房宮，還要繼續對外用兵，從今一切事情都要按先帝的既定方針辦。”
這幫魔鬼是決心一條路走到黑了。皇帝命令一下，李斯等政府官員自然得想盡辦法落實這一切。封建官僚體係在這方麵尤其顯示出它的效率。於是一場全國性的勞役、兵役大征調又開始了。 在修築阿房宮和對外備戰的同時，他們又抽調了５萬壯丁到鹹陽來服兵役，加強首都的保衛工作。當時皇家養了許多狗、鳥、珍禽、異獸，使食物供應發生困難。李斯就下令各郡縣向鹹陽運送糧食、飼料和柴草，還苛刻地規定運輸人都必須自備食物；又下令鹹陽３００裏內的糧食，人民不得食用，必須上繳政府。
自從秦二世在李斯、趙高的幫助下上台之後，他們不僅自覺地沿著秦始皇規定的路線走下去，而且搞得更為極端。為了維護他們的特權和利益，他們對民眾做盡了壞事，使本已無限痛苦的民眾進一步落到求生不能、求死不得的悲慘境地。然而這些嗜血的魔鬼根本沒有想到民眾的死活，隻是一味地讓秦帝國這架恐怖的國家機器更加瘋狂地運轉，以求在民眾的血肉中提取更大的利益。但是他們哪裏知道壓迫越深反抗越大、蓄之既久其發必速的真理。在秦始皇時代，秦帝國就已經成了一座隆隆作響的火山了，而在他死後不久，這座火山隨時都會噴發出民眾憤怒的火焰，將這座活地獄毀滅！
三、“殺人眾者為忠臣！”
古代中國是以農業為本的社會。所以，農業生產是社會存在和穩定的基礎。秦始皇統一中國後，曾宣稱把“上農除末，以農為本”作為基本國策。這給久經戰亂之苦，盼望和平生活的廣大民眾，特別是千百萬個體農民帶來了莫大的希望。所以，人們從心裏擁護秦帝國的統一。
然而，這位不可一世的獨裁皇帝及其追隨者們，很快就背棄了他們在民眾麵前許下的諾言，為了滿足他們無止境的私欲，他們重新把戰爭、苦役、更沉重的剝削強加到廣大民眾的頭上。同時，為了強製推行其窮兵黷武、大興土木、滅絕文化等野蠻的害民政策，為了鎮壓人民的不滿和反抗，為了能夠隨心所欲地驅使千百萬民眾為他們建築一座供他們享樂的封建專製主義大廈，他們把嚴刑酷法當成了惟一行之有效的統治武器。
秦王朝當時大約有近２０００萬人口。然而在短短的１５年中，長年從事非生產性強製勞動的民眾不下３００萬人，約占全國人口的１５％。值得注意的是，這些長年從事非生產性勞動的民眾，幾乎都是每個家庭中的主要勞動力。輕用民力到如此嚴重的地步，還談什麼正常的生產和生活，還吹噓什麼“男樂其疇，女修其業”！ 秦王朝從建國之初就強製推行各種非生產性害民政策，結果徹底地破壞了社會賴以存在的基礎——農業生產。
搞如此大規模的非生產性活動，不僅需要大量的人力，而且需要耗費巨額的社會財富。這些財富從哪裏來，當然要靠殘酷地剝削民眾而來。據史書記載，秦王朝對民眾的剝削可以說達到了敲骨吸髓、竭澤而漁的程度。如此的倒行逆施，怎能不把廣大民眾推到水深火熱之中呢？
但是，秦帝國的統治者們卻始終是暴力萬能論的信仰者。他們認為暴力既然可以摧毀一個舊世界，那麼依靠暴力就可以建立一個新世界！他們自信隻要恐怖的國家機器一開動，什麼人間奇跡都會創造出來。所以，他們根本不相信民眾的忍耐是有限度的，根本不相信民眾會有什麼力量可言，民眾隻是也隻應該是任他們驅使的奴隸。
但是，唯我獨尊、自以為是的統治者往往過高地估計了自己的力量。他們萬萬沒有想到，他們的害民政策已經把廣大農民、手工業者、商人、知識分子等社會各階層推到了這個政權的反麵，社會矛盾已經尖銳到了不可調和的程度。而且隨著矛盾的激化，統治階級內部也陷入到瘋狂的火並中！人們眼看著這座封建專製主義大廈已經動搖了，這種情況，到了秦二世的時候就更加嚴重了。這時，隻要迸出一顆火星，立刻就會燃起燎原的怒火，把這個罪惡的王朝埋葬！
這樣的事情果然發生了。秦始皇死後的第二年，也就是秦二世元年的七月（公元前２０９年），貧苦的農民陽城（今河南省登封縣東南）人陳勝、陽夏（今河南省太康縣）人吳廣，在蘄（今安徽省宿縣）揭竿而起，首先高揚起反抗秦帝國暴政的正義之旗。 當時，秦帝國繼續征發大批貧苦的農民到北部邊境漁陽（今北京市密雲縣）地區戍邊。戍邊的陳勝、吳廣領著９00名民夫途經大澤鄉（今安徽省宿縣南），遇上大雨，道路泥濘無法行走，使他們無法按期到達指定地點。但是，按當時苛刻的法令規定，不按期到達指定地點者，一律處以死刑！陳勝、吳廣為了死中求生，號召大家說：“我們現在因誤了行期，都要被處死，就算能饒我們一死，在那荒無人煙的邊境當戍卒，十有八九也活不到回家的日子！反正都是死，大丈夫不死則已，要死就得死個轟轟烈烈。那些王侯將相難道是天生的嗎？”這番話打動了每個人的心，使走投無路的農民立刻團結在陳勝、吳廣的周圍，與秦帝國的暴政展開了殊死的鬥爭。
陳勝、吳廣都是名不見經傳的普通農民，在政治領域中沒有什麼權威性。為了提高起義軍的號召力和聲望，他們決定打出公子扶蘇和項燕的旗號。公子扶蘇曾為民眾說過好話，又理應繼承帝位，在人民的心目中有很高的威望；項燕是楚國的名將，在反秦戰爭中英勇戰死。陳勝等人又都是楚國人，自然很尊崇項燕。 起義軍築壇誓師，自稱“大楚”，陳勝自立為將軍，吳廣為都尉。他們首先攻占了大澤鄉，然後又攻陷了蘄。此時，陳勝又命令符離（今安徽省宿縣境內）人葛嬰帶兵向東方進軍，這支起義軍連克城（今安徽省宿縣境內）、城（今河南省永城縣）、苦縣（今河南省鹿邑縣）、柘城（今河南省柘城縣）、譙城（今安徽省亳縣境內）。他們邊戰邊擴大隊伍，等打到陳丘（今河南省淮陽縣），已經有戰車六七百輛、騎兵千餘騎、步兵萬餘人。經過一場廝殺，起義軍又攻占了陳丘，從此陳勝把陳丘作為起義軍的指揮中心。 當此之際，全國各地廣大切齒痛恨秦朝暴政的民眾，聽說陳勝已舉起反秦的義旗，也都爭先恐後地殺掉當地的秦朝官吏，積極響應陳勝的反秦號召。於是，遼闊的東方成了人民戰爭的海洋。 秦二世的使者從東方回到鹹陽，急忙把陳勝起兵反秦的消息向秦二世如實作了彙報。昏庸無比的秦二世聽完彙報之後，竟然大為震怒，認定這個使者是有意報告聳人聽聞的消息，造謠惑眾，立刻把該人打入大牢。這樣誰還敢說實話呢？後來，秦二世問起東方的情況，回來的人就扯謊說：“鬧事的人都是些鼠竊狗偷之輩，地方官吏早就把他們收拾幹淨了，何勞陛下擔憂。”秦二世這家夥聽到這些假話後反倒很高興。
然而，實際情況與秦二世聽到的消息截然相反。起義軍在攻占陳丘之後，實力越來越強大，並且以陳丘為中心向全國各地進軍。陳勝也自稱為楚王，國號更為“張楚”。
陳勝封吳廣為代理楚王，以他的名義監督諸路將領，向西挺進，攻擊通往關中的門戶滎陽（今河南省滎陽縣）。
他又命令陳人武臣為將軍，邵騷為護軍，張耳、陳餘為左右校尉，攻取趙地。
命令汝陰人鄧宗向南挺進，攻取九江郡。
命令周市攻取魏地。
命令周文直接西進，打入關東，滅亡秦帝國。
單說周文這支隊伍，沿途一邊戰鬥，一邊征集兵馬，壯大自
己的隊伍。當他們打到舊秦國的大門口函穀關（今河南省靈寶縣境）時，已有戰車千輛，士兵１０萬人。這支大軍一鼓作氣，推進到戲水（今陝西省臨潼縣東），此地離鹹陽僅５０公裏之遙！
直到此時，秦二世才如夢初醒，始信天下人確實已經造反了。
在大兵壓境鹹陽指日可下的情況下，色厲內荏的秦二世被嚇得魂飛魄散，束手無策。他失聲問道：“怎麼辦？”滿朝文武也是大驚失色、噤若寒蟬，唯恐皇帝問到自己頭上來。這時，隻有少府（九卿之一）章邯挺身而出，他建議說：“強盜們已經殺到國門之外，聲勢又如此之大，目前立刻征調首都附近的兵力看來是來不及了。現在驪山還有許多刑徒，在此緊急關頭，懇請陛下赦免他們，發給他們武器，讓他們去打仗，不知陛下怎麼看？”秦二世哪裏顧得了那麼許多。他聽後，馬上發布了自秦始皇以來少有的大赦令，派遣章邯結集驪山的刑徒和奴隸，去迎擊起義軍。周文帶領的起義軍遭到秦軍主力的突然攻擊，被打得大敗。不得已，周文開始率軍後撤。
周文退出函穀關，駐紮在曹陽（今河南省靈寶縣南）。二個月後，秦將章邯軍趕到。雙方再戰，起義軍失利，又向東退至澠池（今河南省澠池縣）。十多天以後，秦將章邯軍又尾隨而至，大敗起義軍。周文自殺，這支西進的起義軍就此瓦解了。
當時，吳廣軍正圍攻滎陽。李斯的兒子李由是三川郡郡守，堅守著滎陽。吳廣屢攻滎陽不下，引起部下的不滿。吳廣手下的將領田臧背著吳廣與其他人商議說：“現在周文軍已經被打敗了，秦軍很快就會趕到，我們久圍滎陽城而不下，秦軍來到，腹背受敵，必然大敗。不如留少數兵力圍滎陽，集中全部力量與秦軍決一死戰，給秦軍來個迎頭痛擊！但吳廣太驕傲，又不知軍事，沒必要跟他商量此事，讓他知道此事，說不定我們的計劃要泡湯了。”於是他假稱陳勝的命令把吳廣殺死，然後把吳廣的首級獻給陳勝。陳勝無奈，隻好承認這種即成的事實，派遣使者賜給田臧丞相的印信，任命他為上將。
田臧派手下的將軍李歸繼續圍困滎陽，自己率領精銳部隊西進迎擊秦軍。雙方激戰於敖倉（今河南省滎陽縣西北黃河沿岸），起義軍大敗，田臧戰死。章邯乘勝打到滎陽城下，起義軍又敗，李歸等陣亡。
章邯軍連連得手。為了盡快平定叛亂，秦二世又增派長史欣、董翳，幫助章邯鎮壓起義軍。十二月，在形勢極為不利的情況下，陳勝來到汝陰（今安徽省阜陽縣）。在返回陳丘的途中，在下城父（今安徽省亳縣）被車夫莊賈殺死，莊賈隨即投降秦軍。 陳勝領導的起義軍僅六個月就失敗了。但是由他燃起的革命火種不僅沒有熄滅，而且形成燎原之勢。不過，由於秦軍大規模的鎮壓和起義軍尚未鍛煉成熟，特別是革命領袖陳勝犧牲，革命形勢陷入到低潮。
陳勝被殺，項梁敗走，魏咎被滅，原楚地的起義軍被各個擊潰。這些消息傳到鹹陽之後，秦二世和當朝大臣們興奮異常。他們重又忘乎所以地陶醉在勝利的喜悅中，認為天下從此無足憂矣！李斯的頭腦還算比較清醒，還沒有達到熱昏的地步。在陳勝、吳廣剛剛起事之初，李斯曾想借機勸諫秦二世凡事應稍有收斂，免得激發更大的民變，但都被秦二世拒絕了。他看到秦軍現在雖然節節勝利，可是時局卻不容樂觀，而且這場民眾大起義的風暴也確實使李斯認識到了“民不畏死”究竟意味著什麼。這個法家學說的信徒，這個從政幾十年從來沒把民眾放在眼裏的官僚，現在麵對著反抗暴政的熊熊烈火，第一次感到恐懼。雖然現在度過了一場嚴重的政治危機，他仍然感到大地在動搖，權力的寶座在傾斜。在心有餘悸之餘，他覺得自己身為當朝丞相，應該對秦二世的所作所為進行規勸。
深宮之中歌舞沉沉，秦二世正陶醉在甜軟的靡靡之音中。李斯謙卑地走到秦二世的身邊，仗著膽子，以極其誠懇的語氣對秦二世說：“陛下放棄詩書的教誨，留戀於聲色的享樂，這是商紂王時的忠臣祖伊所憂懼的事情，小錯將鑄成大過，陛下不分晝夜，耽於享樂，這是商紂王亡國的原因啊！”
二世聽後，大為掃興，覺得這些話從這個焚書的主謀、反儒的幹將嘴中說出來，實在有點別扭。再說東方的盜賊已被打得落花流水，何來亡國之禍？簡直是無知妄說！
站在二世身旁的趙高把這一切都看在了眼中，立刻批駁李斯說：“我聽說‘五帝’、‘三王’的音樂各有其獨特的名稱，所以如此，以示互不承襲之意。沒有什麼絕對悅耳的音樂。上至朝廷，下至民眾，一致的認識是隻要某種音樂悅耳動聽，令人興奮，那就是好音樂。”
趙高的話說得秦二世很開心，他覺得還是趙高深得其意。此時，秦二世突然想到，李斯身居丞相之職，卻讓盜賊鬧到如此猖狂的地步，現在天下剛剛安寧，自己稍有振作，他卻跑來說東道西，難道鬧到亡國的地步，李斯就沒有責任嗎？想到這兒，秦二世大為不快地申斥李斯說：“我聽你的同學韓非說：‘唐堯有天下時，住的是三尺高的矮房子，房椽子連砍都不砍砍，苫房草連剪都不剪剪。即使今天的小旅店也比它強；他冬天穿的是鹿皮衣，夏天穿的是麻布服。粗米餅當幹糧，豆葉子當羹湯，用土匭盛飯，用上钅刑盛湯，今天看門人的生活也比他強。大禹治水鑿龍門，使河流通暢，又築起許多堤防，把洪水導入大海。他辛苦勞作，把大腳的皮都磨沒了，小腳的毛都磨光了，手腳長滿了老繭，麵孔曬得黝黑，最後累死在外麵，葬在江南的會稽山。現在奴隸的勞動也沒有這麼辛苦！’你李斯認為像我這樣貴有天下的君主，難道也應該學習他們那樣，苦形勞神，住沒好住，吃沒好吃，像奴隸似的不停勞動嗎？我看唐堯也好，大禹也好，他們幹的都是下等人的事。一個統治天下的君主，他應該想方設法讓全天下人為他服務，使他能夠為所欲為，這才是享有天下的可貴之處。所謂聰明人，就是高居天下之上，統治百姓的人。現在連自己都撈不到什麼好處，那統治天下又有什麼用？所以我希望能夠縱情享樂，滿足我所有的欲望，但又不致發生禍害，你看應該怎麼辦？”
秦二世這番話，說得李斯啞口無言。他知道秦二世正在玩以子之矛攻子之盾的遊戲。你李斯自稱是法家人物，那就讓你聽聽真正的法家人物是怎麼說的吧！而且，秦二世還給他出了個難題：按照法家的理論，他秦二世應該怎麼做？
回到家中，李斯心情非常惡劣。今天不僅讓趙高占了上風，而且還讓秦二世將了一軍，顯然這是在警告他，皇帝對他不滿了。秦二世的這個題目，如果按正常人的理智去回答，那隻能是一句話，該是懸崖勒馬的時候了！但他知道再引起秦二世對自己的不滿將意味著什麼，他也知道趙高會利用皇帝對他的不滿做出什麼樣的文章！瞻前顧後，他深感到陳勝起事之後，形勢對自己確實極為不利。身為一國之相，竟然把天下搞到如此大亂的境地，罪責難逃啊！秦二世已多次流露出譴責之意。還有些更令他不安的壞消息，朝廷風傳說群盜吳廣等人西進時，經過他兒子駐守的三川地區，李由卻不加禁止，致使烽火燒到鹹陽附近。李斯還聽說章邯大敗吳廣之後，曾不斷派使者到三川去調查李由的瀆職問題。如果調查的結果證實李由確實有罪，按秦法規定，這將意味著什麼呢？這點李斯比誰都清楚。李斯再次站在人生的十字路口上，再次把自己的利益放到前麵。為了討秦二世的歡心，長保個人的富貴，當此國家生死存亡之際，他竟再次將僅存的一點責任感和政治良心無情地抹掉，在恐懼感、權勢欲以及對榮華富貴的貪戀的驅動下，滑向罪惡深淵的最底層！為取悅秦二世，他喪盡天良地寫了一篇長長的奏章，算是對秦二世提問的答複，在文中他說道： “我認為稱得上是賢主的人，應該是懂得全麵貫徹‘督責之術’的人。貫徹實行‘督責之術’，臣下就不敢不盡心竭力地為君主服務了。君臣之間的名分確立了，上下之間的義務明確了，天下人無論愚智都無人敢於不順從君主的意誌，於是君主就可獨治天下而無人敢於控製君主了。”