正如每個澳大利亞人痛苦地意識到的那樣，那年年初在馬來西亞，澳大利亞一個整個師被一小股日軍包圍並俘虜。麥克阿瑟說形勢很嚴重，他希望布萊梅立即來巴布亞並親自控製局勢。他沒有明確指出，但暗示他希望布萊梅能讓澳大利亞人投入戰鬥。
這是麥克阿瑟一生中的關鍵時刻之一。如果丟了莫爾茲比港，他的軍旅生涯也將隨之付諸東流。
麥克阿瑟早已認識到新幾內亞是澳大利亞的屏障，其東南的莫爾茲比港則是新幾內亞的戰略要地和通向澳大利亞的跳板，因而增強了該地的防備。
１９４２年７月，日軍兩支部隊約１.３萬人先後在莫爾茲比港東北邊的布納登陸，向西攻占了科科達，８月進入歐文斯坦山向莫爾茲比港進發。中途受到盟軍飛機襲擊，加之補給缺乏，日軍被迫停止前進。
麥克阿瑟率領澳大利亞軍兩個師和美軍一個團，於１１月２日收複了科科達。這次戰役使日本意識到原來認為１９４３年才會開始的盟軍的反攻這時已經開始了。
由於西南太平洋戰場的勝負決定著整個太平洋戰爭的前途，日本決心加強在所羅門群島和新幾內亞的防禦，並新設了三個軍駐紮在這一帶。但在１２月中旬，麥克阿瑟指揮盟軍攻陷了布納，把日軍壓迫到了海邊。
１９４３年１月，沿海日軍被盟軍消滅了１.２萬人。與此同時，日軍在瓜島戰役中也遭到慘敗。
３月２２日，日本製定了《陸海軍中關於東南方麵作戰協定》，決定把主要戰場放在新幾內亞。日本聯合艦隊也向南太平洋進軍，企圖阻止盟軍的反攻，並不斷向美軍占領的莫爾茲比港等處發動襲擊，但日軍最終未能攻占莫爾茲比港。
１９４３年美軍在反攻路線上存在著兩種不同意見。以麥克阿瑟為代表的陸軍主張，應該沿著新幾內亞向菲律賓發動反攻；海軍卻認為應沿著中部太平洋路線反攻。最後華盛頓決定采用“雙叉衝擊”的戰略，從西南和中部太平洋兩路同時發動反攻，使日軍顧此失彼，無法相互援助，最後兩路美軍在菲律賓會師。
在西南太平洋戰場的作戰計劃是，由海軍上將哈爾西先率軍占領所羅門群島東南，建立進攻臘包爾的空軍基地，然後逐步向北推進；麥克阿瑟則隨後率軍進攻新幾內亞北岸的萊城，接著北上占領俾斯麥群島中的新不列顛島；最後陸海軍聯合圍攻臘包爾。
在哈爾西行動成功後，麥克阿瑟於９月５日指揮澳軍第九師在萊城以東登陸，次日又增加了澳軍第七師和美軍一個傘兵團，１１日攻占了萊城南邊的薩拉茅阿，１５日又攻占了萊城西麵的拉姆普。此時離日軍在新幾內亞的軍事重鎮馬丹僅有５０英裏了。
１９４４年4月２日，麥克阿瑟指揮７０００軍隊在萊城西北的賽多爾登陸，向馬丹節節進逼，４月２４日攻占了馬丹。4月底他又向臘包爾北部的阿德米雷爾提群島發動進攻，擊潰了４０００日軍的抵抗，並將其全殲，５月占領了該群島。
同時哈爾西的部隊也於１９４４年３月攻克了臘包爾東南的布幹維爾島。這樣，駐守在臘包爾的１０萬日軍被盟軍團團包圍，陷入了孤立無援的境地。
１９４４年暮春，麥克阿瑟率領１５個師的盟軍對新幾內亞及其以東群島的日軍發起了最後攻擊，在進攻戰術上，海軍提出了從正麵逐島壓迫敵人迫使其後退的“跳島戰術”。但麥克阿瑟卻認為這種戰術將造成慘重的傷亡，他主張采用一種傷亡更少的戰術，即所謂“蛙跳戰術”或“越島戰術”。
具體就是向敵人防守堅固的主要據點的外圍作跳躍式進攻，不正麵攻擊這些據點，而是迂回到敵人背後，將他們分割包圍，用空軍和海軍切斷敵人的補給來源，將他們困死。不等據點裏的敵人被殲滅，其餘部隊又越過該地，再包圍前麵的敵軍據點。對臘包爾的日軍就采取了這種戰術。
麥克阿瑟的這種戰術很奏效，使盟軍在傷亡較少的情況下得以控製更多的地區。他於這年４月派澳軍從馬丹沿海向西推進，另一方麵下令盟軍主力進攻馬丹西邊的軍事重鎮荷蘭地亞。
４月２２日５萬美軍在荷蘭地亞及其東邊的文塔佩登陸，很快突破日軍防線，迅速包圍了艾塔佩東邊的威瓦克，使日軍第18軍軍部和3個師團被圍困在威瓦克，處於孤立無援、坐以待斃的境地。
未等威瓦克的日軍被殲滅，５月中旬麥克阿瑟又指揮美軍向西推進１２０英裏，跳躍到托埃姆，渡過海峽占領了韋克德島。
５月下旬又指揮部隊跳躍到荷蘭地亞以西３５０英裏的比阿克島，遭到日軍頑強阻擊，一直激戰到８月美軍才取得勝利。
比阿克島的戰鬥尚未結束時，麥克阿瑟又於７月６日指揮美軍跳躍到了諾埃姆富島，迫使新幾內亞的日軍撤到了最西端的鳥頭半島。但麥克阿瑟又指揮美軍一個師迂回到了鳥頭半島西北的桑薩波角登陸，切斷了日軍退路，打通了向菲律賓跳躍前進的道路。