(3)菌索型母種接種法適用於培養蜜環菌。菌索外有皮鞘，具有一定的韌性，接種前，要先用小平銼或油石將接種工具的刃口打磨一下，以便切割菌索。蜜環菌的菌索有的延伸在培養基表麵，有的深入到了瓊脂培養基內。用接種鋤將菌索切成0.5~0.8厘米長的小段，然後選呈紅褐色的菌索或幼嫩的菌索先端接種，菌索先端的菌齡幼嫩，較易恢複生長。
2.原種接種選用沒有感染雜菌且菌絲粗壯的母種用於接種。
一般由兩個人操作最為合適，一人執瓶、一人接種。先將菌種瓶的棉塞拔掉，夾在右手的指縫間，將瓶口置於火焰1~1.5厘米處封燒。取斜麵母種，拔掉棉塞。將管口放在酒精燈火焰上灼燒，需要注意的是，管口不能燒得太燙，否則在接種時容易造成管口破裂。
用酒精燈火焰灼燒接種鋤片刻，然後放入試管內側，待接種鋤冷卻後，用其將試管菌種斜麵連同培養基切割成3~4塊，然後對著原種瓶口鉤出1塊母種，迅速接入原種培養基上。接種後，原種瓶瓶口和棉塞都要在酒精燈火焰燈上滅菌消毒，然後塞上棉塞，用牛皮紙(或防水紙)包紮好。要注意更換潮濕的棉塞和牛皮紙。接種工具在每接種完一次後，都必須放於酒精燈火焰上灼燒消毒滅菌，以免感染雜菌。一支母種一般可擴大3~4瓶原種。
3.栽培種接種先用酒精棉球擦拭已挑選好的原種菌種瓶的外壁，再將瓶口包紮的牛皮紙(或防水紙)揭去，然後放入接種箱或接種室內。接種前，應該再檢查一次菌種，將原種瓶棉塞拔掉，檢查棉塞和瓶口的菌膜上是否汙染了雜菌，染有雜菌的則不能用。
接種時，先將棉塞拔去，用酒精燈火焰灼燒瓶口和接種工具，然後除去原種表麵的菌皮。若是單人接種，先扒鬆菌種，然後將菌種瓶置於原種固定架上，再用接種匙挖取菌種接種。若是雙人接種，可一人執菌種瓶，用接種耙接種；另一人打開瓶口或袋口。需要注意的是，接種的菌種不能扒得太碎，最好成蠶豆粒或核桃粒狀，否則不利於發菌。接種完畢之後，要立即紮好瓶袋口或袋口。一般每瓶或每袋原種可擴大45~60瓶或25~50袋栽培種。
4.液體菌種接種液體菌種接種的操作方法和原種接種相同，每瓶接入2平方厘米的斜麵母種1塊，要使氣生菌絲的一麵向上，並懸浮於液麵。
菌種的培養
菌種接種完畢之後，要迅速移到培養室或恒溫箱中培養。培養室每次啟用前，都必須進行清理消毒。先在培養室的空間、牆角噴灑石炭酸或新潔爾滅等殺菌藥水，然後用甲醛熏蒸，密封一晝夜，再打開門窗，待氣味完全消失後使用。
(一)母種培養
母種培養期間，如果通氣不良、氧氣不足，就容易造成菌絲衰老、發黃。所以，大量的母種不適合放在通風不良的恒溫箱中，要放在通氣良好的恒溫室內培養。在沒有恒溫室的情況下，放在恒溫箱內時，菌種之間要留有空隙，不能過分擁擠。一般，恒溫室(箱)的溫度要控製在25℃左右(草菇是32℃)，濕度保持在70%以下。另外還要注意，窗戶應該遮光，以保持室內黑暗。接種後的母種最好垂直放在小鐵框內培養，這樣可以避免培養過程中凝結的水汽溢流到斜麵上。若是平放，則要將管口前端墊的稍微高些，並使斜麵向下。
正常情況下，母種接種後，即以種塊為生長點，向四周呈輻射狀蔓延。培養3~4天後，要逐管檢查是否汙染雜菌，以確保母種的純度。如果發現斜麵上有黏稠狀物，多是由於培養基滅菌不徹底造成的。如果斜麵上出現分散性菌落，則多是由於菌種帶菌造成的。
在適宜的溫度下，母種培養7~10天，菌絲就可長滿斜麵。暫時用不到的母種，要在母種還沒長滿之前，及時放入冰箱保鮮層內。
入藏的母種棉塞一頭要朝外，並用防水紙或牛皮紙包紮好或蓋好，以防棉塞被冰箱冷凝水弄潮。另外，還要給母種貼上標簽，以免造成品種混亂。
(二)原種和栽培種培養
一般培養室的溫度要控製在25℃左右，可根據不同菇種和不同季節作適當的調整。原種和栽培種要豎放在培養架上，這樣有利於菌種定植。1天後，菌種塊萌發出白色菌絲；2天後，菌絲開始向培養基中生長，稱作吃料；一般接種後7天左右，菌絲生長覆蓋住瓶(袋)口料麵；30~40天菌絲長滿瓶(袋)。在菌種培養期間，要做好以下幾個方麵的管理工作：
一是經常檢查培養室的溫度，尤其是在高溫季節，以防高溫燒菌現象的發生。菌絲培養過程中，室溫和料溫有一定的溫差。測量顯示，750毫升的菌種瓶，菌種生長旺盛時，培養基的中心溫度要比室溫高1℃，塑料袋中心溫度要比室溫高1.5~2℃。如果菌種瓶成行緊密排列在培養架上，前排培養基中心溫度就會比室溫高1.5~2℃，中排高2~3℃；如果是袋裝種緊密排列在培養架上，前排高2~2.5℃，中排高3~4℃。墊板若是通風不好，熱量很難散發出去，溫度還會更高。
所以，在夏季或早秋季節製作菌種時，瓶與瓶或袋與袋之間要留有一定的空隙，便於散熱降溫，還要經常開門窗進行通風，來散發室內積累的熱量。在低溫季節培養菌種時，可以靠菌種瓶或菌種袋堆積培養來提高溫度，這樣可以節省能源消耗。保溫條件好的菌種培養室，在菌種發熱量最大時，室內溫度要比自然溫度高出6~7℃，中排培養基的溫度還要比室溫高出2~3℃。此時若是將菌種袋堆積培養，內部產生的熱量不易散發，中心溫度就會比室溫高出10~15℃。
二是經常檢查菌種的汙染情況，接種後3天開始檢查菌絲是否染有雜菌，若是發現有黃、綠、橘紅、黑等顏色即為感染雜菌，要及時揀出培養室集中處理。汙染輕的將培養料倒出來拌一些新料重新裝瓶(袋)滅菌接種；汙染重的，則遠離培養室集中堆積發酵，用作肥料。
堆積時要用塑料膜蓋好，防止雜菌孢子汙染環境，造成更大麵積的汙染。一般當菌絲生長覆蓋住培養基表麵時，染雜菌的幾率下降，每周檢查一次即可。袋裝菌種檢查時，盡量不要翻動菌袋，先進行目測，如果發現有問題，再翻動檢查。一般由菌種不純引起的汙染，往往造成20~30瓶(袋)小片汙染；空氣雜菌汙染，呈零星分布；由環境溫度太高引起的汙染，在上層床架和中間層成片發生；若是培養基消毒不徹底引起的汙染，則整鍋的菌袋全部汙染。
三是接種後3~4天，發現菌種塊不萌發的瓶(袋)，要剔出單獨陳放，1周後仍未萌發，要重新回鍋消毒後，再進行補種。
四是菌種培養室要保持空氣新鮮和室內清潔衛生，相對濕度控製在65%。濕度過大時要加強通風。要調整光照，在黑暗和弱光下菌絲生長較好。
菌種培養好之後要及時使用。一般菌絲長滿瓶後7~10天，菌絲正處於最佳生長期，接種後，能表現出較強的適應性。若存放過久、培養時間太長，不但養分消耗多，而且菌絲易老化。香菇、靈芝等菌種的培養基表麵變褐色，形成一層厚菌皮，則生命力顯著下降，還會增加後期汙染的可能性。
(三)液體菌種培養
接種後，先在24~26℃恒溫下靜止培養48小時。當氣生菌絲延伸到培養液中時，置往返式瓶機上進行振蕩培養，振蕩頻率為80~100次/分，振幅(衝程)6~10厘米。如果用旋轉式瓶機，偏心距為4厘米，振蕩頻率為120~150轉/分，因旋轉式瓶機旋轉速度過快，菌絲球一般較大，且菌絲球表麵絨毛狀菌絲少，不適於作菌種使用，因此，一般旋轉式瓶機應將偏心距作適當調整，方可使用。
瓶機溫度應控製在24~26℃，培養72~96小時。培養結束時，因菌種不同，培養液呈現不同色澤。平菇、金針菇的培養液呈淺黃色，香菇、猴頭菇的培養液呈黃棕色，清澈透明，有許多菌絲小球，並有菇香。木耳的培養液呈青褐色，黏稠，有香甜味。如果培養液渾濁，大多是汙染了細菌，培養液經顯微鏡檢查後，方可用於生產。
瓶機培養的液體菌種數量較少，一般隻適用於固體菌種(主要是栽培種)的接種。或接種於三角瓶內，每瓶接種菌液10毫升，繼續進行瓶培養。因菌絲球正處於旺盛生長狀態，菌絲球分散性好，能縮短瓶培養時間，快的2天即可終止培養。
瓶培養的液體菌種，在4℃冰箱中保存1~2個月，在15~20℃室溫中保存7~10天，對接種成功率、產量均無不良影響。
第三節食用菌菌種的質量鑒定
優良菌種的特征，首先是種性優良，具有高產、優質、抗逆性強等優良性狀；其二是菌絲的生命力強、純度高、適宜的菌齡、無病蟲害。現介紹幾種生產量較大的菇類菌種質量鑒定標準。其他菇類可參照這些標準進行鑒別。
平菇菌種
菌絲粗壯、密集、潔白，呈棉毛狀，有爬壁現象；菌絲長滿瓶，分布均勻一致，剛形成少量珊瑚狀的小菇蕾，是優良菌種。
如出現以下情況，則是不良菌種。
一是菌種上產生大量珊瑚狀子實體，說明培養溫度適於出菇，菌種已很成熟，應趕快用掉。
二是如菌種上部菌絲稀疏或成束生長，底部不長或是長透的時間很長，則說明培養基過濕，如果沒有酸味，使用時則要加大接種量。菌絲生長緩慢或底部不長是由於培養基幹燥引起的。應盡快接菌栽培，接種量亦要加大。
三是如菌種塊收縮，瓶底有積液，則說明菌種老化，生命力差，已不能使用。
四是若培養基中有綠、黃、紅等顏色，則證明感染了木黴、鏈孢黴等雜菌；如果打開菌種瓶，平菇菌絲細弱稀疏，酒味重，就說明是酵母菌汙染。以上這些均應淘汰掉，不能作菌種使用。
香菇菌種
香菇優良菌種的菌絲潔白，生長均勻、旺盛，不易產生厚的菌被，易形成子實體，而且子實體越多，抗病蟲害的能力越強。菌絲呈棉毛狀，生長快，分泌醬油色液體，是生長旺盛的標誌。菌絲長滿瓶後10~15天內的菌種為最好。
如有以下情況，應盡快做相應處理。
一是瓶內菌種菌膜多而厚，有黃水，甚至已開始產生小菇蕾，是菌種好、生理活性旺盛的表現。但這亦是菌種菌齡較大的象征，應去掉菇蕾迅速用於接種。
二是若瓶內還能看到木屑顆粒，說明菌種培養時間不足，應再培養一段時間。如仍長不好，就不能作菌種用，可直接用作出菇。
三是瓶內菌絲柱與瓶壁脫離，開始萎縮，表麵菌被變為褐色，表示菌種已較老，應盡快接種用掉。
蘑菇菌種
菌絲灰白微帶藍。匍匐型菌種，氣生菌絲少，貼生菌絲細，線狀分布密集，上下均勻；氣生型菌種，氣生菌絲濃密，有蘑菇特有的香味，能抗高溫、病蟲害。經栽培試驗，子實體朵大、圓整、潔白、產量高、質量好、出菇早、層次明顯。
如出現以下情況，則為不良菌種。
一是菌絲成細線狀或粗索狀，呈淡黃色，菌絲萎縮，生長無力，為培養基過濕且已老化的菌種。
二是菌種中被汙染各種黴菌或發生蟎害，則不能使用。
三是培養基上部菌絲幹縮變質，下部菌絲生長尚好，說明培養基太幹，培養溫度過高。
四是培養基中幾乎見不到菌絲，內含物呈糊狀，說明濕度過大，應淘汰。
五是在培養基上方出現厚厚的黃白色菌皮，這是生產性能差的菌種。
金針菇菌種
菌種潔白，生命力強，容易產生子實體。經栽培試驗，菌蓋圓整，白色至淡黃色，不易開傘，菌柄白色或淺黃色，菌柄基部黑褐色絨毛極少，為優良菌種。
如出現以下情況，則是不良菌種。
一是菌絲不能繼續往下生長，生長區和不生長區的界限分明，通常是由培養基太濕所致。
二是菌絲生長稀疏，係菌種生命力不強，或培養基中有機氮的含量不足。若是前者，則應更換菌種；若是後者，則培養基中應增加麩皮或細米糠的用量。
黑木耳菌種
菌種純，無其他雜菌感染，菌絲潔白、粗壯，生命力旺盛。培養一個階段後，瓶壁會出現菊花狀或梅花狀的膠質原基，顏色褐色或黑褐色。這樣的菌種為優良菌種。
如出現以下情況，則為不良菌種。
一是可以看到木屑及棉籽殼，係培養時間太短，應繼續培養。
接種塊培養後沒有顯著變化，則可能是培養料營養不足，應添加細糠或麩皮。
二是瓶底積滿淡黃色液體，是過期老化菌種，應予淘汰。
三是培養料與瓶壁之間出現淡黑色的膠質物(耳基)，說明是太早熟及擴代次數過多的菌種，栽培後出耳數量雖較多，但耳片不易長大，應予淘汰。
四是菌種隻長一個角落，就不再生長了，這很可能是培養基太幹或太濕之故。若接種後黑木耳菌絲尚在恢複、定植階段，而瓶中卻已長滿淡灰白的菌絲，則說明是感染了根黴。
猴頭菇菌種
菌絲潔白、粗壯，上下均勻，栽培試驗表現子實體大、刺長、肉厚、產量高的菌種為優質菌種。
若出現以下情況，則為不良菌種。
一是菌絲纖細，上下生長不均勻，或感染黴菌，為不良菌種。
二是菌絲柱已收縮，瓶底積滿黃色黏液，為老化的菌種。
三是培養基木屑變為淡黃色，菌絲生長不旺盛，是有機氮不足，應在培養基中適當增加麩皮或細米糠的用量。
銀耳菌種
包括銀耳菌和香灰菌。銀耳菌常用的是酵母狀芽孢子菌種(由擔孢子萌發而得到)，在PDA培養基上一般呈灰白色黏糊狀，不能形成菌絲。在26℃條件下，移植後2~3天即可布滿斜麵。香灰菌絲在PDA培養基上，菌絲灰白色，呈棉絮狀。在26℃條件下，一般4~6天即可布滿斜麵，同時分泌大量色素，可滲入培養基中，從而使培養基全部變成黑色。
優質銀耳菌種的標誌是，銀耳菌絲和香灰菌絲比例恰當，菌絲生長正常，無雜菌侵染，並已出現白毛團或耳片。
若出現以下情況，則為不良菌種。
一是羽毛狀菌絲稀疏，不深入瓶袋中，子實體呈膠團狀或膠刺狀，不開片，是培養料太濕造成的。
二是瓶內很快出現子實體(10~15天)；或白毛團很少，這是反複移植多次、菌齡已大的表現。
三是隻有羽毛狀菌絲，沒有白毛團，則必須增加銀耳酵母狀分生孢子才能使用，否則不能接種。
四是下半瓶菌種的菌絲生長正常，上半瓶消失，耳基變淡紅色，產生大量紅褐色的液體，這是發生蟎害的表現，則應剔除。
五是如培養基上有一層較厚的白色棉絮狀菌膜，下麵仍有耳基出現，則說明菌種不純，有可能感染其他雜菌菌絲，不能使用。
草菇菌種
菌絲灰白色，稀疏而有光澤，似蠶絲，培養數天後產生厚垣孢子，呈鏈狀，初期淡黃色，成熟後連接成深紅褐色的團塊。草菇優質菌種的標誌是菌絲旺盛、整齊，粗壯而又均勻，色澤潔白或淡黃。
若瓶內培養料表麵雖然還有草菇菌絲，但多數菌絲萎縮無力，培養料已呈腐爛狀，這是過期的不良菌種，不能再用。