1898年戊戌變法期間，立誌振興海軍的光緒帝，曾下令各省按一定份額撥款給船政，共籌款170餘萬兩白銀。可惜慈禧發動政變後，勒令這筆巨款上繳中央庫房，實際留給船政使用的，隻有區區15萬兩。
此後，船政曾設法內部挖潛求生存，如改變船舶及各類產品無償劃撥的“計劃經濟”模式，要求各省付款訂貨維持生產，並接受航運商定造船舶。又開辟修船業務，兼營民用運輸，1903年還鑄造銅元求利，大有從典型官辦機構向近代官僚資本主義企業轉型之勢。
不過，這些努力均未見顯著效果。光緒三十三年（1907年）盛夏時節，這個中國近代最主要的造船基地創立剛過40周歲，就收到一張誰也不願打開的“生日賀卡”，自身難保的清廷終於下旨：“暫行停辦。”
工業英才耀馬尾
1915年4月，北洋政府派出一批留學生，自上海乘英國郵輪赴美國，分頭考察、學習飛機和潛艇製造，帶隊者是年屆65歲的海軍部造船總監魏瀚。
魏瀚，福建閩侯（今福州）人，為協助創辦馬尾船政的法國人日意格的得意門生之一，也是1875年第一批赴歐留學的船政學生中的佼佼者。學成回國後，他擔任馬尾造船工程處總工近20年，負責督造龍威號鐵甲艦等一批當時裝備最好的國產船艦，1903年還一度受命主持船政全局。
在美考察期間，身為資深海軍專家的魏瀚敏感地意識到，飛機將來能在戰爭中發揮重要戰略作用。當時離萊特兄弟首次飛行試驗成功不過13年，在一戰中，飛機也隻是嶄露頭角，魏瀚有此遠見，實屬難得。回國後，他向政府建議應該發展新軍種——空軍。
1918年1月，福州船政局（馬尾船政清末停辦後，於民國初年劃歸省轄複辦）設立海軍飛機工程處及飛潛學校，由隨魏瀚留美歸來的巴玉藻和王助主其事。
原來早在1909年，巴、王二人已由前清海軍重臣薩鎮冰選拔（王助後來成為薩氏的孫女婿），赴英國學習機械工程。1915年，他們接北洋政府指示，赴美與魏瀚團隊會合，並同時考上麻省理工學院航空工程係。碩士畢業後，巴玉藻受聘為通用飛機公司總工程師，王助則與美國同窗威斯特維爾一起到了西雅圖，加入威廉·波音創辦的波音公司，出任波音首任總工程師。王助設計製造出波音首個產品——C型水上飛機，獲得美國海軍50架訂單，初創的波音由此站穩腳跟。
巴、王二人當時都不過二十四五歲，卻已是美國初期航空業中舉足輕重的人物。但這對誌趣相投的好朋友，一心報效國家，決定放棄在美的高薪厚祿回國。
據老一輩船政人回憶，巴玉藻樂於與人交往，擅長管理，王助則是典型的技術專才，儀表整潔，不苟言笑。兩人通力合作下，僅一年多時間，就完成了我國自行設計、製造的第一架飛機——甲型一號水上飛機，性能可媲美當年歐美的同類機型。1922年，他們共同研發的世界上第一座供水上飛機使用的浮動飛機庫，在上海江南造船廠製成。
初戰告捷，二人向北洋政府提出雄心勃勃的擴充計劃，“請款60餘萬元，以圖多製教練機，養成多數人才，逐漸試造軍用飛機、自製發動機，以期達到建設空軍增強國防之目的”。北洋政府雖然予以批準，卻遲遲不見撥款，宏圖大計變為一紙空談。
1929年6月，壯誌未酬的巴玉藻因病早逝。接手主持馬尾海軍飛機工程處的王助，性情耿直，不久即與南京政府當局在飛機廠遷往上海問題上發生衝突，憤而辭職。離開馬尾後，他受聘出任中國第一家民航企業——中國航空公司的總工程師，負責中航所有飛機的維修和組裝。
1934年，王助應邀擔任中美合資的中央杭州飛機製造廠總監理，監製首架在中國出廠的諾斯羅普中型轟炸機。八年抗戰中，批量生產的該型轟炸機全部投入與日軍作戰，貢獻甚大。
1939年至1946年間，王助遷往西南後方的成都，任中國航空研究院副院長，對現代航空工程技術，多有價值重大的探討。他聘請的學者中，包括當年正在國際火箭研究領域聲名鵲起的錢學森。
1949年11月，羈留香港的中國航空公司及中央航空運輸公司飛行員集體聲明脫離國民黨政府，駕機返回大陸，史稱“兩航起義”（或“兩航事件”）。已經回到中國航空公司任職的王助，未參與其事，他受國民黨政府之命接任中航總經理，將公司由香港遷往台灣。但中航在台無機可飛，王助隻是掛個空銜。不久他轉往台南成功大學機械係任教，直到1965年去世。
20世紀90年代初，台灣媒體發掘報道王助早年事跡。波音公司看到後，不忘舊情，每年到成功大學舉辦一次航空講座，以紀念他對波音及世界航空業的貢獻。
回首過去150年間，在東南海濱閩江口那個不甚起眼的小漁村裏，居然孕育出中國近現代最早且最具影響力的海軍船舶工程和航空工業，實在令人驚訝。如果聯想到“中國鐵路之父”詹天佑也是根正苗紅的馬尾船政人，那簡直可以說是一大奇跡了。