毫無疑問，日本把攻占南方資源地區、奪取那裏豐富的資源和確保交通線安全作為其戰爭的重要著眼點。但是，日本十分擔心在進攻南方時，遭到來自夏威夷的美國太平洋艦隊的側擊。為此，日本決定把美國太平洋艦隊加以殲滅，至於采取什麼手段，卻莫衷一是。
1941年1月7日，日本聯合艦隊司令山本五十六海軍上將在向海軍大臣提出的《關於戰備的意見書》中談到：“開戰初期所應采取的作戰方針與計劃：用第1、第2航空艦隊的全部航空兵力，乘月夜或黎明光亮，向美國太平洋艦隊發起突然襲擊，‘力求全殲’停泊在珍珠港內的美國艦隊。”日軍大本營采納了山本的意見，並根據他的設想製定了襲擊珍珠港的計劃，其代號為“Z”作戰計劃。
珍珠港位於夏威夷群島的瓦胡島南部，東距美國西海岸2090海裏，西距日本3200海裏，是美國海軍在太平洋上的主要基地，也是美國和遠東、西太平洋之間的海上交通要道，戰略地位十分重要，素有“太平洋心髒”之稱。珍珠港內水區麵積約32平方公裏，水深平均12～18米，可以同時停泊各種艦船約500艘。基地內設施配套，裝備完善，有軍港、機場、航空站、油庫、彈藥庫和修船廠等13處軍事設施。1940年5月，美國為了遏製日本在太平洋地區的進一步擴張，將太平洋艦隊從美國西海岸移至珍珠港。
襲擊珍珠港是日本發動太平洋戰爭戰略計劃中的一個重要組成部分。戰略企圖是以突然襲擊的方式發起攻擊，使用艦載航空兵摧毀或癱瘓美國太平洋艦隊的大型艦船和飛機，使其在一段時期內難以恢複和參戰，奪取戰爭初期的製海權和製空權，保證日本南進戰略的側翼安全。
關於發動戰爭的時機，考慮到石油儲量的減少和美、英、荷共同防禦力量的迅速增強，日本覺得越早越好，根據氣候情況和海上風浪狀況，大本營最後把開戰時機選在12月上旬。
根據日本戰爭指導計劃，日軍大本營陸海軍部分別製定陸海軍作戰計劃。陸軍從1940年5月就著手製定對美、英、荷的作戰計劃。最初製定的是攻占馬來亞和菲律賓等區域性的作戰計劃，後改為綜合作戰計劃。1940年的陸軍作戰計劃規定：動用9個師的兵力進攻香港、印度支那、婆羅洲、馬來亞和菲律賓。
1940年的海軍作戰計劃規定戰爭第一階段的作戰方針是：（1）戰爭初期迅速殲滅東洋之敵，奪取製海權；協同陸軍攻占香港和呂宋島及其附近要地；進占法屬印度支那北部，並盡可能奪取其南部要地。另外，戰爭一開始，要在陸軍的協同下奪取關島。然後，如情況許可，還要占領英屬婆羅洲、馬來亞等要地，並奪取新加坡。（2）偵察敵艦隊，特別是美國主力艦隊的動向，盡力削弱敵海上力量，重點破壞印度洋上的敵海上交通線。第二階段的作戰方針是，各部隊除遂行既定作戰任務外，還要配合聯合艦隊主力作戰。聯合艦隊主力部隊待敵艦隊主力進入東洋海區後加以殲滅。這時，要盡可能將英美兩國艦隊各個殲滅。
很明顯，這一計劃將占領南方要地放在第一階段，而將截擊美國主力艦隊的任務放在第二階段，這種安排是極其不利的，因為在敵主力艦隊存在的情況下，海上輸送陸軍部隊是極其危險的。因此，日軍大本營在1941年采納了山本關於在開戰之初動用主力航空母艦襲擊珍珠港的計劃。
由於主力航空母艦用於偷襲珍珠港，日軍大本營決定在南方作戰中使用陸海軍基地航空部隊主力實施空中攻擊。到1941年8月，日本海軍基本完成作戰計劃的製定。之後，海軍在9月進行有關作戰計劃的圖上演習，經過研究，到10月末，大本營海軍部批準上述作戰計劃。杉山參謀總長和永野軍令部總長先後在11月3日和5日，將作戰計劃上奏天皇。11月5日，天皇批準了海軍作戰計劃。
海軍作戰計劃規定，第一階段的作戰要領是：（1）作戰初期，以第1航空艦隊（6艘航空母艦為主力）襲擊停泊在珍珠港內的美主力艦隊；（2）同時以第11航空艦隊（岸基航空兵）協同陸軍，對菲律賓和馬來半島進行突然襲擊，接著在該戰區遂行空戰任務；（3）第2艦隊在菲律賓海域遂行作戰任務，以奪取東亞海麵的製海權，保障海上輸送陸軍的安全；（4）第3艦隊為運輸在菲律賓及南方要地登陸部隊的船隊護航，並掩護其登陸行動；南遣艦隊協同在馬來半島登陸的部隊作戰；（5）第2遣支艦隊參加攻占香港的作戰，第4艦隊參加奪取關島、威克島和拉包爾的作戰行動；（6）第6艦隊（潛艇部隊）參加襲擊珍珠港的作戰，爾後繼續襲擊敵艦，削弱敵海上兵力；（7）在第一階段作戰中，如美國主力艦隊前來進攻，以除第3艦隊和南遣艦隊之外的聯合艦隊主力迎擊並將其殲滅。