5.加工產品粗糙加工和加工產品過於粗放和粗糙，缺乏競爭力，加工比率也不高，花色品種不夠豐富，深加工更少：以我國出口的各類鹽漬菇為例，大多數企業的產品都是分為一級、二級、三級三個等級，裝上50千克左右的大桶運出國門。可實際上，出口到國外之後，還要進行脫鹽、去雜、精選、再分級、分裝、滅菌、包裝等至少7個工藝才能成為可以上市的食品。而這些工藝，在我們國內都可以做，所以，我們完全可以做成可上市的食品後再出口，而不僅僅是原料了。
6.流通無序在我國的食用菌產品流通領域，這已經是多年來的一個老問題了。造成這個問題的原因有一些客觀因素，比如信息不夠暢通，但有時信息不暢通是人為造成的，企業之間缺乏相互溝通。市場是一個整體，在市場麵前，同行的企業間有競爭也要有合作，尤其是在國際大市場麵前，不能僅僅隻是對手，還要做盟友。
目前，我國現有的企業基本上都是小企業，小企業麵對大市場時，隻有團結合作，才可以長久立足。
7.缺乏宏觀指導和規劃在我國，香菇是發展最快的品種，而香菇近10年來市場周折，其原因是多方麵的，但與產量太多也是離不開的，因此食用菌一定要適度發展，尤其是大宗品種如香菇、黑木耳、平菇、雙孢蘑菇等，不同品種間要合理布局。在調整農業產業結構中，要根據不同地區、不同資源狀況、不同氣候特點、不同市場來開拓方向，還要從自己的實際情況出發，決定對食用菌產業的取舍，並進行規劃，研究發展方向、發展品種，而不可盲目地照搬他人的經驗。行業協會應及時給予信息和指導，以使我們的產業布局更合理，產生更好的效益。
8.相關技術標準的缺乏以及監督檢驗食用菌的技術標準的大片空白，都嚴重阻礙了我國食用菌向產業化、規範化、優質化的轉變。
發展前景
我國大農業的發展是三色農業，即綠色農業，藍色農業和白色農業。綠色農業就是科學利用光合作用，來提高糧食作物、蔬菜、果樹以及花卉的產量和質量；藍色農業就是利用科學技術從海洋裏生產出更多的海產品；白色農業就是食用菌產業。食用菌既能滿足人們生活所需要的營養物質，也在醫藥上有著廣泛地應用。
從食用菌營養價值上來看，食用菌含有豐富的營養物質，如鳳尾菇中所含的營養成分與牛肉、豬肉基本一致。近幾年來，食用菌的銷售量不斷增加，如日本近20年消費量增加了223倍。由此看來，食用菌的發展空間非常大。現在食用菌產業越來越受地方各級政府的重視，加之栽培原料豐富，技術簡單，食用菌產業必將會成為一個獨立的產業，幫助廣大農民朋友脫貧致富。
根據當前食用菌的發展情況，食用菌產業在未來可能會向多個方向發展。
1.單一品種向多品種發展單一的品種可能會出現供大於求，導致銷售不暢或價格過低。所以，為了保證菇農的穩定收入，同時滿足市場的要求，就需要用別的品種來補充.
2.人工生產向機械化生產發展隨著經濟的不斷發展，人工的代價也越來越高，同時，人工生產的產品質量不穩，這就需要向機械化生產過渡。
3.小規模向大規模發展產業規模小，很難滿足市場的需要，隻有擴大規模，才能吸引大量的銷售商前來收購。
4.產量型向質量型發展以前菇農隻注重產出多少，而產品質量參差不齊，不合格的產品就容易積壓，從而造成經濟上的損失。
所以，必須在大量生產的同時，還要保證產品的質量。
5.季節性栽培向全年性栽培發展如果隻在生產旺季進行栽培，就很難滿足市場需要，還會造成生產設備的閑置，經濟收入就很難提上去。這就需要采取多品種，多季節栽培，才能保證各個季節都有菇出售，也就能提高經濟收入了。
6.平地栽培向立體化栽培發展隻在地麵上栽培，產量很難有所提高，如果采用搭架分層種植，充分利用空間，就可以提高產量，增加收入。