1941年11月，日軍參謀部和軍令部就南進的作戰計劃達成最後協議，確定要攻占的範圍大致是：緬甸、馬來、蘇門答臘、爪哇、蘇拉威西島、婆羅洲、菲律賓、關島、威克島、香港等地區。在不到半年的時間內，日本基本完成對“大東亞”的征服，控製了西起緬甸、馬來亞，東到中太平洋的吉爾伯特群島，北達阿留申群島，南抵新幾內亞、所羅門群島的亞洲太平洋廣大地區。日本法西斯關於“大東亞共榮圈”的構想正在變為現實。
對日本法西斯來說，殖民征服的過程也就是“大東亞共榮圈”逐步建立的過程。針對各占領區的不同特點，日本軍政當局采取不同措施進行控製，使其成為“大東亞共榮圈”的一員。1932年，日本在中國東北炮製偽滿洲國和1940年在中國淪陷區扶植汪精衛偽國民政府；同年，日軍進駐法屬印度支那，控製德古政權，把印度支那變成日軍在東南亞的一個重要據點和軍事基地；1941年12月，日本政府又實現對泰國的“和平”進駐，迫使簽訂同盟條約，答應給予日本在政治、軍事和經濟方麵的全麵援助。
太平洋戰爭爆發後，日本對南方各占領區實行軍事管製和軍政一體化，以便對戰略資源進行掠奪，加速戰爭機器的運轉。1942年6月，大本營在南方軍中設立軍管總監部，以統轄和指導各軍管區。為緩解被占領區人民的反抗，日本軍政當局基於政治、經濟和軍事的不同需要，對各占領區實行不同的政策。在印尼，日本采取分而治之的辦法，將原荷屬東印度分為3個不相統轄的行政單位（爪哇、蘇門答臘和由日本海軍管轄的部分地區）。在馬來亞，日本取消了英國時代的海峽殖民地、馬來聯邦和馬來屬邦在統治體製上的區別，將馬來亞分為8個省，均由日本人任行政長官。對菲律賓和緬甸，日本占領者在確保控製權的前提下，給予一定的自治權。1942年1月成立菲律賓政務委員會，作為中央行政機構，由日本顧問控製其大權；8月在緬甸成立以巴莫為首的緬甸“行政委員會”，但大權同樣操縱在日本顧問和日本軍事當局手裏。
1942年6月，日本在中途島海戰失利後，與盟軍展開曠日持久的激烈爭奪。為加強日本和被占領地區的特殊關係，完成“大東亞戰爭”，東條內閣決定建立一個特殊機構。早在1942年2月，日軍剛一占領新加坡，陸軍省興亞院和企劃院就研究了“關於規劃和實施對大東亞各國及各地區的各項政策的綜合責任官廳”的設置方案。經過半年多的準備，9月1日內閣會議通過《大東亞省設置案》，規定新省的宗旨為：“集中發揮大東亞全區的總體力量以增強戰鬥力。”11月1日，根據天皇敕令，正式成立了大東亞省，下設4個局：總務局、滿洲事務局、中國事務局和南方事務局。同時，原拓務省、興亞院、對滿事務局和外務省的東亞局、南洋局並入該省，這樣便大大限製了外務省的權限，東鄉外相曾辭職以示反對。大東亞省的設置意味著被占領區實際上成為日本的行政區，日本與被占領國不再具有普通的外交關係，“大東亞地區之外交官和領事……乃是披著外交、領事外衣的一般行政官員。”所以，大東亞省的設置是日本法西斯為建立“大東亞共榮圈”而采取的殖民政治的重要步驟。
1943年2月，日軍在瓜達爾卡納爾島戰敗並被迫撤退，此後開始在太平洋戰場轉入戰略守勢，戰爭態勢進一步惡化。為應付盟軍的猛烈進攻，日軍大本營和政府在5月31日的禦前會議上通過了《大東亞政略指導大綱》。其中，第一條規定：“帝國為完成大東亞戰爭，集結以帝國為核心的大東亞諸國家諸民族，進一步強化和整備戰略態勢，堅持戰爭的主動性，以適應世界形勢。”第二條規定：“整備政略態勢應以強化諸國諸民族對於帝國的戰爭合作，尤以中國問題的解決為基本著眼點。”基於這種目的，日本於10月30日同江偽政權簽訂了《日華同盟條約》，並承認緬甸和菲律賓作為“以大日本帝國為盟主的大東亞共榮圈的一環”的“獨立”，其外交權和軍隊的編製與指揮權均由日本控製。這種戰略上的調整是日本為完成“大東亞戰爭”所做的極為有限的讓步，意在拉攏各傀儡政權為建立“大東亞共榮圈”而賣力。