綜上所述，“大東亞共榮圈”隻是日本軍國主義企圖建立“大日本殖民帝國”的一塊招牌，根本不是什麼“共榮圈”，乃是日本法西斯進行殘酷統治和血腥掠奪的“殖民圈”。
日本對“大東亞共榮圈”內被占領國家和地區的統治基本上采取兩種方式：直接統治和間接統治。直接統治區大多是戰略要地和交通樞紐，包括香港、新加坡、婆羅洲、新幾內亞、中國台灣、朝鮮等。日本在這些區域公開實行法西斯殘暴統治。
間接統治就是依靠扶植傀儡或維持原有政權機構來達到統治目的。傀儡政權包括以溥儀為首的偽滿洲國、以汪精衛為首的偽中華民國、1943年8月1日成立的緬甸巴莫政府、1943年11月成立的菲律賓若斯·洛雷爾政府。在泰國保留了原來的鑾披汶政府，在印度支那沒有取消原有的法國殖民機構，但日本在那裏享有許多特權，原有的法國殖民機構實際上與傀儡政府沒有多大區別，完全聽命於日本的旨意。它們都是日本的統治工具而已。
日本依靠暴力建立“大東亞共榮圈”，也依靠暴力對其進行統治。它強化統治機構，成立各種法西斯組織，憑借武力大肆鎮壓抗日群眾，濫殺無辜人士，對占領區人民實行法西斯的恐怖專政和殖民統治，給他們帶來無窮的災難。
在朝鮮，日本於1937年設立“朝鮮中央情報委員會”，加強對朝鮮人民的監督和控製，同時還殘暴地鎮壓金日成領導的“祖國光複會”和遊擊隊。1940年10月，日本成立“朝鮮國民總體力量同盟”，由日本駐朝鮮總督兼任總裁，在各地建立與各級行政機關平行的基層組織，最小單位是由幾戶家庭組成的“愛國班”，每個家庭都有“愛國班員代表”，家庭的每個成員都是“愛國班員”。通過這一法西斯組織，日本進一步加強對朝鮮人民的控製。
日本妄圖把中國東北變成其擴大侵略戰爭的後方基地。1932年，在中國東北實行“保甲連坐法”，加強戶口調查和報告製度，發放居住證、身份證，把東北人民置於法西斯的恐怖統治之下。為“掃蕩”和鎮壓抗日武裝，日軍建立了各級“清鄉委員會”，瘋狂“討伐”東北抗日聯軍。他們把群眾趕出村莊，集中編成“集團部落”，以切斷抗日武裝同人民群眾之間的聯係。到1938年，日本強行在東北建立的“集團部落”有12565個。在建立這些“集團部落”時，日偽當局大批破壞燒毀民房，迫害、屠殺群眾。1937年至1938年2月，日偽當局在偽三江省的樺川縣南部地區燒毀村屯120多個，燒毀或拆掉民房2.4萬餘間，殺害與凍、餓死群眾1.3萬餘人，荒蕪土地2100多坰。1941年4月，日本改組了東北的法西斯組織“滿洲帝國協和會”，把它同各級行政機構合為一體，加強對東北人民的恐怖統治。日本還在中國東北建立代號為“731”部隊的細菌研究所，用中國軍民以及朝鮮、美國和荷蘭等國的反法西斯戰士作細菌實驗，共殺害1萬餘人。在華北，日本從1938年底開始推行所謂“治安肅正運動”和“治安強化運動”，在華中推行“清鄉運動”，日軍對中國共產黨領導的八路軍、新四軍實施瘋狂“掃蕩”，對抗日根據地實行慘絕人寰的“殺光、燒光、搶光”的“三光”政策。為加強對華北地區的法西斯統治，日本還在華北建立法西斯組織“新民學會”，它的各級組織均由偽官吏把持。1939年，“新民學會”成立了1840個分會，擁有245599名會員，到1941年9月底增至3548個分會，674057名會員。據不完全統計，在抗日戰爭期間，由於日本的侵略和殘暴統治，給中國人民造成3500萬人的重大傷亡。