南僑總會的另一重大義舉，是倡導各埠分會，在華僑商人及民眾中積極籌集巨款，支援祖國抗日。
1941年底太平洋戰爭爆發後，新加坡淪陷，陳嘉庚被迫避走印尼三年多，直至日寇投降。據他避難期間寫成的《南僑回憶錄》所述：1938年10月，南僑總會成立時，全南洋各地認捐抗日款項每月約400餘萬元國幣，到1939年全年實際彙出的募捐款多達7000餘萬元，比大會上所認捐數目，有增無減；1940年的實際捐款又新增了300多萬元，其中還有一筆折合國幣約3000萬元的巨款，因受馬來亞外彙管製，不能彙回國內，不然捐贈數更為可觀。
1940年3月，陳嘉庚親率“南洋華僑回國慰勞考察團”回國，曆時大半年，足跡遍及半個中國，先後兩次赴滇緬公路看望南僑機工。其間他還赴延安訪問，結識毛澤東等中共領導人。對當時延安的清新風氣，以及在野黨的艱苦樸素和實幹精神，性格耿直的陳嘉庚印象頗佳，這也為十年後他決意響應新政權號召回歸祖國，埋下了伏筆。
救鄉運動
漂泊海外的華僑，尤其是鄉土觀念極重的閩籍僑商，心係故國，以社團組織的集體力量，積極參政，報國保家，並非自陳嘉庚和南僑總會開始。
20世紀一二十年代，福建是北洋軍閥與桂係軍閥及國民黨勢力反複拉鋸的戰場，兵火所及，民不聊生，苛捐雜稅，令民怨沸騰，以至於華僑鄉裏，人人自危。其中尤以直係福建省長李厚基、割據一方18年的“閩南王”陳國輝二人，為害最烈。
1920年10月17日，由後來成為南僑總會主要發起人的李清泉牽頭，故鄉大多在閩南的菲律賓閩籍華僑代表，在廈門鼓浪嶼集會，商討“救鄉”事宜，籌辦福建自治會。第二年底，福建自治會在菲律賓成立，提出“驅逐軍閥李厚基，聯絡各自治團體，整肅民軍民團”三項主張，這是公認的閩僑“救鄉運動”的發端。
1922年11月，“旅菲華僑自治急進會”成立，李清泉又獲推舉為主任。該會向新加坡中華總商會、福建省議會及北京、上海等地福建同鄉會發出通電，拒絕北軍入閩，倡導閩人自治。至1925年5月，南洋閩僑救鄉會在馬尼拉成立，“救鄉運動”浪潮遍及東南亞各地。
國民政府北伐勝利，定都南京後不久，軍閥混戰又起，“閩南王”陳國輝部仍橫行福建，地方苦不堪言。1932年，“一二八”淞滬抗戰爆發，國民黨十九路軍奮勇抗敵，聲名威震全國，頗得菲律賓華僑仰慕。適逢該部隊傷亡甚大，急需休整，李清泉遂以閩僑救鄉會、菲律賓國難後援會等海外社團名義，聯合廈門華僑公會，向南京國民政府請求派十九路軍入閩，由軍長蔡廷鍇出任福建省主席。
蔣介石順應民意，批準了這一請求。菲律賓中華商會迅即派新任主席許友超、閩僑救鄉會副主席桂華山（均為福建晉江人）同赴香港拜會蔡廷鍇，敦請其率軍入閩，蔡廷鍇大受感動。
十九路軍入閩後，提出肅清匪盜、禁絕煙賭、保護華僑、恢複經濟的主張，很快捕殺了軍閥陳國輝，為福建人除了一大害。
1933年秋冬之際，蔡廷鍇、蔣光鼐等十九路軍將領，聯合陳銘樞、李濟深等反蔣勢力，發動“閩變”，在福州成立中華共和國人民革命政府。蔡廷鍇邀請許友超加盟革命，許與李清泉等人商議後，決意擁護，並赴福州麵見蔡廷鍇，建議設立廈門市。
同年11月25日，福建人民革命政府正式任命許友超為廈門市市長兼思明縣（原管轄廈門）縣長。在整部華僑史上，海外僑領回國出任一個城市的首任市長，是破天荒的第一回。
許友超主政廈門的數十天裏，確是克己奉公，盡心盡力，希望有所作為。可惜時不我與，1934年初，福建人民革命政府遭南京政府大軍壓境，危在旦夕，許友超無奈辭職返回菲律賓，重操經商舊業。
赤子功勳
回頭再說說南僑機工。
1942年5月初，中國遠征軍入緬作戰失利，日寇自緬甸攻入雲南畹町，試圖沿滇緬公路長驅直進，終被中國軍隊阻擊於怒江西岸。但中國抗戰的西南生命線自此斷絕，公路運輸陷於癱瘓。
三個月後，除數百人陸續應盟軍征召赴印度協助遠征軍外，滇緬路上待命的多數南僑機工，竟接到了上級的裁員通知，抗戰誌士轉眼成了無業遊民，生活一時陷入困頓，心理上亦失依托，有些甚至淪為乞丐。因流離失所、貧病交加而死去的機工，為數不少。
抗戰剛剛勝利，奉陳嘉庚之命任南僑總會常駐滇緬公路代表的莊明理（泉州籍馬來亞僑商及報人），即向國民政府提出救濟安置南僑機工、幫助其複員南返等八項要求。政府僑務部門表示同意，但政策遲遲未落實。
稍後，結束避難生涯的陳嘉庚自印尼重返新加坡，因不願見到南僑機工滯留國內，被迫參與內戰，隨即就善後事宜與國內展開漫長交涉。經過一年多努力，1946年10月，國民政府僑務委員會發出通告，啟動機工複員程序，每名在冊機工核發200美元獎金，歡送南歸。
據1986年底陳共存寫成的《考察滇緬公路報告書》中粗略統計，在3200名歸國機工中，戰後陸續有1000多人（含部分眷屬）輾轉返回南洋，另外上千人或在內地成家，或獲穩定工作，或返回閩粵原籍生活，放棄南返，兩者各占約三分之一，而在抗戰中英勇殉國及後期死於貧病的無名英雄，不下千人。