1942年1月10日，日軍向巴丹半島的美軍發動進攻，此時南方軍已將第5飛行集團和土橋師調去進攻緬甸，參加對荷屬東印度群島的作戰，侵菲日軍戰鬥力大為下降，加上地形不熟，熱帶病流行，此次作戰，日軍減員較大。1月28日，日軍被迫停止進攻，巴丹半島的作戰陷入僵持狀態。4月3日，日軍在得到2.2萬人和飛機、火炮的增援後，集中第4、第18、第65師3萬人對巴丹半島發起第二次進攻。在日軍猛烈攻擊下，巴丹半島守軍7.5萬人（其中美軍9300人）於4月9日投降。
日軍攻占巴丹半島後，對哥黎希律島連續實施猛烈的炮擊和轟炸。5月5日，日軍渡過海峽在哥黎希律島登陸。接替麥克阿瑟指揮的美軍中將溫賴特於5月6日廣播投降書，駐島美菲部隊1.5萬人成為日軍戰俘，隨後，南部其他島嶼的美菲部隊也大部投降，一部潰散或潛入山林。日軍在進攻菲律賓作戰中死傷約1.2萬人。
攻占荷屬東印度群島
荷屬東印度群島位於亞澳大陸、太平洋和印度洋之間，由爪哇、蘇門答臘、婆羅洲等3000多個島嶼組成，是控製兩塊大陸、兩大洋海上交通的咽喉要地，並盛產石油（年產石油約800萬噸，是日本石油年產量的20倍）、橡膠、錫、生鐵、煤等戰略物資。為了切斷美澳聯係，建立向太平洋進攻的前進基地，奪取豐富的石油資源，日本把占領荷屬東印度群島作為主要目標。
日軍對荷屬東印度群島的作戰企圖是，以馬來亞、菲律賓為基地，從兩翼實施包圍，首先奪取外圍島嶼和石油資源地區，消滅盟軍海空兵力，然後集中兵力攻占該地區的政治、經濟、文化中心爪哇島。日軍大本營對此次作戰進行了充分準備，認為這次作戰的關鍵是，要確保在對方破壞之前完整地占領石油資源的生產和儲備設施，以便在短期內可以恢複生產，供作戰急需。為此，在作戰方式上，日軍采取奇襲，作戰時間盡量提前。參加這次作戰的兵力是今村均中將指揮的陸軍第16集團軍，下轄丸山政男的第2師、左野忠義的第38師、土橋勇逸的第48師和阪口靜夫混成旅。此外，還有海軍第3艦隊、第11航空隊，陸軍第3飛行集團，共約10萬人，飛機430架。以南遣艦隊為基幹的馬來部隊也參加此次作戰。
1942年1月3日，美、英、荷、澳在爪哇萬隆組成西南太平洋盟軍司令部，由英國韋維爾將軍擔任總司令。當時整個東南亞的戰略態勢對盟軍十分不利，美英軍在菲律賓和馬來亞的敗局已定，荷蘭早在歐洲戰敗。韋維爾剛從新加坡轉戰擔任形勢險惡的東印度群島的防衛任務。由於四國各自關心本身的得失，難以達成戰略協同。參加作戰的美英軍多是從菲律賓和馬來亞敗退下來的，荷蘭部隊多數是當地人，同荷蘭殖民者一向存在矛盾，戰鬥力不強。盟軍在荷印地區的兵力有陸軍9.2萬人，其中荷屬東印度軍7.5萬人，各種艦艇146艘，飛機300架。
日軍分3路進攻爪哇外圍島嶼，奪取製空權，占領資源地區，形成對爪哇的包圍態勢。1941年12月16日，擔任中路進攻的日軍第18師第124團占領了婆羅洲北部的米裏和斯裏亞，25日占領古晉。1942年1月11日，阪口旅在海軍的配合下，避開正麵港灣，從西岸叢林地帶登陸，攻占著名的石油產地打拉根，突破荷屬東印度北部防禦的第一道防線，1月24日占領巴厘巴板，守軍1個營燒毀油庫後撤退。2月10日，日軍占領馬辰。1月11日，東路日軍第38師一部占領蘇拉威西島的萬雅老，24日占領根達裏。l月31日和2月20日，日軍的1個聯隊在航空兵的配合下，對安汶島、帝汶島實施登陸，迫使島上荷澳守軍投降。日軍奪取兩島後，聯軍失去了後方依托。2月19日，日軍出動艦載機200架，轟炸澳大利亞北部的達爾文港，炸沉艦艇11艘，炸毀飛機23架，炸死炸傷約500人。西路日軍第38師一部擔負攻占蘇門答臘島上重要石油資源地區——巨港。2月14～15日，日傘兵第1旅一部和傘兵預備隊在巨港著陸。與此同時，日軍1個師的主力約1萬人在巨港登陸。
登陸部隊與空降兵會合後，於2月15日占領巨港，守軍炸毀煉油設備後撤至爪哇。至此，日軍已完成第一階段的作戰任務並從東、西、北三個方向逼近爪哇。
1942年2月下旬，在日軍對爪哇實施登陸之初，美、英、荷等國的艦隊在荷蘭海軍上將赫爾弗裏克的指揮下，組織了對日軍登陸輸送隊的多次攻擊。
2月23日，日軍第48師搭乘運輸船48艘，由第4水雷戰隊、第2和第9驅逐艦戰隊掩護，由巴厘巴板港出發，向泅水方向航進。26日晨，在婆羅洲南部的拉烏特島以南與第5戰隊和第2水雷戰隊會合，編成一支龐大的登陸輸送隊。當日17時30分，航至泅水西北方約60海裏處，與盟軍4艘巡洋艦和7艘驅逐艦編成的聯合艦隊相遇，雙方進行遠距離炮戰，盟軍2艘驅逐艦被擊沉。日軍為了保證登陸兵力的安全，於19時30分開始北撤，暫時脫離接觸，深夜，盟軍艦隊又北上對日軍登陸輸送隊進行攻擊，雙方使用了魚雷，結果盟軍2艘巡洋艦被擊沉，日軍數艘運輸船被擊沉。此次海戰，使日軍登陸比預定時間推遲了一天，然而未能從根本上扭轉戰局。