4.二戰中屢建奇功
第二次世界大戰爆發後，隨著戰爭形勢的發展，日本於1941年占領了印度支那半島後，亞太地區形勢然緊張起來。
麥克阿瑟的部隊在雷伊泰島登陸。７月，華盛頓動員菲律賓陸軍與美國駐菲部隊合並，麥克阿瑟被任命為美國遠東軍司令，司令部設在馬尼拉。同年１２月７日珍珠港事件爆發，１０小時後日機轟炸了菲律賓的美軍克拉克空軍基地，炸毀了機場上幾乎全部美國Ｂ－１７型轟炸機和大部分戰鬥機，極大地削弱了美國遠東軍的防守力量。
３天後日本開始進攻菲律賓。麥克阿瑟指揮的遠東軍僅有美軍１.９萬人，菲律賓軍１.２萬人，另外還有１０餘萬當地民兵。空軍僅剩下菲律賓軍隊的１５０架飛機，海軍隻有一支小艦隊。
在日軍的強大攻勢下，遠東軍損失慘重並節節敗退，麥克阿瑟隻得放棄馬尼拉的防守，將部隊撤到早已有所準備的馬尼拉灣西麵的巴丹半島組織抵禦。
日軍對巴丹半島多次發動猛攻，遠東軍憑借堅固的工事英勇抗擊，多次擊退日軍。但這時戰爭形勢對遠東軍十分不利，美國在西太平洋地區的空軍已損失殆盡，無法從空中配合陸軍防守再加上此時美政府正花大量精力援助歐洲戰場的反法西斯戰爭，影響了對遠東的援助；日本突然發動太平洋戰爭後，日本海軍在太平洋上一度占據優勢，使美國本土難以有效地支援菲律賓的遠東軍。這一切使巴丹的守軍處境日益惡化。
到了３月，日軍向巴丹大規模增兵，使遠東軍的堅守更加困難。日本方麵興高采烈地宣布，若能生擒麥克阿瑟，將在東京帝國廣場當眾絞死他。這時美國政府為了在太平洋地區進行陸海軍協同作戰，命令麥克阿瑟把軍隊指揮權交給溫賴特將軍，他自己到澳大利亞去擔任新建立的西南太平洋地區盟軍的總司令。３月11日夜裏，麥克阿瑟登上魚雷艇準備駛離巴丹時，向眾人發誓：“我還會回來的！”他離開之後，遠東軍堅守巴丹近兩個月，最後因寡不敵眾而向日軍投降。
麥克阿瑟乘魚雷艇闖過日軍海空巡邏隊的封鎖後，於３月１７日到澳大利亞的墨爾本。盡管他受到當地人民的熱烈歡迎，他的心情還是非常沮喪。當他得知巴丹守軍投降的消息後說：“我是那個失敗事業的領導者，從我痛苦的內心深處，我祈禱仁慈的上帝，不久就把那裏的失地收回。”麥克阿瑟這時懷著強烈的複仇情緒，他認為自己活著就是為了早日重返巴丹。他在澳大利亞建立起西南太平洋地區盟軍司令部，積極著手整頓澳大利亞防務，組織和訓練部隊，積蓄反攻力量，製定積極的進攻計劃。他命令他的參謀人員要用“這是巴丹”來回答所有的電話，他本人的專機“吉恩號”也改稱“巴丹號”。
１９４２年６月中途島戰役之後，美國在太平洋地區逐漸由防禦轉入進攻。麥克阿瑟主張趁勢攻占日軍在西南太平洋最重要的海空軍基地——新幾內亞東部的臘包爾，然後正式開始對日本的戰略反攻。盡管海軍上將尼米茲主張先考慮歐洲戰場而在太平洋地區采取守勢，但因英國不同意盟軍過早渡過英吉利海峽對德作戰，美國決定采納麥克阿瑟的主張先在太平洋地區對日發動進攻。為此必須首先守住美軍在西南太平洋地區的軍事基地，尤其是新幾內亞東南部的莫爾茲比港。
8月25日夜，日軍1200人在莫爾茲比港以東90英裏外的米爾恩灣登陸。這次作戰是對該城的第二個潛在威脅，要不是敵人犯了一個大錯的話，這座城市就將處於南路來自科科達、西路來自米爾恩灣的日軍各路縱隊合擊的壓力下。日軍不知道麥克阿瑟在距離他們登陸點15英裏的島上正在修建一座機場。
即使在有了600人的增援和2輛輕型坦克的支援之後，日軍還是發現他們在人數上和槍炮數量上都遠遠不及對方。他們對米爾恩灣機場掘壕固守的敵軍進行了10天徒勞的正麵進攻。他們從早到晚一直受到美國和澳大利亞戰鬥機“直到槍膛子彈打光才停止掃射”的攻擊。日軍在這場注定要失敗的進攻中共有1000人傷亡，而剩下的幸存者突然撤退了。米爾恩灣的勝利是盟軍在太平洋地麵戰鬥中的首次重大勝利。
與此同時，5000名日軍仍在從科科達向南進發，堅持不懈地向莫爾茲比港跋涉。日軍不斷滲透，守軍節節敗退。
盡管巴布亞的日軍人數還不到盟軍人數的1／2，但他們於9月16日，仍得以前進到離莫爾茲比港不到20英裏的地方。晚上，日軍偵察兵已能看到港口上來回搜索的防空探照燈。澳大利亞人正在山路上建造新的防禦據點，但他們的防禦能力有限。
麥克阿瑟決定攻打日軍的後方。他讓第32步兵師的兩個團開赴新幾內亞發動反擊戰。
9月16日夜，麥克阿瑟給柯廷打了保密電話。他向總理承認他非常擔心。他說：“防守莫爾茲比港的澳大利亞地麵部隊在戰術上的被動保守，嚴重威脅著附近的機場”，“如果阻止不住日軍前進，“在新幾內亞的同盟國部隊將重蹈馬來西亞的覆轍”。