在東南亞，日本把自己打扮成“亞洲人的解放者”，標榜戰爭的目的是“趕走西方殖民者”，追求大東亞的“共存共榮”。然而，事實上日本在這裏同樣實行殘暴的殖民統治。在緬甸，1942年8月1日，巴莫在日本扶持下建立傀儡政權——“行政委員會”，一切群眾性的民主組織均被取締，民眾稍有不滿即受嚴刑拷打，甚至處死。“緬甸獨立軍”遭到解散，代之以“國民軍”，實則是日軍控製下的傀儡軍。日本在緬甸共設警署334個，警察15968人，警察機構得到加強。除此之外，日本還建立了間諜和告密係統。1943年8月1日，緬甸宣布“獨立”，日本顧問操縱一切，成為“太上皇”。他們駕馭於政府各部門之上，沒有他們的同意和參與，任何微小的政策和措施都通不過。在馬來亞，日本依靠當地封建勢力與統治機構的合作去鎮壓農民、洗劫城市。日軍大肆屠殺抗日民眾和無辜人士。新加坡在1942年2月的“大驗證”中，就有2.5萬人被殺於海灘上；3年之內，竟有10萬馬來亞人慘遭殺害。日軍還大肆屠殺當地華人，僅新加坡就有7萬華人被逮捕和審問，5000華人被監禁，許多華人被當作練刺殺的活靶子，駭人聽聞地遭處決。新加坡還被改名為“昭南市”，作為日本統治東南亞的政治、軍事中心。日本將荷屬東印度劃分為3部分：第16集團軍駐守爪哇和馬都拉；第25集團軍駐守蘇門答臘；其餘地區由海軍管轄。各地設軍政府進行統治，取締進步組織，禁止一切政治活動，鎮壓抗日人士。在加裏曼丹，日軍一次就處死2萬人。日本在菲律賓實行法西斯的恐怖專政，規定“任何企圖傷害日兵和日本平民的行動”，都以槍斃10個菲律賓人來報複；日本還在菲律賓加強警察製度，城鄉都建立了“鄰組製度”，“任何違反日軍利益的行為”和一切“不合作者”，都受到嚴懲。日軍統治期間，菲律賓人戰死和被屠殺者共111萬人，財富損失（包括死亡人口折合值）共160億比索，約合80億美元。
摧殘民族文化、推行奴化教育，是日本在“大東亞共榮圈”內進行殖民統治的另一項重要內容。它較之於法西斯的恐怖專政似乎溫和一些，然而卻是日本實行殖民統治最毒辣的手段，是力圖從根本上、從長遠的目標上鞏固其對亞洲各國人民的統治。
日本首先在朝鮮和台灣推行“皇民化政策”，禁止使用漢語和朝鮮語，規定日語為朝鮮“國語”，強迫朝鮮人民“創氏改名”。在台灣，從1931年起就開始實施“普及日語10年計劃”。
日軍侵占中國東北後，曾下令所有學校一律停辦，收繳焚燒一切具有愛國思想及有關中國曆史、地理的教科書。在日本控製下，1940年偽滿洲國皇帝溥儀在《國本奠定詔書》中宣布其教育方針為：“我國之教育本旨，奉使國本奠定詔書之趣旨，徹底於詔書所諭示之惟神之道，涵養振作忠孝仁愛，協和奉會之精神，訓育忠良臣民，更煉成之。”一句話，就是要培養日本的順民。汪偽國民政府的教育也是灌輸反共媚日的內容，宣傳“中日滿親善”等欺人之談。
在印度支那，日本把封建教派——“高台教”和“和好教”聯合成“國際宗教集團”，奉日本天皇為最高領袖，使宗教為法西斯服務。
在泰國曼穀，日本於1943年開辦了日本文化學院，為使它“不僅是傳播日本文化的中心，而且也是一個在泰國普及日語的機構”，日本政府為此撥款280萬日元。日本還主張把泰國變成世界佛教的中心，並以沙拉武裏為宗教中心。